国产搡BBBB搡BBB视频,黃色A片一級二級三級免費久久久,亚洲成人无码在线,性猛交乱婬A片三A片人猿泰山,少妇被又大又粗又爽毛片久久黑人

09月07 這個課題組如何做到2年連發(fā)6篇文章？

對于剛接觸高通量測序的小碩小博來說，海量的測序數(shù)據(jù)和難于上青天的分析結果讓每一個初次接觸它的老師們都望而生畏。同樣的測序數(shù)據(jù)在生信大神的手里妙筆生花，開出一朵朵美麗而迷人的SCI論文。同為科研人的你，甚至自己想要的結果文件都不知道在哪里找。而這個研究小麥課題的老師，做到了什么才能在短短兩年之內發(fā)6篇測序相關的文章呢？ 作為一個科技服務工作者，自然能夠明白每一位老師的痛處和難點，不過現(xiàn)在都2020年了，再也不是一個轉錄組1萬元的天價了，那么現(xiàn)在從原始的測序數(shù)據(jù)到數(shù)據(jù)挖掘直至最后完美的SCI論文圖表，究竟是怎么出來呢？ 雖然君子遠庖廚，不過今天小編將為您帶進后廚，為您娓娓道來。   1、首先我們需要原始數(shù)據(jù) 這部分數(shù)據(jù)一般來自于兩種渠道：一種是老師做的建庫測序后拿到的原始數(shù)據(jù)，這部分數(shù)據(jù)可以直接保存在百邁客云賬號下；另一種來自于已發(fā)表的轉錄組文章中的原始數(shù)據(jù)，關于這部分數(shù)據(jù)，老師可以在NCBI上根據(jù)文章的鏈接查找下載，然后直接將數(shù)據(jù)保存在自己的賬號下，然后進行后續(xù)分析。 2、一分鐘的分析任務投遞 選擇合適的分析APP   命名和選擇數(shù)據(jù)     選擇參考基因組及設置差異分組   任務提交后，根據(jù)樣本數(shù)據(jù)量，一般24-48h左右大家就可以看到一份完整的分析結題報告和分析數(shù)據(jù)了。 講到這里可能有人會問：難道就這么簡單？那人家好幾篇文章里面那些高大上的圖片都是大神用小工具做的嗎，小編可以負責任的告訴你們，不是的！我們還有很多隱藏功能： 第一：基因檢索。（小編選的蛋白是PPR蛋白，從4萬多基因里面篩選出來60個PPR蛋白相關的基因，然后根據(jù)60個基因做GO分類圖）。   第二：WGCNA分析。這個分析主要是將基因模塊與表型數(shù)據(jù)或者表型樣本進行關聯(lián)，從而快速的鎖定一批候選基因。     運行后打開是下圖這樣的，對此圖有疑惑的可以點擊圖片左側的攝像頭。     第三：最近很火的差異基因表達趨勢分析     第四：108款分析繪圖工具(73款常用工具免費使用)。   具體這些工具如何使用？百邁客云還有哪些隱藏功能呢？歡迎大家持續(xù)關注，小編會定期為大家進行分享。        ...

08月28 真核轉錄組主流程任務投遞說明

一、登錄百邁客云平臺 下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.   二、選擇合適的分析平臺 百邁客云包含農學和醫(yī)學兩大類分析平臺，醫(yī)學分析平臺主要針對人、鼠數(shù)據(jù)的分析，包含：轉錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數(shù)據(jù)分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析；農學分析平臺可以應用到更多的物種，涵蓋轉錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數(shù)據(jù)的分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析等。點擊左側導航分析->農學或者醫(yī)學打開分析平臺列表頁面，點擊選擇您想要使用的分析平臺，打開其詳細介紹頁面，該頁面可以看到該平臺的應用領域``平臺介紹``技術背景``案例``課堂``版本記錄，點擊打開軟件即可進入到參數(shù)頁面。     三、創(chuàng)建項目名稱 為了方便數(shù)據(jù)、任務和報告的管理，我們將同屬于一個項目的內容會放到一個項目中，因此進行基本分析時需要先選擇一個項目，如果沒有項目也可以點擊+新建先創(chuàng)建一個項目，見下圖。     四、數(shù)據(jù)導入 針對FASTQ測序數(shù)據(jù)，選擇文件夾批量導入，雙端測序數(shù)據(jù)必須分別以_1.fq和_2.fq結尾，系統(tǒng)便會自動對數(shù)據(jù)進行配對，而且多個目錄中的文件可以分多次導入進來一起進行分析。（在本公司進行測序的數(shù)據(jù)會自動推送到您的賬戶下，數(shù)據(jù)所在文件夾名稱為合同編號） 導入數(shù)據(jù)之后，可以根據(jù)自己的需要修改樣品ID，由于此處設置的ID會體現(xiàn)在分析報告和分析結果中，因此請慎重考慮后再設置，分析完成后不可再次修改。如果平臺上還沒有您自己的數(shù)據(jù)，請參考數(shù)據(jù)上傳先將您的數(shù)據(jù)傳到云平臺上。     四、基本參數(shù)設置 一般在這里選擇生信流程版本、設置報告名稱等基本參數(shù)，如果對于參數(shù)設置沒有特殊要求，推薦使用默認參數(shù)。   五、選擇參考基因組（有參） 對于依賴參考基因組序列進行分析的平臺，一定要選擇和分析數(shù)據(jù)對應的參考物種及組裝版本，不同版本的參考基因組的詳細信息可以點擊基因組版本詳情進行查看。（一個項目只能使用一個版本的參考基因組進行分析）     六、基因功能注釋（無參） 組裝方式： 轉錄組組裝方式?jīng)Q定了后續(xù)Unigenes庫的構建和表達定量的策略以及分析結果的可靠性.根據(jù)實際情況選擇轉錄組組裝方式。分開組裝是對每個樣品數(shù)據(jù)單 獨組裝；合并組裝是將所有樣品放在一起組裝；分組組裝適合于不同品種（或者是變異種）的組裝，將相同品種的樣品合并組裝，然后將每組的組裝結果 進行合并去冗余。合并組裝獲得的Unigene庫更完整、冗余度更低,因此Trinity官方亦推薦使用合并組裝，以便進行后續(xù)的表達定量和差異表達分析. 注釋物種 為了提高注釋分析的效率(縮短比對比對時間)以及獲得有效的注釋信息,在選擇注釋物種時,應盡量選擇包含物種最確切的數(shù)據(jù)庫.（如果分析物種為真菌類，一定要選擇真菌選項，否則會影響組裝效果）     七、差異分組設置 根據(jù)實驗方案設計以及樣品信息，進行分組的設置，流程據(jù)此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。FDR值一般推薦選擇0.01，差異倍數(shù)閾值一般推薦選擇（此處的參數(shù)和差異分組在后期報告?zhèn)€性化中可再次進行修改）   八、生成標準分析報告 參數(shù)設置完成之后，可以點擊保存參數(shù)，方便之后進行重新分析或者基于本次參數(shù)進行修改后再次分析；一切準備就緒后，點擊提交將任務提交到百邁客云計算集群上，根據(jù)不同分析平臺、不同數(shù)據(jù)量等待大概2小時到3周的時間完成項目分析，獲取到標準分析報告。 報告查看，點擊項目（管理）?->?我的項目打開項目列表，找到之前提交任務時選擇的項目，點擊項目名稱打開該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點擊報告名稱查看詳細報告。 點擊報告右上角的項目結果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結果數(shù)據(jù)（尾款結清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個src文件夾，展示了部分結果；PDF報告是根據(jù)HTML報告轉換而來，方便您進行報告打??；結果數(shù)據(jù)包含了項目中所有結果文件，一般比較大，會通過FTP進行下載，請耐心等待下載。   ...

08月28 全轉錄組主流程任務投遞說明

一、登錄百邁客云平臺 下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.   二、選擇合適的分析平臺 百邁客云包含農學和醫(yī)學兩大類分析平臺，醫(yī)學分析平臺主要針對人、鼠數(shù)據(jù)的分析，包含：轉錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數(shù)據(jù)分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析；農學分析平臺可以應用到更多的物種，涵蓋轉錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數(shù)據(jù)的分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析等。點擊左側導航分析->農學或者醫(yī)學打開分析平臺列表頁面，點擊選擇您想要使用的分析平臺，打開其詳細介紹頁面，該頁面可以看到該平臺的應用領域``平臺介紹``技術背景``案例``課堂``版本記錄，點擊打開軟件即可進入到參數(shù)頁面。   三、創(chuàng)建項目名稱 為了方便數(shù)據(jù)、任務和報告的管理，我們將同屬于一個項目的內容會放到一個項目中，因此進行基本分析時需要先選擇一個項目，如果沒有項目也可以點擊+新建先創(chuàng)建一個項目，見下圖。   四、數(shù)據(jù)導入 針對FASTQ測序數(shù)據(jù)，選擇文件夾批量導入，雙端測序數(shù)據(jù)必須分別以_1.fq和_2.fq結尾，系統(tǒng)便會自動對數(shù)據(jù)進行配對，而且多個目錄中的文件可以分多次導入進來一起進行分析。（在本公司進行測序的數(shù)據(jù)會自動推送到您的賬戶下，數(shù)據(jù)所在文件夾名稱為合同編號） 導入數(shù)據(jù)之后，可以根據(jù)自己的需要修改樣品ID，由于此處設置的ID會體現(xiàn)在分析報告和分析結果中，因此請慎重考慮后再設置，分析完成后不可再次修改。如果平臺上還沒有您自己的數(shù)據(jù)，請參考數(shù)據(jù)上傳先將您的數(shù)據(jù)傳到云平臺上。 ！注：1.各組學導入數(shù)據(jù)樣本個數(shù)要一致 ????2.circRNA數(shù)據(jù)選擇去核糖體建庫則與lncRNA共用一套數(shù)據(jù)，無需單獨導入（百邁客建庫方法為去核糖體建庫）；選擇去線性建庫則需要單獨導入數(shù)據(jù)     五、選擇樣本對應關系 為了方便后面的聯(lián)合分析內容，需要將各RNA項目里的數(shù)據(jù)按照對應關系統(tǒng)一編號，有幾組對應關系則在左側添加幾組，再從右側的lncRNA樣品池和miRNA樣品池中選擇對應的樣本添加到分組。其中默認按鈕可以按照數(shù)字的順序快速添加對應關系。     六、選擇參考基因組 對于依賴參考基因組序列進行分析的平臺，一定要選擇和分析數(shù)據(jù)對應的參考物種及組裝版本，不同版本的參考基因組的詳細信息可以點擊基因組版本詳情進行查看。如果云上沒有您需要的參考基因組，您可以聯(lián)系對應的運營將您提供的基因組文件部署到云平臺上，供您使用。（注：一個項目只能使用一個版本的參考基因組進行分析）     七、參數(shù)設置 流程版本號可以選擇默認的最新版本 Lib_type為窗體頂端 Lib_type ：lncRNA建庫方式，fr-firststrand表示測序數(shù)據(jù)中，reads2方向與轉錄本方向一致；fr-unstranded為非鏈特異性建庫；fr-secondstrand 表示read1方向與轉錄本方向一致(百邁客lncRNA的建庫方式為fr-firststrand） lncRNA分析中反式靶基因預測方法： 樣本少的時候可以選擇基于序列方法，樣本數(shù)較多（大于5）推薦使用基于共表達分析方法。 miRNA的長度范圍和接頭序列可根據(jù)實際情況進行填寫，主要是為了過濾原始數(shù)據(jù)中的街頭，默認參數(shù)為百邁客使用的序列 circRNA預測軟件：給出三種預測方法，CIRI和find_circ是兩個不同的預測軟件，可以分別選擇其中一個軟件進行預測，CIRI+find_circ是將兩個軟件預測的結果取交集作為最終的結果，（此選項可能會導致預測結果偏少） 八、差異分組設置 根據(jù)實驗方案設計以及樣品信息，進行分組的設置，流程據(jù)此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。 DEseq2軟件適用于有生物學重復的項目，edgeR適用于無生物學重復的項目，選擇第一個，系統(tǒng)會自動識別項目類型選擇對應的軟件 FDR值一般推薦選擇0.01，差異倍數(shù)閾值一般推薦選擇2.（此處設置的的參數(shù)和差異分組在后期報告?zhèn)€性化中可再次進行修改）   九、聯(lián)合分析參數(shù) 構建共表達網(wǎng)絡的篩選條件為共表達相關性閾值和共表達相關性分析中顯著性閾值兩個參數(shù)，其中共表達相關性閾值越大，顯著性閾值越小，則條件越嚴格。 構建ceRNA網(wǎng)絡的關系對的篩選條件為ceRNA超幾何檢驗fdr值、ceRNA超幾何檢驗p值、ceRNA共享的miRNA數(shù)目三個參數(shù)，其中fdr值和P值越小，共享miRNA數(shù)目越大則篩選條件越嚴格。 圖中參數(shù)為推薦參數(shù)   十、生成標準分析報告 參數(shù)設置完成之后，可以點擊保存參數(shù)，方便之后進行重新分析或者基于本次參數(shù)進行修改后再次分析；一切準備就緒后，點擊提交將任務提交到百邁客云計算集群上，根據(jù)不同分析平臺、不同數(shù)據(jù)量等待大概2小時到3周的時間完成項目分析，獲取到標準分析報告。 報告查看，點擊項目（管理）?->?我的項目打開項目列表，找到之前提交任務時選擇的項目，點擊項目名稱打開該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點擊報告名稱查看詳細報告。 點擊報告右上角的項目結果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結果數(shù)據(jù)（尾款結清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個src文件夾，展示了部分結果；PDF報告是根據(jù)HTML報告轉換而來，方便您進行報告打?。唤Y果數(shù)據(jù)包含了項目中所有結果文件，一般比較大，會通過FTP進行下載   ...

08月27 蛋白主流程任務投遞說明

一、登錄百邁客云平臺 下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk. 二、選擇合適的分析平臺 百邁客云包含農學和醫(yī)學兩大類分析平臺，醫(yī)學分析平臺主要針對人、鼠數(shù)據(jù)的分析，包含：轉錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數(shù)據(jù)分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析；農學分析平臺可以應用到更多的物種，涵蓋轉錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數(shù)據(jù)的分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析等。點擊左側導航分析->農學或者醫(yī)學打開分析平臺列表頁面，點擊選擇您想要使用的分析平臺，打開其詳細介紹頁面，該頁面可以看到該平臺的應用領域``平臺介紹``技術背景``案例``課堂``版本記錄，點擊打開軟件即可進入到參數(shù)頁面。     三、創(chuàng)建項目名稱 為了方便數(shù)據(jù)、任務和報告的管理，我們將同屬于一個項目的內容會放到一個項目中，因此進行基本分析時需要先選擇一個項目，如果沒有項目也可以點擊+新建先創(chuàng)建一個項目，見下圖。   四、選擇輸入文件 蛋白鑒定表格：蛋白質質譜鑒定的結果表格。制表符分隔的文本文件，第一列為蛋白ID，其他列為樣品的表達量。對格式不清楚的可點擊查看示例下載示例文件。（百邁客項目的結果文件會直接推送到客戶賬號下，文件夾名稱為合同編號，可直接導入使用） 蛋白數(shù)據(jù)庫：蛋白質質譜鑒定所用的數(shù)據(jù)庫。不同數(shù)據(jù)庫得到的蛋白ID格式不同。這里給出了常用的uniport數(shù)據(jù)庫和轉錄組數(shù)據(jù)庫。如果需要和轉錄組聯(lián)合分析，建議使用轉錄組數(shù)據(jù)庫,并且可以輸入轉錄組的注釋信息文件，百邁客的轉錄組項目會自動生成此文件，也可以下載示例查看具體的格式）。 五、綜合選項 流程版本：選擇最新的版本（目前為0） Kegg注釋物種分類：點擊下拉框選擇KEGG注釋所用的物種類別 報告名稱：可以自定義方便區(qū)分的報告名稱，可以使用默認名稱 物種名稱：支持自定義物種名稱，與后期生成的任務名稱相關聯(lián) 標準化方式：否：不進行標準化；總峰面積：表示每個樣本中的每個蛋白除以該樣本總的峰面積；加和方法：先計算單個樣本所有蛋白的sum值, 再用sum值除以幾個樣本sum值中最大的，得到偏差系數(shù)，最后用蛋白/樣本的偏差系數(shù)得到標準化后的值。此處iTRAQ項目數(shù)據(jù)已經(jīng)進行過歸一化，可以選擇否，lable-free項目推薦總峰面積   六、差異分組設置 根據(jù)實驗方案設計以及樣品信息，進行分組的設置，流程據(jù)此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。 pvalue值一般推薦選擇0.01，差異倍數(shù)閾值一般推薦選擇2.（此處設置的的參數(shù)和差異分組在后期報告?zhèn)€性化中可再次進行修改） 分組設置：有幾組生物學重復就在左側的分組池中添加相應數(shù)量的分組，再從右側的樣品池中選樣本加入相應的分組中，1個樣本只能屬于一個分組且一個分組的樣本數(shù)目不少于2個（這里需要修改分組名稱，分析完成后不可修改） 差異分組設置 根據(jù)實驗方案設計以及樣品信息，進行分組的設置，流程據(jù)此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。（此處的參數(shù)和差異分組在后期報告?zhèn)€性化中可再次進行修改）     七、生成標準分析報告 參數(shù)設置完成之后，可以點擊保存參數(shù)，方便之后進行重新分析或者基于本次參數(shù)進行修改后再次分析；一切準備就緒后，點擊提交將任務提交到百邁客云計算集群上，根據(jù)不同分析平臺、不同數(shù)據(jù)量等待大概2小時到3周的時間完成項目分析，獲取到標準分析報告。 報告查看，點擊項目（管理）?->?我的項目打開項目列表，找到之前提交任務時選擇的項目，點擊項目名稱打開該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點擊報告名稱查看詳細報告。 點擊報告右上角的項目結果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結果數(shù)據(jù)（尾款結清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個src文件夾，展示了部分結果；PDF報告是根據(jù)HTML報告轉換而來，方便您進行報告打印；結果數(shù)據(jù)包含了項目中所有結果文件，一般比較大，會通過FTP進行下載，請耐心等待下載。  ...

08月27 代謝組主流程任務投遞說明

一、登錄百邁客云平臺 下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk. 二、選擇合適的分析平臺 百邁客云包含農學和醫(yī)學兩大類分析平臺，醫(yī)學分析平臺主要針對人、鼠數(shù)據(jù)的分析，包含：轉錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數(shù)據(jù)分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析；農學分析平臺可以應用到更多的物種，涵蓋轉錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數(shù)據(jù)的分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析等。點擊左側導航分析->農學或者醫(yī)學打開分析平臺列表頁面，點擊選擇您想要使用的分析平臺，打開其詳細介紹頁面，該頁面可以看到該平臺的應用領域``平臺介紹``技術背景``案例``課堂``版本記錄，點擊打開軟件即可進入到參數(shù)頁面。   三、創(chuàng)建項目名稱 為了方便數(shù)據(jù)、任務和報告的管理，我們將同屬于一個項目的內容會放到一個項目中，因此進行基本分析時需要先選擇一個項目，如果沒有項目也可以點擊+新建先創(chuàng)建一個項目，見下圖。     四、選擇輸入文件 代謝定量文件：針對鑒定到的代謝物進行定量的結果表格。制表符分隔的文本文件，第一列為代謝物ID，其他列為樣品的表達量。對格式不清楚的可點擊查看示例下載示例文件。（百邁客項目的結果文件會直接推送到客戶賬號下，文件夾名稱為合同編號，可直接導入使用）   五、綜合選項 流程版本：選擇最新的版本（目前為0） Kegg注釋物種分類：點擊下拉框選擇KEGG注釋所用的物種類別 報告名稱：可以自定義方便區(qū)分的報告名稱，可以使用默認名稱 物種名稱：支持自定義物種名稱，與后期生成的任務名稱相關聯(lián) 標準化方式：否表示不使用歸一化，總峰面積歸一化表示每個樣本中的每個代謝物除以該樣本總的峰面積，內標則是每個代謝物除以內標代謝物的峰面積且默認內標的代謝物定性名稱為IS，內標不參與后續(xù)的分析。（LC推薦使用總峰面積，GC推薦使用內標） 六、差異分組設置 根據(jù)實驗方案設計以及樣品信息，進行分組的設置，流程據(jù)此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。 推薦閾值選擇：（1）差異倍數(shù)閾值1、T檢驗p值0.05、VIP值1 （2）差異倍數(shù)閾值2、T檢驗p值1、VIP值1 （其中vip值采用了正交偏最小二乘法判別分析（OPLS-DA），該分析會給每個代謝物一個變量投影重要度VIP值，值越大說明代謝物的差異越顯著） 分組設置：有幾組生物學重復就在左側的分組池中添加相應數(shù)量的分組，再從右側的樣品池中選樣本加入相應的分組中，1個樣本只能屬于一個分組且一個分組的樣本數(shù)目不少于2個。（這里需要修改分組名稱，分析完成后不可修改） 差異分組設置：根據(jù)實驗方案設計以及樣品信息，進行分組的設置，流程據(jù)此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。（此處的參數(shù)和差異分組在后期報告?zhèn)€性化中可再次進行修改）   七、生成標準分析報告 參數(shù)設置完成之后，可以點擊保存參數(shù)，方便之后進行重新分析或者基于本次參數(shù)進行修改后再次分析；一切準備就緒后，點擊提交將任務提交到百邁客云計算集群上，根據(jù)不同分析平臺、不同數(shù)據(jù)量等待大概2小時到3周的時間完成項目分析，獲取到標準分析報告。 報告查看，點擊項目（管理）?->?我的項目打開項目列表，找到之前提交任務時選擇的項目，點擊項目名稱打開該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點擊報告名稱查看詳細報告。 點擊報告右上角的項目結果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結果數(shù)據(jù)（尾款結清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個src文件夾，展示了部分結果；PDF報告是根據(jù)HTML報告轉換而來，方便您進行報告打?。唤Y果數(shù)據(jù)包含了項目中所有結果文件，一般比較大，會通過FTP進行下載，請耐心等待下載。...

11月30 數(shù)據(jù)淘金——公共數(shù)據(jù)再利用

高通量測序技術的出現(xiàn)，使全世界產(chǎn)出的測序數(shù)據(jù)出現(xiàn)了爆炸式增長，這些數(shù)據(jù)存放在或大或小的數(shù)據(jù)庫中，區(qū)域性的大數(shù)據(jù)庫包括NCBI、ENA/EBI、DDBJ等，今天我們重點給大家介紹下NCBI的SRA數(shù)據(jù)庫。  

Part 1?|?SRA數(shù)據(jù)庫介紹

SRA(Sequence Read Archive)是NCBI中專門用于存放原始高通量測序數(shù)據(jù)的一個子庫，收錄了各種二代、三代測序儀產(chǎn)生的數(shù)據(jù)，與ENA/EBI、DDBJ間共享原始測序數(shù)據(jù)。

INSDC（International Nucleotide Sequence Database Collaboration）成員間共享測序數(shù)據(jù)

有過數(shù)據(jù)上傳經(jīng)歷的童鞋應該對SRA并不陌生，上傳數(shù)據(jù)前我們一般要創(chuàng)建BioProject、BioSample，用于詳細說明項目信息、樣品信息；并通過SRA的Experiment、RUN描述建庫測序相關信息，如建庫類型、測序儀器、單雙端等；下圖概括出了幾者之間的關系。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/submitmeta/

SRA上傳和檢索數(shù)據(jù)時，我們會遇到各種各樣的編號，這些編號間的對應關系通過下表我們可以理清。項目和樣品信息首先會存放在BioProject和BioSample數(shù)據(jù)庫中，得到類似PRJNA和SAMN的編號；在SRA數(shù)據(jù)庫中也會對項目和樣品進行編號，分別以SRP和SRS作為前綴，并與BioProject和BioSample中對應；其余SR開頭的編號都屬于SRA數(shù)據(jù)庫。

SRA數(shù)據(jù)庫中各種編號對應表

SRA數(shù)據(jù)庫中存儲的是高度壓縮后的sra格式數(shù)據(jù)，截止到目前，SRA中已經(jīng)累計存儲了超過20P堿基數(shù)據(jù)，而且每年仍在以極快的速度增長。

SRA數(shù)據(jù)量增長圖（縱坐標代表sra格式文件大小，單位TB；橫坐標代表年；藍線代表總數(shù)據(jù)量）

Part 2?|?SRA數(shù)據(jù)庫中疾病相關數(shù)據(jù)統(tǒng)計

在SRA數(shù)據(jù)庫的愿景中，除了進行原始測序數(shù)據(jù)的保存之外，還有一個目的就是希望這些數(shù)據(jù)可以被再次利用，得出新的發(fā)現(xiàn)。但是目前這些數(shù)據(jù)就像宇宙中無法被探測的暗物質，無人問津。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/

既然已經(jīng)有如此多的公共數(shù)據(jù)，我們應該充分挖掘，不僅可以產(chǎn)出新發(fā)現(xiàn)，也可以有效降低科研成本。俗話說的好，知己知彼，百戰(zhàn)不殆。要想充分利用這些公共數(shù)據(jù)，我們首先需要對這些數(shù)據(jù)有更加深刻的認識，于是我們針對熱點研究疾病，統(tǒng)計了不同測序類型的數(shù)據(jù)量，以及項目數(shù)和樣品數(shù)，想了解其他疾病數(shù)據(jù)量情況的童鞋可以文末留言，我們統(tǒng)計好之后發(fā)送給您。

熱點研究疾病數(shù)據(jù)統(tǒng)計（單位:Gbase）

熱點癌癥數(shù)據(jù)統(tǒng)計（單位:Gbase）

Part 3 |?公共數(shù)據(jù)使用策略

如此多的數(shù)據(jù)，該怎樣去利用，我們整理了一些思路，供大家參考。 策略一：數(shù)據(jù)整合，增大樣本量 以研究疾病相關基因表達為例，可以整合多個項目中的RNA-Seq數(shù)據(jù)（也可以結合自己的數(shù)據(jù)，增大樣本量），計算基因表達量，并篩選疾病組織和正常組織間差異表達的基因； 再針對差異表達基因進行共表達分析，獲得共表達基因集；然后進一步對這些基因的功能、所屬通路進行分析，從而更完整的描述出疾病發(fā)生的機理。 策略二：多種疾病間橫向比較 以研究肺癌患者中S100A4基因的差異表達為例，通過下載其他類型癌癥如：胸腺癌、惡性間皮瘤的RNA-Seq數(shù)據(jù)，并分析該基因在這兩種癌癥中的差異表達情況，如果與肺癌中有相同的差異表達趨勢，則可以增強我們結論的說服力。 策略三：不同水平間橫向比較 分析不同水平的數(shù)據(jù)，如：細胞水平、組織水平、動物模型上目標基因的差異表達情況，增強分析結論的說服力。 策略四：不同類型數(shù)據(jù)間聯(lián)合分析 我們只自測了mRNA數(shù)據(jù)，但是想了解miRNA對于mRNA的調控，那我們可以下載對應疾病的miRNA類型的數(shù)據(jù)，通過兩者的聯(lián)合分析，更深入的了解疾病發(fā)生的機理。

Part 4 |?結語

公共數(shù)據(jù)使用看似很困難，需要下載、轉換格式、生信分析，目前百邁客云（www.dustyhill.net）已經(jīng)集成了SRA數(shù)據(jù)檢索、下載、轉換和分析，我們錄制了一個短視頻，展示了如何通過簡單的鼠標點擊高效完成以上所有工作，詳情：http://live.biocloud.net/open/course/10  

03月20 百邁客云平臺——助您輕松搞定聚類熱圖繪制

聚類熱圖是以熱圖的形式來進行聚類結果的展示，可以直觀的從圖上分析哪些數(shù)據(jù)具有相似性，哪些數(shù)據(jù)差異較大。百邁客云（BMKCloud）免費推出的聚類熱圖小工具主要針對矩陣文件（如不同樣品的基因表達量、樣本相關系數(shù)矩陣等）進行聚類分析及圖片繪制，并且可以根據(jù)研究情況對繪圖結果進行交互式操作（如篩選數(shù)據(jù)，調整圖片配色等）。 應用場景： 使用矩陣數(shù)據(jù)文件進行熱圖繪制，通?？梢詫仃嚁?shù)據(jù)進行篩選，歸一化和聚類等處理，多用于不同樣品間基因表達水平聚類分析。主要應用在真核有參轉錄組、真核無參轉錄組、微生物多樣性等數(shù)據(jù)分析中。 操作步驟： 登錄百邁客云首頁（www.dustyhill.net）——分析——工具——繪圖工具——熱圖 操作方法： 1. 輸入文件 （1）文件要求：文件內容應為制表符隔開的文本文件，且大小不可超過 10M。默認首行、首列為表頭，一般每列表示一個樣品，每行表示一個基因，也可統(tǒng)計其他含義的數(shù)據(jù)矩陣。除表頭外，參與統(tǒng)計繪圖的內容應為純數(shù)字，文件范例如下： （2） 指定作圖列：可對指定列繪圖，如只對第 2 到第 5 列和第 10 列作圖，可輸入：“2-5,10”。若想按特定順序繪圖，需用逗號將繪圖列按序列出，并在下方參數(shù)中取消按列聚類，如“6,3,2,5,4”。 （3） 指定基因：可輸入基因列表文件，系統(tǒng)會自動過濾空行或以#開頭的行并提取第一列作為指定基因，結合上方輸入的矩陣文件進行統(tǒng)計繪圖。 2. 參數(shù)設置 （1）配色方案：設置繪圖所采用的配色?？梢赃x擇預制方案，也可以根據(jù)實際實際需要自定義配色方案。 （2） 對數(shù)取值：對文件數(shù)據(jù)取對數(shù)后再繪圖。取對數(shù)可以有效解決數(shù)據(jù)取值范圍過大導致的配色問題。 （3） 歸一化：對行或列進行歸一化處理?？勺畲蟪潭鹊爻尸F(xiàn)每行或每列的變化信息，避免超高值掩蓋其他數(shù)據(jù)的變化。繪制基因表達量熱圖時，常按基因歸一化。 （4） 聚類方案：可選擇是否按行、列聚類。若按特定樣本順序繪制熱圖，可取消按列聚類。 a行列顯示：可選擇是否顯示行、列 ID。 b 樣品、基因字號：可調節(jié)行、列 ID 的字體大小。 3 注意事項 （1） 聚類分析涉及運算分析，當分析的基因數(shù)或樣品數(shù)較多時，繪圖時間可能較長，請待任務完成后點擊預覽查看、調整圖片。 （2）如果選擇對數(shù)據(jù)取對數(shù)，會自動將取值為 0 的數(shù)據(jù)轉化為接近于 0 的小數(shù)。 4. 結果展示 （1） 繪圖結果：繪圖結果展示區(qū)為您展示初始或調整后的繪圖結果，同時，可通過圖片區(qū)域的交互操作查看對應的數(shù)據(jù)信息，如： a 鼠標懸停于圖中相應數(shù)據(jù)格，可顯示其對應的行名、列名和數(shù)值。 b 點擊圖中相應的行名或列名，在“查看原數(shù)據(jù)”頁會高亮顯示對應行或列。 c 選中行聚類樹某分枝后，可在“查看原數(shù)據(jù)”也篩選出對應行并下載。 （2）全屏預覽：點擊圖片右上角的縮放按鈕，可全屏預覽繪圖結果。選中聚類樹某分枝后點擊縮放按鈕，可在全屏預覽時高亮對應的分枝，以便盡快找到目標區(qū)域。 （3）圖片下載：點擊預覽區(qū)右上角的“下載”按鈕，可保存 SVG 或 PNG 格式的繪圖結果 （4）調整圖片 a 配色方案：設置繪圖所采用的配色?？梢赃x擇預制方案，也可以根據(jù)實際實際需要自定義配色方案。 b 對數(shù)取值：對文件數(shù)據(jù)取對數(shù)后再繪圖。取對數(shù)可以有效解決數(shù)據(jù)取值范圍過大導致的配色問題。 c 歸一化：對行或列進行歸一化處理。可最大程度地呈現(xiàn)每行或每列的變化信息，避免超高值掩蓋其他數(shù)據(jù)的變化。繪制基因表達量熱圖時，常按基因歸一化。 d 聚類方案：可選擇是否按行、列聚類。若按特定樣本順序繪制熱圖，可取消按列聚類。 e 行列顯示：可選擇是否顯示行、列 ID。 f 樣品、基因字號：可調節(jié)行、列 ID 的字體大小。 （5）查看數(shù)據(jù) a聚類數(shù)據(jù)：顯示聚類后數(shù)據(jù)矩陣的前100行，樣品和基因順序均與左側圖中一致。 b 搜索基因：可在搜索欄中輸入關鍵詞，搜索相應基因或基因集。 5.案例展示 2017年，中國水產(chǎn)科學院喻達輝老師在百邁客云平臺上對合浦珠母貝免疫相關數(shù)據(jù)進行分析，2篇文章先后分別發(fā)表于同一個雜志《Fish &...

03月20 百邁客云平臺——助您輕松搞定GO、 KEGG富集圖繪制

GO、KEGG分類富集圖繪制工具對給定的基因集結合注釋信息繪制GO分類富集圖、KEGG分類富集及通路富集圖。GO分類富集圖是通過對基因進行GO?terms?富集度統(tǒng)計學的分析，計算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相關的GO?term。KEGG分類富集圖是可以把顯著的pathway進行富集，有助于找到實驗條件下顯著性變化的生物學調控通路。 適用數(shù)據(jù)類型：轉錄組研究數(shù)據(jù)和基因組研究數(shù)據(jù) 軟件：R包（ggplot2） 操作步驟 登錄百邁客云首頁（www.dustyhill.net）——分析——工具——繪制GO和KEGG富集圖。 操作方法 1.輸入文件 Anno: 是所有基因功能注釋的結果總表，一般百邁客的有參、無參項目中會有這個數(shù)據(jù)，通常的命名為All_Database_annotation.xls。 Genes_id: 指需要進行分析的基因集文件，txt文本格式，每一行是一個基因的名字。 GO_top_lines：指定前多少行用于GO富集繪圖，在進行GO富集分析的時候，會將結果按P值進行排序，然后挑選前n行進行繪圖，默認為20。 2.注意事項 （1）注釋總表（All_Database_annotation.xls），該文件包含Integrated_Function.anno、Function_anno.stat、GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko等6個工作表，其中GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko這四個必須包含，且命名完全一致。 （2）Genes_id和注釋總表的基因ID相對應； （3）文件名稱：包含字母數(shù)字以及下劃線，不能以數(shù)字開頭，不能有空格，不能有特殊字符等。 （4）如果是在百邁客云上分析的結果，只需要在項目結果中找到All_Database_annotation.xls文件輸入即可。如果不是在百邁客做的項目，沒有這個文件，您需要先將FASTA格式的文件在云平臺的“基因功能注釋”小工具中得到All_Database_annotation.xls，如下示意圖。 3.結果說明 該結果包含兩個文件GO和KEGG GO包含以下文件: 其中go_enrichment.png是GO富集結果圖，選擇置信度Pvalue最高的20個繪制通路富集圖；GO.Classification.png是GO分類圖。 KEGG包含以下文件： KEGG.Classification.png是KEGG分類圖。 案例展示 百邁客云平臺的GO、KEGG分類富集圖繪制小工具得到了許多老師的認可，目前已經(jīng)有一些老師運用這款小工具發(fā)表了文章，比如鄭州大學安秀麗老師課題組對四倍體與二倍體蕪菁轉錄組比較分析的研究中運用了GO、KEGG分類富集圖繪制工具，文章發(fā)表在《Frontiers in Plant Science》雜志上。 此外，中國農業(yè)科學院油料作物研究所的胡瓊老師課題組對參與油菜分蘗調控相關信號通路的研究中也運用了GO、KEGG分類富集圖繪制工具，文章發(fā)表在《Int J Mol Sci》雜志上。 百邁客云平臺是由北京百邁客生物科技有限公司開發(fā)，集生物信息分析軟件、數(shù)據(jù)庫以及云計算為一體的生物大數(shù)據(jù)分析平臺。GO、KEGG分類富集圖繪制小工具就介紹到這里了，請關注百邁客云微信公眾號，后期會有更多小工具的介紹和操作指引，如果您在操作過程中遇到任何問題都可以聯(lián)系咱們的云客服，歡迎點擊屏幕右下方客服圖像進入咨詢環(huán)節(jié)。 參考文獻： 1. Zhao R, Feng J, Yin X, et al. Antibiotic resistome in landfill leachate from different cities of China deciphered by metagenomic analysis.[J]. Water Research, 2018, 134:126–139. 2. Cheng H, Hao M, Wang W, et al. Integrative RNA-...

01月08 這是一個神奇的網(wǎng)站……(下)

隨著測序成本越來越低，一些重要物種數(shù)據(jù)呈指數(shù)級積累，其中蘊含著巨大價值。物種數(shù)據(jù)研究能為解答基因組進化學、系統(tǒng)發(fā)育學問題提供參考，有利于指導育種工作及保護物種多樣性。因此構建物種數(shù)據(jù)庫具有重要意義： 01物種數(shù)據(jù)庫可作為系統(tǒng)性的展示、查詢、分析的平臺：實現(xiàn)物種多組學數(shù)據(jù)的高效檢索、保存、調用、分析及深度挖掘。 02一些具備創(chuàng)新特性的數(shù)據(jù)庫也可單獨作為一項研究成果在SCI論文中進行展示。 03通過共享云用戶的訪問，可提升第三方數(shù)據(jù)庫的知名度，部分重要物種信息、重要分析結果可以收費下載，為進一步維護數(shù)據(jù)庫和科研工作提供資金。 04共享研究成果，促進業(yè)內交流：數(shù)據(jù)庫可作為研究論文的補充，展示研究細節(jié)，也便于其他研究者基于數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)進行進一步的探索，從而提升國內相關領域整體研究水平。  1.百邁客云物種數(shù)據(jù)庫概述 百邁客作為一家擁有深厚基因組學數(shù)據(jù)分析行業(yè)背景的大數(shù)據(jù)挖掘分析公司，致力于為用戶設計更貼合使用習慣的基因組學數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)，在2017年正式推出搭建百邁客云物種數(shù)據(jù)庫的服務。 簡單來說，百邁客云物種數(shù)據(jù)庫是針對物種基因組學數(shù)據(jù)的存儲、管理、查詢、分析的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)。用戶基于Web操作界面即可實現(xiàn)數(shù)據(jù)的增刪改查等操作，還可以利用數(shù)據(jù)庫部署的簡單分析工具或結合百邁客云賬號進行數(shù)據(jù)挖掘分析。 說了那么多是不是有些心動了呢？ 跟隨小編一起看下百邁客云物種數(shù)據(jù)庫核心優(yōu)勢有哪些。 2.百邁客云物種數(shù)據(jù)庫優(yōu)勢 多維度部署：多組學數(shù)據(jù)（轉錄組、基因組、重測序數(shù)據(jù)）高度整合與部署快捷部署：模塊化的數(shù)據(jù)庫底層設計，可基于需求抽取底層庫標準化數(shù)據(jù)存儲檢索模塊及頁面樣式模塊，快速完成在本地服務器或百邁客云數(shù)據(jù)庫用戶服務集群上的部署 操作更簡單：后臺管理權限，甲方無需配備專業(yè)IT運維和美工，在乙方培訓后，即可完成后期的數(shù)據(jù)增加、刪除等更新操作 查詢調用更高效：代替原始的硬盤存儲+手動查找的傳統(tǒng)數(shù)據(jù)管理模式，引入互聯(lián)網(wǎng)領域的數(shù)據(jù)庫技術，可將各時間點、各空間點、各類型數(shù)據(jù)結構化地存儲于統(tǒng)一的數(shù)據(jù)庫框架中，借助數(shù)據(jù)庫自動查詢語言與web2.0網(wǎng)頁界面即可實現(xiàn)基因組學數(shù)據(jù)的高效查詢和調用。避免了傳統(tǒng)數(shù)據(jù)管理模式下數(shù)據(jù)丟失率高及檢索困難等問題 數(shù)據(jù)挖掘更輕松：強大的云平臺支持，可連接百邁客云其他數(shù)據(jù)庫（八大數(shù)據(jù)庫，如功能基因庫、參考文獻數(shù)據(jù)庫等），并可使用百邁客云分析工具（如幾十款分析APP、一百多款小工具），基于APP和小工具完成數(shù)據(jù)的深度挖掘   3.百邁客共建數(shù)據(jù)庫的成功案例 那么我們看下百邁客有哪些成功案例吧！ 中國農科院大豆數(shù)據(jù)庫（www.soybean-resources.cn） 包含了約1500種大豆種質資源，382個品種的重測序，7套泛基因數(shù)據(jù)。     中科院植物所構樹數(shù)據(jù)庫（papyrifera.biocloud.net） 包含了構樹基因組序列及注釋信息，可進行數(shù)據(jù)的瀏覽、使用、下載。 4.數(shù)據(jù)庫搭建流程 01需求論證（2~4周） 用戶設定模塊組合及各模塊對外權限，可選擇部署到本地服務器或托管于百邁客云數(shù)據(jù)庫專用集群； 乙方完成原型設計，并與甲方確認后核算搭建成本并報價，乙方核算報價，甲方支付20%的預付款。 02開發(fā)（3個月） 基于數(shù)據(jù)庫原型，制定出數(shù)據(jù)標準化格式、文本需求信息，協(xié)助用戶數(shù)據(jù)準備工作； 依次完成UI設計、前端架構、后端完成底層數(shù)據(jù)的存儲與頁面相關交付；進行測試驗收。 03交付 雙方共同完成測試后，甲方需在驗收合格10個工作日內支付80%尾款，乙方交付數(shù)據(jù)庫并協(xié)助甲方進行日常維護更新。 04日常維護與更新 每日巡檢，檢查機房用電、溫濕度，服務器硬件報警及維修； 服務器操作系統(tǒng)狀態(tài)監(jiān)控與報警、日常維護、操作系統(tǒng)及軟件版本更新； 服務器生產(chǎn)服務與軟件的狀態(tài)監(jiān)控與報警、版本更新； 數(shù)據(jù)庫服務狀態(tài)監(jiān)控與報警，數(shù)據(jù)定期檢查與備份； 甲方在乙方協(xié)助下自主完成增刪改等操作。 ...