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蛋白質(zhì)變性理論,“黑紙白字”寫在生物化學(xué)教科書中(沈同,王鏡巖):天然蛋白質(zhì)分子因環(huán)境的種種關(guān)系,從有秩序而緊密的構(gòu)造,變?yōu)闊o秩序而松散的構(gòu)造,這就是變性作用。該理論是上世紀(jì)30年代提出的,曾經(jīng)被認(rèn)為是很接近諾貝爾獎的重量級貢獻(xiàn)。一般來說,蛋白質(zhì)變性后,細(xì)胞內(nèi)特異的分子伴侶蛋白—熱休克蛋白負(fù)責(zé)降解、清除這些“失去功能”的蛋白質(zhì),然后將這些“元?件”重新投入使用。事實果真如此嗎? Cell Cell文章告訴你:高溫變性的內(nèi)源蛋白質(zhì)能夠在熱休克蛋白幫助下“復(fù)活” 芝加哥大學(xué)的分子生物學(xué)家Allan?Drummond及其同事以酵母為材料進(jìn)行研究【1】。首先讓酵母細(xì)胞通過代謝途徑攝入同位素,從而標(biāo)記胞內(nèi)蛋白質(zhì)。然后讓酵母處于高溫環(huán)境中(但不至于殺死酵母),緊接著快速冷凍細(xì)胞,獲取胞內(nèi)蛋白質(zhì)的實時圖像,同時用質(zhì)譜方式鑒定所有蛋白質(zhì)(包括因為高溫造成的變性蛋白質(zhì))。 質(zhì)譜共鑒定了982個酵母蛋白,其中有177個蛋白質(zhì)變性后在細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中聚集沉淀。意外的是,當(dāng)酵母從高溫環(huán)境中離開后,細(xì)胞恢復(fù)活力,這些已經(jīng)“變性”聚集的胞內(nèi)蛋白也表現(xiàn)出可逆狀態(tài):無序的蛋白結(jié)構(gòu)重新組裝恢復(fù)原狀。這和以往的認(rèn)識存在巨大的沖突:內(nèi)源蛋白質(zhì)變性沉淀之后又恢復(fù)正常結(jié)構(gòu)。更為神奇的是,當(dāng)溫度恢復(fù)正常后,酵母細(xì)胞會再次生長,但是沒有發(fā)現(xiàn)有大量的新蛋白生成,這就意味著復(fù)性后的蛋白質(zhì)具備正常生物功能。 以往的經(jīng)驗告訴我們,高溫會導(dǎo)致大多數(shù)蛋白質(zhì)變性失活,從而被熱休克蛋白講解清除。而《Cell》的這份研究卻證實變性的內(nèi)源蛋白,在特異的熱休克蛋白幫助下能夠復(fù)性,某種意義上講,這一科研發(fā)現(xiàn)將是對傳統(tǒng)認(rèn)知的顛覆。 Science Science文章告訴你:穩(wěn)定還是不穩(wěn)定,細(xì)胞很會算賬的! 瑞士蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院享譽全球,號稱“歐陸第一名?!保绕湓诘鞍踪|(zhì)組學(xué)研究領(lǐng)域。近期,由Paola?Picotti領(lǐng)導(dǎo)的一項研究發(fā)現(xiàn),只有一小部分的關(guān)鍵蛋白質(zhì)在達(dá)到一個臨界溫度閾值時會發(fā)生同時變性【2】。本研究中,他們分析比對了四種生物,大腸桿菌、人類細(xì)胞,酵母細(xì)胞和耐熱細(xì)菌嗜熱鏈球菌(T.?thermophilus)在不同溫度下的蛋白質(zhì)組。在每次溫度增加后,研究人員都會檢測細(xì)胞的蛋白質(zhì)組并確定它們的結(jié)構(gòu)特征。最終研究人員總共分析了8,000種蛋白質(zhì)。 研究發(fā)現(xiàn),一旦溫度超出物種特異性最佳值幾度,雖然少數(shù)(1%左右)蛋白質(zhì)發(fā)生了崩解,但對細(xì)胞產(chǎn)生了致命的影響,因為這小部分蛋白具有重要的功能。但是,這個重要的現(xiàn)象,即只有少數(shù)蛋白質(zhì)在細(xì)菌死亡的溫度下發(fā)生了崩解,卻和之前關(guān)于生物體大多數(shù)蛋白質(zhì)在臨界溫度下同時變性這一理論發(fā)生了沖突。 對這種現(xiàn)象的解釋是,這些不穩(wěn)定的蛋白質(zhì)其靈活性更高,可以在細(xì)胞中完成不同任務(wù)。而對于大多數(shù)蛋白質(zhì)來說,還是穩(wěn)定一些好。因為如果這些常見蛋白質(zhì)發(fā)生逆轉(zhuǎn),發(fā)生錯誤折疊,那么細(xì)胞就不得不投入大量的能量來進(jìn)行重構(gòu)與處理,因此細(xì)胞中大部分的蛋白質(zhì)還是要比稀少蛋白更為穩(wěn)定。 看點 參 考 文 獻(xiàn) 1. Wallace?EW,?Kear-Scott?JL,?Pilipenko?EV,?Schwartz?MH,?Laskowski?PR,?Rojek?AE,?Katanski?CD,?Riback?JA,?Dion?MF,?Franks?AM,?Airoldi?EM,?Pan?T,?Budnik?BA,?Drummond?DA.?Reversible,?Specific,?Active?Aggregates?of?Endogenous?Proteins?Assemble?upon?Heat?Stress.?Cell.?2015,?162(6):1286-98. 2.Leuenberger?P,?Ganscha?S,?Kahraman?A,?Cappelletti?V,?Boersema?PJ,?von?Mering?C,?Claassen?M,?Picotti?P.?Cell-wide?analysis?of?protein?thermal?unfolding?reveals?determinants?of?thermostability.?Science.?2017,?355(6327).     抽獎贈書活動! 點擊填寫問卷,參與抽獎贈好書《生命的未來》!...

大家講壇第四期開講! 百邁客云在線直播,五一假期的精彩禮物! 4月28日(本周五) ? 敬請笑納! 演講嘉賓中國農(nóng)業(yè)科學(xué)研究院作物科學(xué)研究所資深研究員——徐云碧 演講主題《分子育種時代的遺傳增益改良》 主要內(nèi)容1、分子育種與遺傳育種 2、遺傳力、遺傳增益和選擇方式 3、遺傳增益效應(yīng)在分子育種中的作用 嘉賓簡介徐云碧,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)研究院作物科學(xué)研究所資深研究員、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院一級杰出人才、國家“千人計劃”特聘專家。?現(xiàn)任中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所研究員兼國際玉米小麥改良中心(CIMMYT)玉米分子育種高級科學(xué)家、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院“玉米分子育種技術(shù)和應(yīng)用”創(chuàng)新團隊首席科學(xué)家。曾任美國?RiceTec?公司水稻分子育種科學(xué)家(1998-2003),Cornell?大學(xué)植物育種系Research?Associate(2003-2006),CIMMYT玉米分子育種高級科學(xué)家和應(yīng)用生物技術(shù)中心主任(2006-2010),Theoretical?and?Applied?Genetics、Molecular?Breeding、International?Journal?of?Plant?Genomics、Journal?of?Integrative?Agriculture、The?Crop?Journal、《作物學(xué)報》、《中國農(nóng)業(yè)科學(xué)》等雜志編委。  立即觀看...

如果有人問你,精子有什么用途?你可腦中可能立刻閃現(xiàn)出,那個帶著尖尖的腦袋,拖著長長的尾巴的家伙,正奮力先一顆大大的卵子跑去。精子,那就是用來受精,傳遞遺傳物質(zhì),產(chǎn)生下一代唄!如果你這么說,你就out啦! 近日,一群來自德國綜合納米科技研究所(Institute?for?Integrative?Nanosciences)的“瘋子”科學(xué)家腦洞大開,發(fā)明了一種全新的藥物遞送系統(tǒng)---用精子遞送藥物,治療婦科癌癥。 眾所周知,癌癥是全球性的醫(yī)學(xué)難題。很多號稱癌癥治療的“神藥”在使用過程中,都會因為進(jìn)入腫瘤細(xì)胞的有效藥物濃度不足,造成藥效差強人意。如何讓藥物精準(zhǔn)、無損失的抵達(dá)腫瘤細(xì)胞,無數(shù)的科研工作者絞盡腦汁。 ?細(xì)菌“郵差”人類和細(xì)菌的寄生、共生關(guān)系歷史悠久。一個多世紀(jì)以前,就有人提出,利用細(xì)菌來對抗癌癥。早在1891年,美國醫(yī)生William?B.?Coley就已經(jīng)使用鏈球菌來治療當(dāng)時被認(rèn)為只剩下幾周壽命的晚期肉瘤“癮君子”患者。不得不說,這位患者是幸運的,他的癌癥得到了緩解,又繼續(xù)生活了八年。但是這種方法并不總是奏效。有時腫瘤會得到控制,甚至消退,但有時患者會發(fā)生感染并失控導(dǎo)致死亡,因為當(dāng)時青霉素還沒有問世。隨著基因工程的出現(xiàn),科學(xué)家們看到了產(chǎn)生更有效、低毒的鏈球菌的希望。現(xiàn)在,幾個細(xì)菌菌株已被開發(fā)成癌癥治療劑,且它們在動物模型上效果顯著。2016年,Din等人利用合成生物學(xué)的方法改造細(xì)菌,實現(xiàn)了治療疾病的目的【1】。這些細(xì)菌在抵達(dá)目標(biāo)位置時,會同步自發(fā)地裂解自殺,釋放藥物。細(xì)菌遞送藥物的方法,對于治療腸道腫瘤具有較大優(yōu)勢。因為生活在腸道的細(xì)菌喜歡那里的環(huán)境---低氧。而某些實體瘤,比如腸道腫瘤也因為腫瘤細(xì)胞的過快增殖,導(dǎo)致內(nèi)部缺氧。腫瘤的低氧區(qū)域相對免受免疫系統(tǒng)的攻擊,適宜細(xì)菌定植和生長。#?細(xì)菌和腫瘤細(xì)胞共培養(yǎng)體系?納米“籠子”2011年,牛津大學(xué)的物理學(xué)家和分子神經(jīng)學(xué)家合作,開發(fā)出一種由DNA制造的分子“籠子”,能進(jìn)入活細(xì)胞內(nèi)部并在其中生存,由此可能帶來一種有效的藥物遞送新方法【2】。這種DNA“分子籠”由4條人工合成的DNA短鏈構(gòu)成,在一定的環(huán)境下,這些短鏈能自行組裝成一個約7納米高的四面體(由4個三角面組成的金字塔形)。#?人工合成的DNA短鏈能夠形成納米尺度的“分子籠”研究證實,這些短鏈能圍繞特定的蛋白質(zhì)分子進(jìn)行組裝,從而形成一個包裹著蛋白質(zhì)的“分子籠”。關(guān)鍵的是,通過事前設(shè)計的程序,“分子籠”能夠在遇到胞內(nèi)特定的“激發(fā)”分子時再度打開,從而釋放出內(nèi)容物(比如攜帶的靶向藥物)。用人類胚胎腎臟細(xì)胞所做的實驗證實,這些經(jīng)熒光標(biāo)記的DNA“分子籠”能夠進(jìn)入細(xì)胞,而且大部分“分子籠”保持完好,至少能抵抗細(xì)胞內(nèi)各種酶的攻擊達(dá)48小時之久。這種較強的生存能力對于藥物遞送工具而言非常關(guān)鍵,因為這些DNA“分子籠”要成為有效的遞送工具,他們必須能有效進(jìn)入細(xì)胞并生存下來,直到找到合適的藥物作用位點,并在合適的時間釋放出內(nèi)部所攜帶的藥物。?精子“速遞”精子長度只有約55微米,但是卻能夠每分鐘游動4毫米。而且,精子不會引起免疫反應(yīng)。那如果利用精子做“快遞員”,將藥物包裹送到目標(biāo)位置,效果會如何?德國綜合納米科技研究所的研究人員對這個神奇的想法進(jìn)行了測試【3】。他們將精子泡在化療藥物多柔比星(doxorubicin)溶液中,讓它們吸足這些藥物。然后,他們利用納米技術(shù),給精子的頭部裝上了一個小型“導(dǎo)航儀”。接著,再讓這些精子去處理癌癥細(xì)胞。48小時后,攜帶有化療藥物的精子展現(xiàn)出了與多柔比星溶劑類似的細(xì)胞殺傷效果,而未攜帶化療藥物的精子則沒有出現(xiàn)這一效果。#裝有磁性導(dǎo)航儀的精子在水平和垂直磁場作用下運動?QUESTION 遺留問題?相比較于細(xì)菌和納米分子充當(dāng)“快遞員”,精子快遞顯然更加令人振奮和期待。但是,在臨床使用之前,還有一系列問題需要解決,包括技術(shù)上和倫理上。首先,精子本身也是個體化的,如何衡量這些“快遞員”攜帶了足夠的“藥物包裹”以保證療效;其次,精子在漫長的征途中,是否會發(fā)生藥物的泄露,導(dǎo)致藥物總量減少,從而使到達(dá)目的地的藥物濃度不足;還有最關(guān)鍵的問題,這一系統(tǒng)的倫理性會受到挑戰(zhàn)。誰的精子能夠被用來遞送藥物?它們會不會引起意外懷孕? 據(jù)統(tǒng)計,全球每年有數(shù)十萬婦科癌癥患者。如果該系統(tǒng)能夠成功,或許能夠?qū)δ壳暗哪[瘤治療帶來裨益。 參考文獻(xiàn) 1.?Din?MO,?Danino?T,?Prindle?A,?Skalak?M,?Selimkhanov?J,?Allen?K,?Julio?E,?Atolia?E,?Tsimring?LS,?Bhatia?SN,?Hasty?J.?Synchronized?cycles?of?bacterial?lysis?for?in?vivo?delivery.?Nature.?2016,?536(7614):81-5. 2.Walsh?AS,?Yin?H,?Erben?CM,?Wood?MJ,?Turberfield?AJ.?DNA?cage?delivery?to?mammalian?cells.?ACS?Nano.?2011,?5(7):5427-32. 3.Haifeng?Xu,?Mariana?Medina?Sanchez,?Veronika?Magdanz,?Lukas?Schwarz,?Franziska?Hebenstreit,?Oliver?G.?Schmidt.?Sperm-hybrid?micromotor?for?drug?delivery?in?the?female?reproductive?tract.?arXiv.org>physics>arXiv:1703.08510. ? 抽獎贈書活動! 點擊填寫問卷,參與抽獎,贈好書《生命的未來》! ...

?通過對數(shù)千人進(jìn)行基因組篩查,一個由來自馬克斯普朗克心理語言學(xué)研究所,布里斯托大學(xué),Broad研究所和iPSYCH聯(lián)盟研究人員組成的國際科學(xué)團隊最新研究為學(xué)界對基因互作在自閉癥和精神分裂癥領(lǐng)域的認(rèn)識提供了新的見解。同時,該研究創(chuàng)造性地發(fā)現(xiàn)了基因?qū)τ谖覀冊诔砷L過程中溝通能力發(fā)展產(chǎn)生的巨大影響。 研究人員對人們兒童期到青春期這段時間內(nèi)精神障礙風(fēng)險與社會交際能力水平之間的遺傳重疊進(jìn)行了深入研究。他們發(fā)現(xiàn)影響兒童期社會交際的基因與引起自閉癥發(fā)生的基因之間存在大量的重疊,而當(dāng)人們進(jìn)入青春期,這種重疊關(guān)系則會逐漸消失。相比之下,影響精神分裂癥發(fā)生的基因則更多地影響到人們后青春期的社會交際能力,符合疾病的自然史。相關(guān)研究對應(yīng)的論文發(fā)表于最新上線的Molecular Psychiatry雜志。 基因在不同成長階段會帶來不同的精神影響 “研究結(jié)果表明,類似自閉癥和精神分裂等精神狀況的發(fā)病風(fēng)險與幾個特別的基因密切相關(guān)。同時,這些與精神疾病密切相關(guān)的基因也會對人們的社會交際能力產(chǎn)生巨大的影響。在人們的不同發(fā)展階段,這些基因發(fā)揮著強大的影響力”,文章的主要作者,PIM高級研究員Beate St Pourcain解釋說。 對于自閉癥和精神分裂癥患者來說,與他人進(jìn)行交互和溝通通常都會成為難題。他們不能輕松地開始一段交談,也很難對于別人的搭訕給予恰當(dāng)?shù)幕貞?yīng)。另一方面,自閉癥和精神分裂癥通常會以非常不同的方式發(fā)展。 孤獨癥譜系障礙(ASD,Autism Spectrum Disorder ),的第一癥狀通常發(fā)生在嬰兒期或兒童早期,而精神分裂癥的癥狀則通常直到成年早期才會出現(xiàn)。 自閉癥或精神分裂的特征存在于我們許多人中 自閉癥患者在交際和社會認(rèn)知方面存在嚴(yán)重的困難,他們通常會在成長的過程中逐漸成為習(xí)慣強迫性或頑固性思考的人。相反,精神分裂癥患者則相對更容易產(chǎn)生各種幻覺,妄想和嚴(yán)重的思維干擾。然而,最近的研究表明,許多這些與精神疾病相關(guān)的特征和經(jīng)驗通常都可以在發(fā)育過程中的兒童或正常成人中輕微體現(xiàn)。換句話說,正常人身上存在著正常和異常精神行為之間的連續(xù)性漸變狀態(tài)。 全基因組分析的最新進(jìn)展可以幫助科學(xué)家更為準(zhǔn)確地了解精神障礙及其相關(guān)癥狀在未受影響人群中的遺傳結(jié)構(gòu)。人群中存在著大量的精神問題風(fēng)險,但源于多基因效應(yīng)的輕微癥狀則更為普遍。對于社會交際行為,這些精神問題相關(guān)遺傳因素帶來的影響卻并沒有那么穩(wěn)定,尤其是在人們成長的兒童和青春期階段。 精神問題的消除 “性狀和疾病之間遺傳關(guān)系的發(fā)育敏感分析可能有助于揭示精神病癥之間的明顯重疊現(xiàn)象。” St Pourcain說。 該研究的另一位主要作者,英國布里斯托大學(xué)臨床流行病學(xué)教授George Davey Smith則表示:“不同精神疾病和社會交際差異的遺傳預(yù)測因素為這些現(xiàn)象的深入研究以及臨床精神病患者的治療打開了一扇全新的大門?!? 倫敦大學(xué)學(xué)院行為和腦科學(xué)教授David Skuse補充說:“這項研究清楚地揭示了兒童社會交際能力水平對于精神問題遺傳風(fēng)險評估的重要意義。我們現(xiàn)在面臨的最大挑戰(zhàn)是如何確定遺傳變異影響大腦發(fā)展變化的具體方式?!? 來源:Molecular Psychiatry, DOI: 10.1038/mp.2016.198   文章轉(zhuǎn)自轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)網(wǎng) ...

1. 研究背景 雜種優(yōu)勢,是雜合體在一種或多種性狀上優(yōu)于兩個親本的現(xiàn)象。雜交種的優(yōu)良表現(xiàn)體現(xiàn)在多個重要農(nóng)藝性狀中,如抗逆、育性、生物量和產(chǎn)量等。同一個基因型,或不同基因型組合的多種性狀,雜種優(yōu)勢程度不同。雜種優(yōu)勢被廣泛利用于商業(yè)植物育種計劃中,但其遺傳機理并未得到徹底和統(tǒng)一的解釋,仍然存在爭議。一百多年來,遺傳和育種學(xué)家們不遺余力的研究雜種優(yōu)勢的形成機理,并嘗試構(gòu)建各種遺傳模型用于解釋雜種優(yōu)勢現(xiàn)象?;趩蝹€遺傳位點不考慮上位性理論,并結(jié)合隱性產(chǎn)生不利影響的假定,產(chǎn)生了兩個重要的雜種優(yōu)勢機理假說,包括顯性假說和超顯性假說。顯性假說認(rèn)為來自于一個親本的不利等位基因被來自另一個親本的有利等位基因掩蓋而產(chǎn)生雜種優(yōu)勢現(xiàn)象,超顯性假說認(rèn)為雜合位點本身比純合位點表現(xiàn)優(yōu)良,因此,基因型的雜合程度與雜種優(yōu)勢表現(xiàn)成正比。另外,還有一個假說,即上位性假說,它認(rèn)為非等位基因間正向的互作效應(yīng)也會引起雜種優(yōu)勢現(xiàn)象。 分子標(biāo)記的發(fā)展和飽和連鎖圖譜的構(gòu)建為解析雜種優(yōu)勢遺傳基礎(chǔ)提供了新的工具。兩個主要的新方法應(yīng)運而生:1.利用分子標(biāo)記的信息,探索雜種優(yōu)勢與親本遺傳多樣性的關(guān)系;2.對雜種優(yōu)勢QTL進(jìn)行定位,以此挖掘出控制雜種優(yōu)勢的基因。利用分子標(biāo)記信息進(jìn)行QTL作圖,挖掘控制雜種優(yōu)勢的數(shù)量性狀位點,是研究雜種優(yōu)勢機理的常用方法。但是,以往的低密度分子標(biāo)記并不足以檢測控制復(fù)雜性狀的多個連鎖基因。因此,需要將標(biāo)記的密度提高到覆蓋全基因組,且涉及到群體內(nèi)所有可能出現(xiàn)的重組事件,比如利用高通量測序的策略,這樣,才有可能在一個雜交種中將其表現(xiàn)的雜種優(yōu)勢現(xiàn)象解釋清楚。 永久F2群體可以提供可用于重復(fù)試驗的基因型相同的種子,構(gòu)建過程中也含有豐富的重組信息,適合對雜種優(yōu)勢的遺傳機理進(jìn)行剖析。 2.研究方法和預(yù)期結(jié)果: 2.1表型數(shù)據(jù)的處理 利用方差分析計算各性狀的環(huán)境方差、重復(fù)方差(有試驗重復(fù))、遺傳方法、基因型與環(huán)境互作方差、誤差方差和遺傳力,并估計哥哥變量的遺傳效應(yīng)。方差分析的線性模型為: μ,e,r,g,ge,ε?分別為群體均值,環(huán)境效應(yīng),重復(fù)效應(yīng),基因型效應(yīng),基因型與環(huán)境互作效應(yīng),誤差效應(yīng)。環(huán)境和重復(fù)設(shè)為固定效應(yīng),基因型以及基因型與環(huán)境互作設(shè)為隨機效應(yīng)。上述模型得到的基因型估計值作為矯正表型值,在以后的分析中代替表型值,以期望得到更加準(zhǔn)確的預(yù)測結(jié)果。 2.2遺傳圖譜的構(gòu)建 2.2.1 高密度圖譜的構(gòu)建 依據(jù)測序(最好是重測序)開發(fā)的SNP及InDel標(biāo)記,由于重測序上圖的SNP個數(shù)大于重組事件數(shù),因此將沒有發(fā)生重組的SNP位點聚成一個單元,每個單元稱為一個Bin。以Bin為標(biāo)記進(jìn)行遺傳圖譜構(gòu)建。如下圖所示: 2.2.2永久F2群體圖譜構(gòu)建: 永久F2群體的標(biāo)記基因型由RIL群體的標(biāo)記基因型根據(jù)組配方式推知,構(gòu)建永久F2群體的高密度遺傳圖譜。 2.3 RIL群體和永久F2群體自身表型QTL定位 在RIL群體和永久F2群體中進(jìn)行性狀的QTL定位以及效應(yīng)估計。利用IciMapping V4.0檢測加性(顯性)QTL,同時檢測二維互作位點的上位性。QTL加性效應(yīng)有基因型顯性純合位點和隱性純合位點間的平均表型值間的差異決定,顯性效應(yīng)是由基因型純合位點和雜合位點間平均表型值間的差異決定的。QTL作圖所用方法是表型對標(biāo)記變量的逐步回歸法,表型數(shù)據(jù)為上述線性模型計算得到的矯正表型值。 2.3.1 RIL群體的QTL定位 利用完備區(qū)間作圖法,以RIL群體的性狀為表型數(shù)據(jù)進(jìn)行QTL定位和效應(yīng)估計,得到的結(jié)果如下表: Traits Chromosome Distance(cM) Marker LOD PVE(%) ADD yield 1 10 bin1 4 11 -0.11 height 2 20 bin2 5 15 0.11   2.3.2 永久F2群體的QTL定位 永久F2群體可以檢測到顯性QTL,同時也能對QTL的加性效應(yīng)和顯性效應(yīng)進(jìn)行估計。同樣利用完備區(qū)間作圖法,進(jìn)行永久F2群體的QTL定位,結(jié)果如下表所示: Traits Chromosome Distance(cM) Marker LOD PVE(%) ADD DOM yield 3 20 bin3 3 10 0.12 0.03 height 4 30 bin4 4 11 -0.11 -0.05   2.3.3 永久F2群體的上位性QTL定位 由于上位性對性狀的雜種優(yōu)勢具有重要的作用。同樣利用遺傳圖譜和完備區(qū)間作圖中的上位性作圖法,對相關(guān)性狀進(jìn)行上位性QTL定位。定位到加性與加性互作(AA),加性與顯性互作(AD),顯性與加性互作(DA)以及顯性與顯性互作效應(yīng)(DD)的QTL如下表所示:   Traits Parameter AA AD DA DD yield Average LOD 3.3 4.5 5 6.4 Average PVE 5.1 6.2 3.3 4.8 height Average LOD 30 4 3.9 5.6 Average PVE 6.1 6 5.5 5.9   2.4雜種優(yōu)勢QTL定位 2.4.1 中親值以及QTL定位方法 永久F2群體中,F(xiàn)1個體的中親值是根據(jù)F1個體本身的表現(xiàn)與雙親性狀值計算出來的。中親值=F1表型值-親本中親值。計算每個F1對應(yīng)的中親值,以中親值為表型進(jìn)行QTL定位,其QTL的效應(yīng)是雜合子與雙親表現(xiàn)均值的差異。由于雜種優(yōu)勢QTL的特殊性,分別利用F2群體類型和RIL群體類型分別定位顯性QTL。所用軟件同上,在檢測顯性效應(yīng)時同樣也檢測顯性和顯性互作QTL。 2.4.2 雜種優(yōu)勢QTL定位結(jié)果 雜種優(yōu)勢QTL是利用超中親優(yōu)勢值作為表型值進(jìn)行性狀遺傳位點檢測得到的,其遺傳效應(yīng)不包括加性效應(yīng),全部由顯性效應(yīng)決定。雜種優(yōu)勢QTL定位結(jié)果如下表所示: Traits Chromosome Distance(cM) Marker LOD PVE(%) DOM yield 1 10 bin1 4 11 -0.11 height 2 20 bin2 5 15 0.11   2.5性狀QTL和雜種優(yōu)勢QTL定位結(jié)果比較 將RIL,永久F2群體和中親值數(shù)據(jù)QTL定位結(jié)果進(jìn)行比較,解析特定性狀的遺傳基礎(chǔ)與雜種優(yōu)勢遺傳基礎(chǔ),并揭示二者的關(guān)系。理論上,RIL群體中定位到的QTL完全是有加性效應(yīng)決定的,而中親值數(shù)據(jù)組定位到的QTL完全是有顯性效應(yīng)決定的,而永久F2群體既有加性效應(yīng),又有顯性效應(yīng),因此,永久F2群體,RIL群體和中親值存在共定位的QTL。具體性狀的結(jié)果如下圖所示: 注:黑色折線表示檢測位點的LOD值,紅色和藍(lán)色折線代表檢測位點加性和顯性效應(yīng)值。 最后利用上述的比較結(jié)果綜合評價不同性狀的雜種優(yōu)勢機理和遺傳基礎(chǔ)。...

全新的聚類熱圖已經(jīng)上線啦~ 熱圖繪制工具增加了圖片編輯與圖片&列表交互功能。 圖像編輯功能可實現(xiàn)熱圖顏色調(diào)整、樣本名修改、基因名修改、字體修改,同時支持png、pdf、svg不同尺寸圖片保存,方便大家在進(jìn)行文章投稿過程或日常數(shù)據(jù)整理過程中對圖片的修改。 圖片與列表交互功能可實現(xiàn)對聚類熱圖中各個聚類模塊內(nèi)基因ID及其表達(dá)量信息的提取,利用該交互功能得到的信息,結(jié)合云平臺上表達(dá)模式分析工具、基因功能分析工具及文件操作工具,可深入挖掘聚類熱圖上不同聚類模塊內(nèi)基因集合的表達(dá)模式與功能信息。 接下來小云為您展示一下聚類熱圖應(yīng)用場景: 文獻(xiàn)場景1 文獻(xiàn)場景2 文獻(xiàn)場景3 應(yīng)用示例...

若你需要分類,其實我很美——分類柱圖&分類餅圖   利用圖片展示基因分類統(tǒng)計結(jié)果會更加直觀,小云準(zhǔn)備了分類柱圖和分類餅圖兩款小工具給大家,只需登錄百邁客云平臺,在“分析平臺”——“綜合”——“繪圖工具”中就能找到它們,免費使用更劃算的。 小云一次交兩份作業(yè)是不是很厲害?跟我一起體驗下它們吧~ 分類餅圖 這款工具可統(tǒng)計輸入文件列表中,NR的功能分類情況或者一般性的字段并繪制餅圖。同時可根據(jù)餅圖調(diào)取每個分類對應(yīng)的數(shù)據(jù)詳情列表,并進(jìn)行搜索操作。 按照說明上傳文件就可以畫出美美的餅圖啦,好奇寶寶們也可以直接添加示例文件進(jìn)行繪圖,深入了解下這款小工具。 吶,根據(jù)示例文件繪出的圖形長這樣。我們家餅圖同學(xué)有三副面孔,配色很好看呢。 點擊圖片底部的基因分類小方格就可以添加或者刪除該分類。 還可以按照個人需要調(diào)整格式,動動手指就能拿到真·私人訂制·餅圖,挑你心儀的形狀格式就可以直接下載帶走了,一定要畫個餅圖感受小云的厲害啊喂~ 分類柱圖 這款小工具可統(tǒng)計輸入的基因功能列表中,COG、KOG、KEGG、NR以及其他類型信息的分類情況并繪制柱圖,也可比較全部基因和部分目標(biāo)基因的分類差異。同時可根據(jù)柱圖調(diào)取每個子分類對應(yīng)的基因詳情列表,并進(jìn)行調(diào)整、搜索、排序等操作。 按照說明上傳文件就可以畫出柱圖啦,好奇寶寶們同樣可以直接添加示例文件進(jìn)行繪圖,深入了解下這款小工具。 根據(jù)示例文件繪出的圖形長這樣,鼠標(biāo)懸停在柱圖上就會直接顯示數(shù)據(jù)。 同樣可以根據(jù)需要對柱圖進(jìn)行詳細(xì)調(diào)整,標(biāo)題字號統(tǒng)統(tǒng)都能自行設(shè)置,圖片和表格數(shù)據(jù)都可以下載打包帶走。 有了這兩款小工具,分類作圖是不是也要變成一種享受了?圖好看成就感也upup! 這些小工具只是冰山一角,還有超多功能小云會為大家陸續(xù)介紹的,請多多關(guān)注百邁客云。更多精彩,一起期待!...

前沿進(jìn)展 | 單細(xì)胞測序揭示微轉(zhuǎn)移乳腺癌細(xì)胞的起源 微轉(zhuǎn)移是指存在于淋巴結(jié)、骨髓和血循環(huán)中,但常規(guī)臨床病理學(xué)和影像學(xué)方法不能檢出的非血液系統(tǒng)惡性腫瘤的轉(zhuǎn)移,一般定義為以單個細(xì)胞或微小細(xì)胞團形式存在的隱匿性轉(zhuǎn)移。骨髓中的微轉(zhuǎn)移細(xì)胞被稱為彌散性腫瘤細(xì)胞,對乳腺癌患者具有獨立的預(yù)后價值。 挪威奧斯陸大學(xué)醫(yī)院Bj?rn Naume帶領(lǐng)的國際研究小組使用單細(xì)胞測序分析了從乳腺癌患者骨髓中分離的、疑似存在微轉(zhuǎn)移(micro-metastases)的細(xì)胞。他們對來自6名乳腺癌患者骨髓中的63個單細(xì)胞進(jìn)行基因組測序,將這些細(xì)胞中的拷貝數(shù)異常與來自患者原發(fā)性腫瘤的細(xì)胞進(jìn)行比較,發(fā)現(xiàn)一小部分細(xì)胞是彌散性腫瘤細(xì)胞(disseminated tumor cell,DTC),這項研究結(jié)果發(fā)表在《Genome Biology》上。通過重建這些細(xì)胞的系統(tǒng)發(fā)生(phylogeny)過程,進(jìn)一步分析了這些細(xì)胞是如何產(chǎn)生的。 文章共同第一作者,來自倫敦弗朗西斯·克里克研究所(Francis Crick Institute)的Jonas Demeulemeester表示,“彌散性腫瘤細(xì)胞在重新活化并產(chǎn)生新的腫瘤或轉(zhuǎn)移之前,可以潛伏多年不被發(fā)現(xiàn),而且通常對治療具有抗性。”   單細(xì)胞全基因組測序發(fā)現(xiàn)彌散性腫瘤細(xì)胞 基于免疫細(xì)胞化學(xué)染色,研究者們從6名乳腺癌患者的7份骨髓抽吸物中分離出單個細(xì)胞,其中6份抽吸物樣本是在診斷時收集,1份是在診斷后3年獲取。同時,研究人員從抽吸物中收集了7份對照細(xì)胞,還從其中一名患者中收集了同步腋窩淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移樣本。根據(jù)它們的形態(tài)特征,這些細(xì)胞被分成腫瘤細(xì)胞、疑似造血細(xì)胞、造血細(xì)胞,以及不確定的細(xì)胞群。 所有63個細(xì)胞的基因組經(jīng)過擴增后,進(jìn)行全基因組測序,測序覆蓋深度為1.7X。其中11個細(xì)胞中檢測到的拷貝數(shù)變異模式,與患者原發(fā)性腫瘤或淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移中的模式相似,這說明它們是真正的彌散性腫瘤細(xì)胞。研究人員指出,根據(jù)細(xì)胞形態(tài)特征也能判斷這11個細(xì)胞中大部分是腫瘤細(xì)胞。這些彌散性腫瘤細(xì)胞來自3名患者,她們后來都出現(xiàn)了腫瘤遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移。 Demeulemeester說,“這些之前被認(rèn)為是癌癥細(xì)胞的細(xì)胞中,只有一部分是真的來自原發(fā)性腫瘤。因此,進(jìn)一步細(xì)化指標(biāo)意味著更準(zhǔn)確的預(yù)后和更加定制化的治療,可避免過度治療或者治療不足。”   外顯子組測序分析彌散性腫瘤細(xì)胞是如何產(chǎn)生的 但是這些細(xì)胞的擴散方式仍然未知,關(guān)于細(xì)胞的擴散方式有兩種理論:一種認(rèn)為DTC很早就脫離腫瘤的起源位點并獨立進(jìn)化,另一種則認(rèn)為這些細(xì)胞是比較晚的時候從亞克隆上脫離,因此具有與原發(fā)性腫瘤大致相似的基因組。 為了重建彌散性腫瘤細(xì)胞的可能擴散途徑,研究人員對患者的原發(fā)性腫瘤、相匹配的正常血細(xì)胞和一名患者的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移進(jìn)行外顯子組測序,平均測序深度約35X。他們在7個腫瘤外顯子組中發(fā)現(xiàn)了239個體細(xì)胞替換突變,其中103個是非同義突變。利用這些突變作為指導(dǎo),研究人員重建了3名患者腫瘤的系統(tǒng)發(fā)生過程。 在其中一名患者中,研究人員發(fā)現(xiàn)原發(fā)性腫瘤具有1q和17q DNA克隆增益(DNA gains),以及4號染色體丟失和一些片段缺失。該患者的腫瘤亞克隆還具有1q臂增益。同時,來自該患者的DTC雖然沒有亞克隆增益或者任何DTC特異性拷貝數(shù)變異,但具有所有克隆拷貝數(shù)變異(copy number aberrations,CNA)。在第二名患者中,DTC具有原發(fā)性腫瘤的所有克隆CNA以及亞克隆增益。 在第三名淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移患者的DTC中,他們發(fā)現(xiàn)了更復(fù)雜的進(jìn)展模式。該患者的DTC起源于淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的多個亞克隆。此外,診斷后3年獲得的DTC具有淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移中發(fā)現(xiàn)的所有克隆變異,甚至更多。這說明它們起源于淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的亞克隆,在治療中得以存活并繼續(xù)進(jìn)化。研究人員表示,這些結(jié)果支持乳腺癌細(xì)胞在較晚時候向骨髓擴散的理論。 作者們寫道,“雖然我們的樣本量較小,還需要進(jìn)一步深入研究,但是這些結(jié)果說明,在這些轉(zhuǎn)移性克隆出現(xiàn)之前若能進(jìn)行早期檢測,可以改善診斷和治療。” 參考文獻(xiàn):Tracing the origin of disseminated tumor cells in breast cancer using single-cell sequencing. DOI:10.1186/s13059-016-1109-7   文章轉(zhuǎn)自測序中國  ...

新技能:如何在NCBI按照影響因子查找文章   作為一只科研狗,在NCBI上搜索文章是最基本的生存技能。NCBI上的PubMed 是一個免費的搜索引擎,提供生物醫(yī)學(xué)方面的論文搜索以及摘要,目前收錄有至少2600萬文章。其網(wǎng)址如下:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed。 例如我們想搜索水稻的轉(zhuǎn)錄組文章,可以輸入關(guān)鍵詞rice transcriptome,共有881篇文章。PubMed檢索出的文章可以按照發(fā)表時間、匹配度、作者、期刊、標(biāo)題等進(jìn)行排序,但是很多時候我們想搜索一些發(fā)表在影響因子比較高的期刊上的文章,如何對影響因子進(jìn)行限定呢?這就需要用到PubMed的Filter功能。 首先,你需要一個NCBI的賬號,點擊右上角的Sign in to NCBI,簡單注冊之后,點擊create account,即可獲得NCBI的賬號。 現(xiàn)在,可以點擊右側(cè)上部的Manage Filters,創(chuàng)建新的filter用于按照影響因子篩選文章。然后點擊Create custom filter按鈕。 然后就會出現(xiàn)下面的對話框: 在打開的對話框Query ?terms中復(fù)制粘貼以下字符: “CA-CANCER J CLIN”[journal] or “NEW ENGL J MED”[journal] or “NAT REV DRUG DISCOV”[journal] or “LANCET”[journal] or “NAT BIOTECHNOL”[journal] or “NAT REV IMMUNOL”[journal] or “NAT MATER”[journal] or “NAT REV MOL CELL BIO”[journal] or “NATURE”[journal] or “ANNU...

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