06月19 鄭洪坤：“云模式”引領基因科技服務 2.0 時代
生物信息和科技服務行業(yè)正在經歷從1.0時代向2.0時代的變遷。在這個變遷的浪潮下，生物科研工作者，科技服務從業(yè)人員都面臨著哪些挑戰(zhàn)和機遇？從業(yè)十五年的百邁客CEO鄭洪坤認為：云模式，才是打開基因科技服務2.0時代的正確方式。
基因科技服務1.0時代：測序數據少，分析以標準分析為主且主要由服務公司完成
我很有幸一入行就進入了生物信息行業(yè)，到現在算起來也有15年了。這些年見證了生物信息和科技服務行業(yè)的發(fā)展?？萍挤赵谝淮鷾y序時代就存在，爆發(fā)式發(fā)展是從二代測序開始之后，隨著二代測序進入市場，測序價格大幅下降，二代測序被更多的科研工作者應用?？萍挤盏哪Ｊ降某跗?，由于測序數據少，科學家們選擇一些有特點的物種、品種或者性狀進行測序，數據稍加分析就可以得到讓科研工作者為之興奮的結果，科研的創(chuàng)新度較高，發(fā)文章的概率也高，因此大大激發(fā)了科研人員用測序技術做研究的熱情。這個測序數據較少，分析要求不高且分析工作單純的由服務公司來做的階段可以定義為“科技服務1.0時代”。
基因科技服務2.0時代：PB級公共數據、云端可視化自主分析的基因大數據挖掘時代
隨著技術的不斷發(fā)展，測序成本越來越低，數據也越測越多，已經提交到NCBI SRA數據庫的數據就已經達到12P以上。特別是人、水稻、小鼠、玉米、豬、牛、大豆等一些重要物種數據積累的數量巨大，而且持續(xù)保持著高速增長。其中蘊含的巨大價值也開始引起廣大科研工作者的興趣，同時科技服務1.0模式中的數據挖掘程度已經不能滿足科研的需求，科學家對數據做更深入挖掘的需求越來越高，需要更多探索性的、個性化的分析，以從眾多同質化的科研項目中脫穎而出。
圖1.公共數據逐年增長情況
圖2.Top10公共數據分類（單位：Tbases）
數據分析要求變高，對科技服務類公司無疑是個大的挑戰(zhàn)。首先，對科研數據的深入挖掘往往涉及到更深層次的科學問題，個性化程度極強，這就要求生物信息人員不但要掌握生信專業(yè)知識和技能，還有相對豐富的生物學知識，才能真正理解科學家的需求，對服務人員的要求大大提高；其次，由于科研工作本身探索的就是未知領域，存在相當的不確定性，數據分析的結果不一定和科學家最初的科研設計一致，會導致科學家對服務公司的滿意度不高。因此科研工作者開始不斷的換公司進行嘗試，隨著小公司的不斷涌現，稂莠不齊，科技服務市場也越來越混亂。數據分析同質化嚴重，數據深入挖掘程度不足，溝通效率低，分析成本高等開始制約科技服務行業(yè)的發(fā)展。因此必須通過變革，用一種新的更高效的模式來逐步優(yōu)化現有的科技服務模式。
因此很多人都想到搭建生物云平臺，在云端放上需要的軟件，放上需要的數據，讓科研工作者可以自己去分析，可以根據自己的需求去做深入數據挖掘，提高科研效率。有不少公司開發(fā)了生物云平臺，但是能被科研工作者所廣泛應用卻不是一個容易的事情。
適合生物科研工作者的云平臺必需具備以下四點要求：首先，需要對客戶數據分析需求有深入的了解，這就需要有非常豐富的的分析經驗，并且可以在現有科技服務模式上不斷提煉客戶新的需求；其次，要保障所用軟件數據準確性，就需要豐富的實踐經驗，需要有多年、成千上萬項目的積累；再次，要讓生物信息開發(fā)和IT開發(fā)“兩手抓，兩手都要硬”，即要保證云計算底層架構是符合基因大數據研究的需要，也要保障生物信息軟件符合IT開發(fā)的高要求，可視化并簡單易用的；最后，要有符合當前客戶特點的培訓體系，讓客戶能快速上手操作，在平臺上能夠很容易找到實現自己需求的分析工具和數據。
如此“高配”的要求，正是導致之前開發(fā)的一些云平臺不能為科研工作者所用的真正原因。這些平臺，要么里面只有標準化流程，客戶想要解決的深入挖掘問題不能實現，要么只是各種軟件疊加上去，客戶看著無從下手；又或者只是在云計算的底層做了大量開發(fā)，而應用層開發(fā)不到位，導致客戶根本不會用。
“百邁客云”使以上問題得到破解。百邁客多年的科技服務經驗中提煉出的客戶需求，數以萬計的項目分析經驗保證了分析的準確性，生物信息人才和計算機人才團隊的緊密合作，多年生物信息培訓班等知識傳播經驗為百邁客云平臺的開發(fā)和應用提供了有力的保障。從而使云平臺能夠更好的滿足客戶數據深入挖掘的需求，能夠在科研工作者中廣泛推廣和輕松使用。這種模式讓我們的研究人員有更多的精力去把握科學技術前沿發(fā)展，設計科研的思路，不用擔心生物信息和IT的技術問題，真正實現了我們一直以來希望的客戶通過云平臺自己做分析，相比科技服務1.0模式是一個顛覆性的變革，“授人以魚不如授人以漁”，這種可以讓生物學家在云端對自有數據結合PB級公共數據自主進行可視化、交互式基因大數據挖掘的科技服務模式我把它定義為“科技服務 2.0 時代”。
百邁客云，讓每個課題組都輕松具備生信分析能力，引領基因科技服務2.0時代
圖3.基因科技服務2.0時代
百邁客云提供了“云服務”和“云賬號”兩種模式。 “云服務”是測序分析的項目以“云服務”的模式開展，所有的項目數據都會推送到云上，標準分析都由技術人員完成，項目相關的數據深入挖掘和個性化分析部分由技術人員帶領客戶在云上進行，客戶也可以自主在云端進行數據分析，簡單來說就是數據分析科研人員想自己做就自己做，不想自己做就交給公司做，這種模式能夠解決服務公司售后個性化分析期限的問題，科研人員可以在云上進行分析，直到文章的發(fā)表；“云賬號”主要針對做過或熟悉高通量測序，手里有一些沒有完全挖掘的數據，還想充分利用公用數據的用戶，經過簡單的培訓后，就可以在云平臺上自主分析數據，多種分析軟件都可以使用，深入挖掘自己以前的所有項目數據，也可以利用NCBI等公共數據進行挖掘研究，課題組的多個成員可以同時開展多個項目，提高研究的效率。
科技服務2.0時代對科研工作者是一個新的機遇。對于科研經費相對充足的科學家，自己往往做較多的測序項目，以云模式進行分析能節(jié)省大量的分析經費，提高經費的使用效率，產出更多科研成果。對于科研經費相對不太充裕的科學家，可以通過充分利用公共數據進行科學研究，節(jié)省了不必要的測序費用，用云模式同樣可以產出豐碩的科研成果。
百邁客云從2013年開始開發(fā)，經過小伙伴們2年多的開發(fā)和內部外部測試，以每周一個新版本的迭代速度于2015年正式邁入市場，成為針對更多生命科學家的“Turn-key?BioCloud”，2016年開始全國推廣。百邁客云得到了像中國科學院院士陳潤生院士、中科院基因組所于軍研究員、北京大學羅靜初教授等中國生物信息領域的權威專家的大力支持和幫助。百邁客云日臻完善，可以開放的讓科研工作者來體驗和使用，目前已經有上萬科研用戶注冊使用，開啟了云端自主數據深入挖掘的新時代。得到廣大科研用戶的肯定是對我們最大的鼓勵，百邁客“云模式”將持續(xù)迭代開發(fā)，繼續(xù)引領科技服務2.0時代，更好的服務于科研工作者，加速科研創(chuàng)新，“成就客戶”是我們服務的理念，讓每一個課題組都具備生物信息分析能力，讓每一位科學家能從百邁客云模式中受益。