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摘要：
一個(gè)完整和硬化的內(nèi)果皮是核果的典型特征。 然而，“Liehe”（LE）杏品種具有薄，軟，可切割的內(nèi)皮，其厚度和木質(zhì)素含量分別占“金西紅”（JG）杏（具有正常硬化內(nèi)果皮）的60.39％和63.76％。為了了解LE杏表型背后的分子機(jī)制，本研究使用Illumina HiSeq TM?2500對(duì)Prunus armeniaca?L.進(jìn)行比較轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。
本研究中鑒定出了63,170條unigenes（15,469條unigene的長(zhǎng)度大于1,000 bp），25,356條unigenes得到了功能注釋。利用通路富集及表達(dá)模式分析來(lái)分析差異表達(dá)基因，在LE杏中編碼苯丙素生物合成參與的關(guān)鍵酶的差異表達(dá)基因顯著下調(diào)，例如，在盛花期后15，21，30，49天中，編碼肉桂醇脫氫酶的CAD基因表達(dá)水平在LE杏中僅為JG品種的1.3％，0.7％，0.2％和2.7％。此外，確定了調(diào)節(jié)次級(jí)壁和木質(zhì)素生物合成的轉(zhuǎn)錄因子，特別是對(duì)于二級(jí)壁增厚因子1（NST 1），其在盛花期后15天和21天，LE杏中的表達(dá)水平分別僅為JG品種的2.8％和9.3％。
本研究中的比較轉(zhuǎn)錄組可以用于了解LE杏中內(nèi)切皮表型的分子機(jī)制，這種新的杏基因組資源和候選基因?yàn)檫M(jìn)一步研究杏內(nèi)果皮發(fā)育期間的木質(zhì)素提供了有用的參考。轉(zhuǎn)錄因子（如NST1）可調(diào)節(jié)參與苯丙素途徑的基因，影響內(nèi)皮的發(fā)育和木質(zhì)化。
本文主流程和k-means均值聚類都用了百邁客云平臺(tái)。
英文摘要：
Background: A complete and hardened endocarp is a typical trait of drupe fruits. However, the ‘Liehe’ (LE) apricot cultivar has a thin, soft, cleavable endocarp that represents 60.39% and 63.76% of the thickness and lignin content, respectively, of the...
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