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09月09 【一作解讀】高分辨率時空動態(tài)轉(zhuǎn)錄組景觀揭示陸地棉中GhCAL介導(dǎo)的開花調(diào)控途徑?

文章題目：High-resolution temporal dynamic transcriptome landscape reveals a GhCAL-mediated flowering regulatory pathway in cotton (Gossypium hirsutum L.) 發(fā)表期刊：Plant Biotechnology Journal 發(fā)表時間：2020年7月12 影響因子：8.1 研究內(nèi)容：棉花花芽分化 研究對象：兩個早熟品種，兩個晚熟品種；每個品種6個時期 研究方法：轉(zhuǎn)錄組測序   前言 陸地棉(Gossypium hirsutum L.)是世界上最重要的纖維作物。在我國黃河流域和長江流域棉區(qū)，實現(xiàn)早熟棉在小麥或者油菜后直播可以提高復(fù)種指數(shù)。而在西北內(nèi)陸棉區(qū)，春季氣溫低，秋季枯霜早，早熟棉既能提高棉花的霜前花率，還可以改善棉花品質(zhì)。花芽分化是影響短季棉品種早熟的重要性狀，是棉花現(xiàn)蕾期、開花期和成鈴期發(fā)育的基礎(chǔ)，花芽分化直接影響開花時間?；ㄑ糠只侵参飶臓I養(yǎng)生長向生殖生長過渡的標(biāo)志。當(dāng)進入生殖生長時，側(cè)芽變成花芽，花芽發(fā)育成果枝。果枝分化決定了開花量、生殖能力和棉花產(chǎn)量。因此，早熟性狀及早熟棉品種在生產(chǎn)上顯得尤為重要。   結(jié)果 1、棉花莖尖的形態(tài)發(fā)育 在這項研究中，選擇了兩個早熟的陸地棉栽培品種CCRI50和Yanzao2，以及兩個晚熟的栽培品種國新棉11和STS458。與晚熟品種相比，早熟品種的花芽分化時間提前了10天，開花時間提前了19天，整個生長期縮短了33天（圖1a）。石蠟切片的組織學(xué)分析表明，在早熟品種Yanzao2和CCRI50中，花芽分化出現(xiàn)在第三片真葉展平時期（3TLS），而晚熟品種在第五真葉（5TLS）才出現(xiàn)花芽分化。? 圖1兩個早熟品種和兩個晚熟品種的比較   2、棉花不同發(fā)育階段的72個RNA文庫的轉(zhuǎn)錄組譜 在這里，為了研究棉花早期成熟調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的分子機制，我們選擇了兩個早熟品種和兩個晚熟品種，在花芽分化前后收集了莖尖樣品，并分析了它們的轉(zhuǎn)錄動態(tài)。發(fā)現(xiàn)至少一個樣品中表達的基因共有49 000個。為了了解早熟和晚熟棉花品種發(fā)展的轉(zhuǎn)錄動態(tài)，對所有樣品進行了聚類分析（圖2a）和主成分分析（PCA）（圖2b）。結(jié)果表明，這些高密度時空轉(zhuǎn)錄本可以根據(jù)發(fā)育階段分為兩個類群，然后在每個類群中將早熟和晚熟品種分開。 ?圖2早熟和晚熟品種六個發(fā)育階段之間的轉(zhuǎn)錄關(guān)系。   3、加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA） 將5312個基因用于WGCNA，產(chǎn)生10個不同的模塊（標(biāo)有不同的顏色）（圖3a，b）。幾乎80％的基因聚集在發(fā)育階段的模塊中（MEcyan，Megreen，MElightgreen，MEtan，MEsalmon和MEturquoise）（圖3b）。這些基因的動態(tài)和階段或品種特異性表達模式可能反映了它們發(fā)揮的關(guān)鍵功能。 ?圖3差異表達基因的WGCNA   4、棉花從營養(yǎng)生長向生殖生長轉(zhuǎn)換相關(guān)基因的鑒定 MElightcyan模塊包含46個基因，其中包括29個轉(zhuǎn)錄因子。這些基因的表達模式與花芽分化階段相吻合，在3TLS時表達，并且兩個早熟品種中這些基因的表達水平始終高于兩個晚熟品種中的表達水平（圖4a）。在這個模塊中，GH_D07G0876的連接線（邊緣）數(shù)量最多，這是AtCAL基因的同源基因，命名為GhCAL（圖4c）。 ?圖4模塊MElightcyan的分析 5、GhCAL在調(diào)節(jié)從營養(yǎng)生長到生殖生長的轉(zhuǎn)換的功能驗證 GhCAL過表達能夠使擬南芥顯著早花。GhCAL沉默的轉(zhuǎn)基因棉花顯著晚花，花芽分化與野生型相比顯著推遲。GhCAL表達的下降延遲了棉花從營養(yǎng)生長到生殖生長的過渡。?6、病毒誘導(dǎo)的GhAGL6-D09和GhAP1-A04沉默導(dǎo)致棉花開花延遲為了探索GhCAL如何調(diào)節(jié)棉花開花，分析了以GhCAL為中心的WGCNA基因網(wǎng)絡(luò)中具有更多連接線（邊緣）的其他基因的表達。編碼AGL6同源基因的GH_D09G0468和編碼AP1同源基因的GH_A04G1749分別被命名為GhAGL6-D09和GhAP1-A04。在GhCAL沉默的轉(zhuǎn)基因棉花品系中，GhAGL6-D09和GhAP1-A04的表達明顯較低，這可能是由于GhCAL表達的降低導(dǎo)致的，表明AGL6和AP1受GhCAL調(diào)控。GhAGL6-D09和?GhAP1-A04過表達能夠使擬南芥開花時間明顯提前。同時，GhAGL6-D09和?GhAP1-A04沉默的棉花植株與對照相比，花芽分化和開花時間顯著推遲。7、GhCAL-D07能夠與GhAGL6-D09 / GhAP1-A04形成異源二聚體先前的研究表明，某些MADSbox轉(zhuǎn)錄因子可能形成異二聚體以發(fā)揮調(diào)節(jié)作用。酵母雙雜交（Y2H）和雙分子熒光互補（BiFC）分析表明，GhCAL，GhAGL6-D09和GhAP1-A04這三種蛋白質(zhì)彼此相互作用，形成異二聚體。在擬南芥中，MADS-box轉(zhuǎn)錄因子可以形成特異性異二聚體，該異源二聚體與自身啟動子區(qū)域的CArG-box結(jié)合并調(diào)節(jié)其自身表達。GhCAL可能與GhAGL6-D09和GhAP1-A04形成異源二聚體，結(jié)合啟動子區(qū)域的CArG-box，然后調(diào)節(jié)它們的表達。8、GhCAL通過調(diào)節(jié)GhAP1A04和GhAGL6-D09介導(dǎo)棉花營養(yǎng)生長向生殖生長轉(zhuǎn)換的調(diào)控途徑在早熟品種中，GhCAL在3TLS表達。GhCAL與GhAGL6-D09形成異二聚體，可能與GhAGL6-D09啟動子區(qū)域的CArG-box結(jié)合并誘導(dǎo)GhAGL6-D09的表達以啟動花芽分化。在5TLS時，GhCAL / GhAGL6與GhAP1-A04形成異二聚體，可能與GhAP1-A04啟動子區(qū)域的CArG-box結(jié)合并誘導(dǎo)GhAP1-A04的表達。GhCAL充當(dāng)整個途徑的調(diào)節(jié)中心，調(diào)節(jié)棉花從營養(yǎng)期到生殖期的過渡，以誘導(dǎo)開花。小編說：本篇文章思路清晰，有幸和一作溝通后編輯此文，從實驗設(shè)計到后續(xù)的數(shù)據(jù)挖掘，功能驗證穩(wěn)扎穩(wěn)打。那么作者是如何進行實驗設(shè)計以及我們是否有值得學(xué)習(xí)和參考的地方呢？首先作者挑選兩個早熟，兩個晚熟材料進行表型調(diào)查和轉(zhuǎn)錄組測序后，拿到所有基因表達量數(shù)據(jù)后對表達量篩選，做了聚類圖和PCA，發(fā)現(xiàn)根據(jù)表達量可以把不同性狀、不同發(fā)育時期進行分類。 百邁客云平臺可以在所有基因挖掘這里進行所有基因篩選和PCA聚類（動圖是示例數(shù)據(jù)）   然后作者利用高分文章利器：WGCNA分析，進行數(shù)據(jù)深度挖掘和整理，推薦大家使用百邁客云平臺小工具WGCNA模塊，可以出來和作者同樣高大上的圖片。 登陸百邁客云平臺—小工具，即可使用分析（動圖是示例數(shù)據(jù)）   然后作者根據(jù)一系列的功能驗證最終鎖定控制花芽分化的基因，再次推薦大家使用百邁客轉(zhuǎn)錄組個性化（所有基因挖掘，差異基因挖掘，基因結(jié)構(gòu)挖掘）三大模塊和小工具（108款分析繪圖工具），下一篇高分文章就是你！   ...

05月23 公共數(shù)據(jù)揭示小麥Bax抑制劑-1蛋白（BI-1）與水通道蛋白TaPIP1相互作用增強擬南芥抗病性

隨著高通量測序技術(shù)的出現(xiàn)，測序數(shù)據(jù)量呈現(xiàn)指數(shù)級增長，各類公共數(shù)據(jù)規(guī)模日益龐大，公共數(shù)據(jù)整合分析已逐漸成為很多研究中的一項重要分析手段。利用公共數(shù)據(jù)一方面可以降低研究成本，另一方面可以補充一些受限于研究者研究背景與技術(shù)水平而難以自主檢測的關(guān)鍵數(shù)據(jù)。截至目前，高通量測序數(shù)據(jù)庫SRA數(shù)據(jù)庫已收錄超過10Pbase的NGS數(shù)據(jù)，但是由于公共數(shù)據(jù)整合分析過程中下載、存儲和分析各個環(huán)節(jié)都存在較高的技術(shù)門檻，導(dǎo)致研究者對公共數(shù)據(jù)的利用不充分。對于這些問題百邁客已經(jīng)提供了非常成熟的解決方案，一鍵式導(dǎo)入即可完成數(shù)據(jù)的下載和存儲，輔以平臺上多達25個高度集成化的分析流程，可視化界面助您輕松搞定分析難題。中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院馬有志老師課題組的徐兆師研究員等研究人員在百邁客云平臺結(jié)合公共數(shù)據(jù)完成擬南芥抗病性研究，成果于2018年1月22日發(fā)表在《Frontiers in Plant Science》上，影響因子4.298。 摘要 Bax抑制劑-1（BI-1）是真核生物中進化保守的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)（ER），定位細胞死亡抑制因子。 BI-1抑制生物和非生物脅迫的能力在擬南芥中得到了充分研究，而小麥中BI-1的功能在很大程度上是未知的。在這項研究中，將禾谷鐮刀菌（Fg）處理的小麥進行RNA-seq分析，然后分離小麥BI-1基因TaBI-1.1。通過水楊酸（SA）處理誘導(dǎo)TaBI-1.1表達，并通過脫落酸（ABA）處理誘導(dǎo)TaBI-1.1的下調(diào)?；讦?葡糖醛酸糖苷酶（GUS）染色，TaBI-1.1在成熟葉和根中表達，但不在下胚軸或幼葉中表達。 TaBI-1.1在擬南芥中的組成型表達增強了其對丁香假單胞菌病毒（Pst）DC3000感染的抗性并誘導(dǎo)SA相關(guān)基因表達。此外，TaBI-1.1轉(zhuǎn)基因擬南芥顯示出由高濃度SA引起的損害的減輕，并降低了對ABA的敏感性。與表型一致，35S :: TaBI-1.1和Col-0植物的RNA-seq分析顯示TaBI-1.1參與生物脅迫。這些結(jié)果表明，TaBI-1.1正向調(diào)節(jié)SA信號并在對生物脅迫的響應(yīng)中起重要作用。此外，TaBI-1.1與水通道蛋白TaPIP1相互作用，并且它們都定位于ER膜（內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜）。此外，研究人員證明了SA處理后TaPIP1上調(diào)，并且TaPIP1轉(zhuǎn)基因擬南芥增強了對Pst DC3000感染的抗性。由此表明，在ER膜上TaBI-1.1和TaPIP1之間的相互作用可能發(fā)生在對SA信號和防御反應(yīng)的響應(yīng)中。 材料和方法 使用擬南芥Columbia-0（Col-0）作為TaBI-1.1過表達的背景， 突變體atbi1-2從擬南芥生物資源中心（ABRC）獲得。 從栽培的小麥品種小白麥擴增TaBI-1.1和TaPIP1的cDNA， 將PCR產(chǎn)物克隆到pLB載體中，使用DNAMAN 6.0軟件進行氨基酸序列同一性比較。 RNA-Seq Analysis 收集來自4周齡Col-0和轉(zhuǎn)基因系35S :: TaBI-1.1的葉片用于RNA-seq分析，使用HiSeq 2500平臺測序。測序數(shù)據(jù)與TAIR 10擬南芥參考基因組比對。使用TopHat和Cufflink軟件包進行mRNAseq數(shù)據(jù)分析以及DEG的鑒定和分析。通過GOseq軟件進行差異表達基因的GO富集分析。根據(jù)KEGG數(shù)據(jù)庫通路進行KEGG富集分析，尋找差異表達基因的富集通路。在百邁客云平臺（BMKCloud）完成小麥Fg處理的RNA-seq數(shù)據(jù)下載和分析， SRA數(shù)據(jù)庫（登錄號：PRJNA289545）。 其他實驗：1.qRT-PCR分析；2.轉(zhuǎn)基因擬南芥植株在脅迫處理下的應(yīng)答及性狀評價；3.β-葡糖醛酸糖苷酶（GUS）活性測定；4.細菌接種和細菌生長的監(jiān)測；5.酵母雙雜交系統(tǒng)；6.Pull-Down assay（免疫沉淀法）；7.亞細胞定位測定；8.ELISA Assay（酶聯(lián)免疫吸附試驗） 分析結(jié)果 1.通過qRT-PCR和β-葡糖醛酸糖苷酶（GUS）染色確定TaBI-1.1的表達模式 研究人員分析了來自Fg處理的小麥RNA-seq數(shù)據(jù)，以研究植物防御信號通路。從RNA-seq分析中分離出前10個差異表達基因。在這10個基因中鑒定了兩個小麥BI-1基因：TRIAE_CS42_U_TGACv1_644608_AA2140670和TRIAE_CS42_6BS_TGACv1_515717_AA1671980。 TRIAE_CS42_6BS_TGACv1_515717_AA1671980在之前的研究中被命名為TaBI-1。在小麥Ensembl數(shù)據(jù)庫中僅篩選出三種BI-1基因：TaBI-1，TRIAE_CS42_U_TGACv1_644608_AA2140670和TRIAE_CS42_6AS_TGACv1_488014_AA1573990。在兩個差異表達的BI-1基因中， TaBI-1.1的差異最大。根據(jù)氨基酸比對，TaBI-1.1與TaBI-1同一性達到99.19％。與對照相比，F(xiàn)g處理對TaBI-1.1的表達水平上調(diào)24倍。許多關(guān)于AtBI-1的研究已經(jīng)證實AtBI-1在植物中對生物和非生物脅迫的抗性中起關(guān)鍵作用。 TaBI-1.1蛋白的序列與AtBI-1有69.88％的同一性，表明該序列在BI-1家族中基本保守。使用qRT-PCR監(jiān)測TaBI-1.1的表達模式以確定TaBI-1.1在生物和非生物脅迫中可能的作用。TaBI-1.1的表達在響應(yīng)SA處理時顯著上調(diào)，在響應(yīng)ABA處理時下調(diào)。 SA處理48小時后TaBI-1.1表達達到8倍高峰（圖1A）。 響應(yīng)ABA處理的下調(diào)水平在8小時達到初始水平的約1/5（圖1C）。 響應(yīng)NaCl處理，表達水平在4小時后下降，在2小時稍微增加并且在8小時后回到其初始水平（圖1B）。 研究者創(chuàng)建了含有1.7kb TaBI-1.1啟動子并生成轉(zhuǎn)基因擬南芥的PBI :: GUS融合構(gòu)建體，以研究TaBI-1.1的空間表達模式。使用GUS染色測定組織GUS活性。在成熟葉和根中有TaBI-1.1表達，但在下胚軸和幼葉中觀察不到（圖1D）。還檢測了各種小麥組織中的TaBI-1.1表達水平，包括根，莖，葉和小穗，結(jié)果表明TaBI-1.1的表達在這些小麥組織中普遍存在，而且在葉中最高，在小穗中最低（圖1I）。在SA和NaCl處理之后，成熟葉中的表達與對照相比增加，并且SA處理的表達更高。當(dāng)SA和NaCl處理時，在下胚軸中也檢測到表達（圖1E，F(xiàn)）。在ABA處理的植物的葉子中檢測到較弱的表達（圖1G）。通過qRT-PCR進一步證實GUS表達水平（圖1H）。以上結(jié)果表明，TaBI-1.1在各種脅迫下均有表達。 圖1. 通過qRT-PCR和GUS染色評估TaBI-1.1的相應(yīng)表達模式 2.TaBI-1.1的表達增強了擬南芥對Pst DC3000感染的抗性 經(jīng)過Fg和SA處理后表達上調(diào)，假設(shè)TaBI-1.1可能參與生物脅迫反應(yīng)。研究人員在擬南芥中異位表達TaBI-1.1，在花椰菜花葉病毒（CaMV）35S啟動子的控制下驗證這一假設(shè)。選擇兩個TaBI-1.1表達水平相對較高的純合株系3和7（35S :: TaBI-1.1＃1和35S :: TaBI-1.1＃2）用于進一步分析（圖2A）。將atbi1-2，Col-0和兩個轉(zhuǎn)基因品系的四周齡葉子進行Pst DC3000感染或10mM...

05月15 蓄勢4年，百邁客云再助轉(zhuǎn)錄調(diào)控

近年來，學(xué)術(shù)圈掀起一陣?yán)顺薄畛烁咄繙y序的快車，多組學(xué)輔助研究科學(xué)問題。隨著測序分析技術(shù)和服務(wù)流程日趨成熟，如何更高效更便捷地獲取數(shù)據(jù)，成為群雄逐鹿的賽場。 在這個風(fēng)起“云”涌的時代，百邁客云一夫當(dāng)先，于2014年5月開始開放試用。百邁客云集結(jié)可視化數(shù)據(jù)分析APP、個性化分析小工具、文獻檢索、公共數(shù)據(jù)庫、培訓(xùn)視頻，是科研工作者項目管理一站式平臺。歷經(jīng)4年的打磨，百邁客云以快速、全面、透明的姿態(tài)再次起航。 ?快速 近期，云分析12個轉(zhuǎn)錄組樣本最快可在12小時左右交付結(jié)果。 根據(jù)百邁客研發(fā)團隊最新公布的項目實測數(shù)據(jù)可以看出，12個水稻有參轉(zhuǎn)錄組共81.1G數(shù)據(jù)量，在專業(yè)版賬號中最快可以12小時58分交付結(jié)果。無參轉(zhuǎn)錄組分析數(shù)據(jù)表明，在生產(chǎn)賬號中，山雀（36G）和蚱蜢（62G）最快可在1天16小時完成分析。 百邁客轉(zhuǎn)錄調(diào)控三大產(chǎn)品云分析極速周期：   產(chǎn)品 云分析極速周期 有參轉(zhuǎn)錄組 12h/12個樣品 miRNA 12h/12個樣品 無參轉(zhuǎn)錄組 4d/12個樣品 全面 1、標(biāo)準(zhǔn)分析APP+個性化分析+72款免費小工具 標(biāo)準(zhǔn)分析功能可一鍵式操作獲得結(jié)題報告，個性化分析功能可自定義參數(shù)方案，并支持界面式數(shù)據(jù)挖掘。小工具可覆蓋各種組學(xué)分析，圖形化操作界面和高效的運算能力讓使用更簡便、分析更快速、參數(shù)更透明。 目前百邁客云已經(jīng)上線多款A(yù)PP，轉(zhuǎn)錄調(diào)控的真核有（無）參轉(zhuǎn)錄組、小RNA 、lncRNA已在云上穩(wěn)定運行，結(jié)果可實現(xiàn)交互，后續(xù)還將擴展到更多的產(chǎn)品！ 標(biāo)準(zhǔn)分析 個性化分析 免費小工具 數(shù)據(jù)質(zhì)控 基因檢索 熱圖 文庫質(zhì)量評估 韋恩圖 韋恩圖 參考基因組比對/轉(zhuǎn)錄本組裝 聚類熱圖 注釋分類圖 表達量分析 蛋白互作網(wǎng)絡(luò) 箱線圖 基因結(jié)構(gòu)分析（SNP、INDEL、AS、CDS、SSR、新基因） WGCNA 散點圖 相關(guān)性分析 轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測 FASTA文件提取、合并、切分、統(tǒng)計 差異基因篩選 目標(biāo)基因集篩選及繪圖 ...

05月03 高鹽喂養(yǎng)誘導(dǎo)小鼠腸道生態(tài)失調(diào)引發(fā)小鼠早期腎損傷

Enteric dysbiosis-linked gut barrier disruption triggers?early renal injury induced by chronic high salt feeding?in mice ? 發(fā)表雜志：Experimental & Molecular Medicine 影響因子：5.063 PMID：28857085   前言 高血壓的患病率不斷增加，正在成為世界范圍內(nèi)的主要公共衛(wèi)生問題，但是高血壓的發(fā)病機制還不完全清楚。 腎損傷和功能障礙可能是導(dǎo)致血壓升高的主要原因之一，一些證據(jù)表明 鹽攝取能夠上調(diào)細胞因子的表達并增加腎臟損傷，但高鹽（HS）攝入與腎損傷發(fā)展之間的關(guān)系尚不清楚。本文研究人員用HS水喂養(yǎng)小鼠持續(xù)8周，并研究由此產(chǎn)生的腸道病理生理變化及其對早期腎臟異常的影響。   材料和方法 使用6至8周齡的雄性特異性無病原體C57BL / 6小鼠。根據(jù)處理方法分為：對照組（飲用水），HS實驗組（飲用水+ NaCl，8周），抗生素實驗組（飲用水+ NaCl+多粘菌素B+新霉素，8周）。 分析內(nèi)容如下：1.微生物分析；2.組織分析；3.基因表達分析，RNA-Seq使用百邁客BioMarker Technologies（Beijing，China）Illumina HiSeq 2500平臺；4.蛋白質(zhì)表達和生化分析；5.FD-4滲透性實驗；6.糞便微生物群移植（FMT）；7.統(tǒng)計分析   分析結(jié)果 1.慢性高鹽攝入導(dǎo)致腸道生態(tài)失調(diào) 首先，研究人員檢查HS攝入是否會影響腸道細菌。慢性HS喂養(yǎng)后，盲腸中的總細菌負荷略有下降，但無顯著變化（圖1a）。慢性HS喂養(yǎng)后，回腸上皮（圖1b）和結(jié)腸腔內(nèi)（圖1b）的細菌負荷也降低。慢性HS處理顯著降低厚壁菌門和提高擬桿菌的水平，這表明細菌組合物在HS攝入后發(fā)生改變。 圖1. 慢性高鹽喂養(yǎng)減少腸內(nèi)的細菌負荷 為了研究HS攝入如何影響腸道微環(huán)境，研究人員將HS組的細菌組成與對照組相比，在HS處理后，盲腸中Actinobacteria，F(xiàn)irmicutes和Bacteroidetes在門水平和Actinobacteria以及Clostridia和Bacteroidia的百分比顯著不同。unweighted uniFrac分析結(jié)果顯示HS和對照組分別聚集（圖2b）。進一步分析顯示，HS和對照組在回腸粘液層分別聚集（圖2c），而對照組和HS組形成兩個聚類，分離趨勢明顯在結(jié)腸粘液層（圖2d）。研究結(jié)果表明，慢性HS喂養(yǎng)可能導(dǎo)致腸道生態(tài)失調(diào)，細菌計數(shù)和微環(huán)境組成的變化也證明了這一點。 圖2. 慢性高鹽喂養(yǎng)引起腸道生態(tài)失調(diào) 2.慢性高鹽喂養(yǎng)導(dǎo)致消化道反應(yīng)受損的腸道異常 腸道生態(tài)失調(diào)通常與腸道病理生理學(xué)的改變有關(guān)，研究人員檢查了慢性HS喂養(yǎng)對腸道變化的影響。在對照組和HS-喂養(yǎng)組小鼠的回腸和結(jié)腸上皮細胞形態(tài)沒有差異（圖3a）。此外，通過TUNEL和ki67染色鑒定的相似數(shù)量凋亡和增殖細胞表明，慢性HS喂養(yǎng)不影響腸道中的細胞死亡（圖3a）。然而，研究人員發(fā)現(xiàn)炎癥標(biāo)志物表達被慢性HS攝入顯著改變。特別是，Ccl4，Ccl5和Ifn-γ在HS小鼠的回腸中表現(xiàn)出更高的mRNA水平（圖3b）。 IFN-γ免疫組織化學(xué)在回腸中的結(jié)果證實了基因表達數(shù)據(jù)（圖3c）。由于TLR家族蛋白和Nf-κB是參與病原體相關(guān)免疫應(yīng)答的主要分子，進一步評估TLR家族和Nf-κB基因表達，發(fā)現(xiàn)TLR2，TLR3和TLR5mRNA水平在回腸中趨于更高（圖3d）。同時，HS處理后IRF7，GATA3和NFKB2的表達顯著上調(diào)（圖3e）。此外，HS喂養(yǎng)后白細胞中CD38的表達在回腸中升高（圖3f）。然后通過RNA測序進行轉(zhuǎn)錄組分析，并比較涉及“細胞因子 - 細胞因子受體相互作用”，“ NF-κB信號通路“和”Toll樣受體信號通路“。在回腸和結(jié)腸中，兩組之間許多基因的表達是不同的。總的來說，這些數(shù)據(jù)表明慢性HS攝入導(dǎo)致腸炎癥反應(yīng)中斷。 圖3. 慢性高鹽喂養(yǎng)與腸道炎癥反應(yīng)中斷有關(guān) 3.慢性高鹽攝入導(dǎo)致腸屏障功能喪失并促進細菌易位進入腎臟 腸道免疫反應(yīng)受損始終與腸道屏障功能障礙有關(guān)，研究人員研究了HS的攝入如何影響腸道屏障功能。HS攝入顯著降低了tjp-1，tjp-2，claudin-1，claudin-7和claudin-8基因的表達（圖4a）。 此外，與對照小鼠相比，HS攝入后，回腸和結(jié)腸中屏障形成的緊密連接ZO-1蛋白水平和結(jié)腸中的Occludin蛋白水平顯示出較低的趨勢（圖4c和d）。 另一方面，在HS喂養(yǎng)回腸和結(jié)腸后，成孔緊密連接蛋白Claudin-2蛋白水平顯著較高（圖4c和d）。這些數(shù)據(jù)清楚地表明腸道腸道屏障被慢性HS攝入所破壞。 腸道通透性增加可能導(dǎo)致腸道細菌或細菌產(chǎn)物易位至腸外組織。通過使用16s PCR來識別細菌DNA，檢測到腎臟，肝臟和脾臟中的細菌移位。有趣的是，慢性HS攝入特異性促進了細菌移位進入腎臟，但不能進入肝臟或脾臟（圖4e）。進一步分析了腎細菌，發(fā)現(xiàn)與基于LEfSe測量的對照相比，屬于腸道細菌的桿菌被發(fā)現(xiàn)在HS處理的腎中富集（圖4f）。特別是，與對照動物的腎臟相比，在HS喂養(yǎng)的腎臟中，芽孢桿菌和Planomicrobium的水平分別增加2.6倍和8.7倍。這些結(jié)果表明慢性HS攝入可以促進某些細菌的易位。該數(shù)據(jù)清楚地表明HS喂養(yǎng)與腸道屏障破壞和腸道細菌易位進入腎臟有關(guān)。 圖4. 慢性高鹽喂養(yǎng)導(dǎo)致腸道屏障功能障礙并促進細菌移位進入腎臟 4.慢性高鹽喂養(yǎng)相關(guān)的腸屏障破壞和腎損傷取決于腸道微生物群 為了進一步闡明HS攝入后腸道生態(tài)失調(diào)和腎損傷之間的關(guān)系，給小鼠喂養(yǎng)多粘菌素B和新霉素?？股亟o藥確實恢復(fù)了HS飼喂誘導(dǎo)的回腸Ifn-γ過表達，通過糞便白蛋白和FD-4滲透監(jiān)測腸道泄漏，以及通過血漿內(nèi)毒素水平和腎臟16s / 18s比率監(jiān)測的細菌移位，通過尿和血漿Na +濃度測量，抗生素不改變鈉負荷（圖5a）。雖然8周HS喂養(yǎng)并未引起纖維化等進展性腎損傷，但由col1a1 mRNA水平監(jiān)測（圖5b），HS喂養(yǎng)增加了血漿肌酐水平。更重要的是，與對照組小鼠相比，HS-喂養(yǎng)小鼠腎功能障礙的主要標(biāo)志物尿白蛋白/肌酐比率顯著增加，抗生素治療幾乎可以完全恢復(fù)腎功能（圖5d）。另外，TUNEL染色顯示抗生素施用可以降低HS誘導(dǎo)的凋亡細胞的升高（圖5e和f）?？傊?，該數(shù)據(jù)表明，抗生素治療能夠改善腸道滲漏和HS喂養(yǎng)引起的早期腎損傷。 圖5. 抗生素改善慢性高鹽喂養(yǎng)引起的早期腎損傷 5.慢性高鹽喂養(yǎng)引起的收縮壓升高取決于腸道微生物群 慢性HS喂養(yǎng)可能導(dǎo)致動脈壓升高，并且研究人員還檢測到抗生素如何影響這種進展。 如圖6所示，雖然HS處理的小鼠的DBP和平均血壓沒有增加，但是慢性HS喂養(yǎng)后SBP明顯升高。...

04月27 極速交付，快若閃電

百邁客云是面向生物大數(shù)據(jù)分析的開放云平臺，為用戶提供包括生物信息分析APP、計算資源、公共數(shù)據(jù)、信息分析培訓(xùn)的整合服務(wù)，是科研工作者項目管理一站式平臺，相比傳統(tǒng)線下科技服務(wù)，能隨時隨地在線檢視項目全程進展，國內(nèi)首家實現(xiàn)云端結(jié)果全交付。更值得驕傲的是，近期云分析12個樣本最快可在6小時交付結(jié)果，有圖有真相。 根據(jù)百邁客研發(fā)團隊最新公布的項目實測數(shù)據(jù)可以看出，12個水稻有參轉(zhuǎn)錄組共81.1G數(shù)據(jù)量，在專業(yè)版賬號中最快可以12小時58分交付結(jié)果， 根據(jù)樣本特異性和數(shù)據(jù)量的差異性結(jié)果交付時間會有不同。 表1. 有參轉(zhuǎn)錄組各賬號運行參數(shù) （注：以上生產(chǎn)賬號均指百邁客內(nèi)部信息生產(chǎn)人員所用賬號，處理的均為實際項目） 無參轉(zhuǎn)錄組分析數(shù)據(jù)表明，12個玉米樣本共76.9G，專業(yè)版賬號中最快可以在2天5小時完成交付。而在生產(chǎn)賬號中，山雀（36G）和蚱蜢（62G）最快可在1天16小時完成分析。 表2. 無參轉(zhuǎn)錄組各賬號運行參數(shù) sRNA分析數(shù)據(jù)表明，水稻12個樣本，共9.59G，在專業(yè)版賬號中最快可以6小時29分完成分析。另外，在客戶專業(yè)版賬號中，6個黃瓜樣本，共3.8G數(shù)據(jù)，最快4小時完成分析任務(wù)。 表3. sRNA各賬號運行參數(shù) 由上可見，百邁客云分析已到一個很快的交付速度，無論是對次賬號/年賬號的客戶，還是對走傳統(tǒng)線下項目分析的客戶。對所有轉(zhuǎn)錄調(diào)控項目的（現(xiàn)階段是有參、無參、miRNA）客戶，百邁客已實現(xiàn)生產(chǎn)上云，即線下項目也通過云來投遞任務(wù)！后續(xù)還將擴展到更多的產(chǎn)品！ 百邁客云次賬號：客戶以次(G)為單位付費，在一定計算資源和固定APP內(nèi)自主完成1 次主流程分析及使用該項目APP長達 1 年的個性化分析。 百邁客云年賬號：分標(biāo)準(zhǔn)版（8核32G內(nèi)存）、專業(yè)版（8核32G內(nèi)存*4+16核96G內(nèi)存）和豪華版（8核32G內(nèi)存*8+16核256G內(nèi)存）三種，專業(yè)版賬號可使用4款A(yù)PP和100多款小工具，APP可覆蓋轉(zhuǎn)錄調(diào)控、個體重測序、微生物多樣性等。 （注：以上APP均指包含標(biāo)準(zhǔn)分析和個性化分析的集成化分析流程，圖形化界面操作。次賬號所用計算資源最低為年賬號的專業(yè)版計算資源） 百邁客轉(zhuǎn)錄調(diào)控三大產(chǎn)品有參轉(zhuǎn)錄組、無參轉(zhuǎn)錄組和miRNA已實現(xiàn)以下云分析極速周期： 無論您選擇百邁客的常規(guī)建庫測序分析服務(wù)，還是選擇百邁客云的次賬號/年賬號，均為云上分析，均可實現(xiàn)以上分析速度，讓您體驗云服務(wù)的高效快捷！項目進度快人一步，加速完成項目！ 百邁客也是首家實現(xiàn)手機微信端查詢項目進展功能的基因測序公司！ 1. 實時獲取項目進展，項目信息獲得更加直接； 2. 知悉階段預(yù)計時間，項目周期把控更加清晰； 3. 自動通知關(guān)鍵節(jié)點，項目協(xié)調(diào)管理更加精準(zhǔn)； 4. 評價延長賬號期限，最多可延長期限 3 個月。 選擇百邁客云服務(wù)，讓您省心無憂，“掌”握進展，實現(xiàn)科研論文的快速高效轉(zhuǎn)化！...

04月10 發(fā)布于 16:14 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

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