十里，不如好禮予你-ts1.jpg)
百邁客微生物云是專注于微生物多樣性數(shù)據(jù)在線分析平臺(tái)，30+項(xiàng)主流程分析，20+款個(gè)性化數(shù)據(jù)挖掘，平均2h完成數(shù)據(jù)分析，提高分析效率，輕松搞定微生物多樣性信息分析！ 春風(fēng)十里，不如好禮予你 一重好禮---多樣性分析平臺(tái)免費(fèi)送 掃描下方二維碼即可獲得15天微生物多樣性云分析平臺(tái)免費(fèi)使用 立即免費(fèi)申請 二重好禮---多樣性在線培訓(xùn)免費(fèi)送 掃描二維碼即可加入百邁客微云交流平臺(tái)（QQ群：439540040）參加免費(fèi)培訓(xùn)，定期的微生物專業(yè)培訓(xùn)以及活動(dòng)交流 ...
聯(lián)合春季鉅惠banner-1.jpg)
優(yōu)惠一：iTRAQ及代謝組產(chǎn)品88折起 優(yōu)惠二：同時(shí)簽訂轉(zhuǎn)錄組和蛋白組（代謝組），即可免費(fèi)贈(zèng)送聯(lián)合分析 優(yōu)惠三：已有轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，結(jié)合百邁客蛋白組（代謝組）數(shù)據(jù)，聯(lián)合分析打9折 新喜訊：百邁客可以提供iTRAQ+靶向PRM驗(yàn)證的一站式服務(wù)啦?。。? 活動(dòng)日期：2018年4月9日-2018年5月31日 免費(fèi)獲取設(shè)計(jì)方案...
聚類熱圖是以熱圖的形式來進(jìn)行聚類結(jié)果的展示，可以直觀的從圖上分析哪些數(shù)據(jù)具有相似性，哪些數(shù)據(jù)差異較大。百邁客云（BMKCloud）免費(fèi)推出的聚類熱圖小工具主要針對矩陣文件（如不同樣品的基因表達(dá)量、樣本相關(guān)系數(shù)矩陣等）進(jìn)行聚類分析及圖片繪制，并且可以根據(jù)研究情況對繪圖結(jié)果進(jìn)行交互式操作（如篩選數(shù)據(jù)，調(diào)整圖片配色等）。 應(yīng)用場景： 使用矩陣數(shù)據(jù)文件進(jìn)行熱圖繪制，通常可以對矩陣數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選，歸一化和聚類等處理，多用于不同樣品間基因表達(dá)水平聚類分析。主要應(yīng)用在真核有參轉(zhuǎn)錄組、真核無參轉(zhuǎn)錄組、微生物多樣性等數(shù)據(jù)分析中。 操作步驟： 登錄百邁客云首頁（www.dustyhill.net）——分析——工具——繪圖工具——熱圖 操作方法： 1. 輸入文件 （1）文件要求：文件內(nèi)容應(yīng)為制表符隔開的文本文件，且大小不可超過 10M。默認(rèn)首行、首列為表頭，一般每列表示一個(gè)樣品，每行表示一個(gè)基因，也可統(tǒng)計(jì)其他含義的數(shù)據(jù)矩陣。除表頭外，參與統(tǒng)計(jì)繪圖的內(nèi)容應(yīng)為純數(shù)字，文件范例如下： （2） 指定作圖列：可對指定列繪圖，如只對第 2 到第 5 列和第 10 列作圖，可輸入：“2-5,10”。若想按特定順序繪圖，需用逗號(hào)將繪圖列按序列出，并在下方參數(shù)中取消按列聚類，如“6,3,2,5,4”。 （3） 指定基因：可輸入基因列表文件，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)過濾空行或以#開頭的行并提取第一列作為指定基因，結(jié)合上方輸入的矩陣文件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)繪圖。 2. 參數(shù)設(shè)置 （1）配色方案：設(shè)置繪圖所采用的配色。可以選擇預(yù)制方案，也可以根據(jù)實(shí)際實(shí)際需要自定義配色方案。 （2） 對數(shù)取值：對文件數(shù)據(jù)取對數(shù)后再繪圖。取對數(shù)可以有效解決數(shù)據(jù)取值范圍過大導(dǎo)致的配色問題。 （3） 歸一化：對行或列進(jìn)行歸一化處理?？勺畲蟪潭鹊爻尸F(xiàn)每行或每列的變化信息，避免超高值掩蓋其他數(shù)據(jù)的變化。繪制基因表達(dá)量熱圖時(shí)，常按基因歸一化。 （4） 聚類方案：可選擇是否按行、列聚類。若按特定樣本順序繪制熱圖，可取消按列聚類。 a行列顯示：可選擇是否顯示行、列 ID。 b 樣品、基因字號(hào)：可調(diào)節(jié)行、列 ID 的字體大小。 3 注意事項(xiàng) （1） 聚類分析涉及運(yùn)算分析，當(dāng)分析的基因數(shù)或樣品數(shù)較多時(shí)，繪圖時(shí)間可能較長，請待任務(wù)完成后點(diǎn)擊預(yù)覽查看、調(diào)整圖片。 （2）如果選擇對數(shù)據(jù)取對數(shù)，會(huì)自動(dòng)將取值為 0 的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為接近于 0 的小數(shù)。 4. 結(jié)果展示 （1） 繪圖結(jié)果：繪圖結(jié)果展示區(qū)為您展示初始或調(diào)整后的繪圖結(jié)果，同時(shí)，可通過圖片區(qū)域的交互操作查看對應(yīng)的數(shù)據(jù)信息，如： a 鼠標(biāo)懸停于圖中相應(yīng)數(shù)據(jù)格，可顯示其對應(yīng)的行名、列名和數(shù)值。 b 點(diǎn)擊圖中相應(yīng)的行名或列名，在“查看原數(shù)據(jù)”頁會(huì)高亮顯示對應(yīng)行或列。 c 選中行聚類樹某分枝后，可在“查看原數(shù)據(jù)”也篩選出對應(yīng)行并下載。 （2）全屏預(yù)覽：點(diǎn)擊圖片右上角的縮放按鈕，可全屏預(yù)覽繪圖結(jié)果。選中聚類樹某分枝后點(diǎn)擊縮放按鈕，可在全屏預(yù)覽時(shí)高亮對應(yīng)的分枝，以便盡快找到目標(biāo)區(qū)域。 （3）圖片下載：點(diǎn)擊預(yù)覽區(qū)右上角的“下載”按鈕，可保存 SVG 或 PNG 格式的繪圖結(jié)果 （4）調(diào)整圖片 a 配色方案：設(shè)置繪圖所采用的配色?？梢赃x擇預(yù)制方案，也可以根據(jù)實(shí)際實(shí)際需要自定義配色方案。 b 對數(shù)取值：對文件數(shù)據(jù)取對數(shù)后再繪圖。取對數(shù)可以有效解決數(shù)據(jù)取值范圍過大導(dǎo)致的配色問題。 c 歸一化：對行或列進(jìn)行歸一化處理。可最大程度地呈現(xiàn)每行或每列的變化信息，避免超高值掩蓋其他數(shù)據(jù)的變化。繪制基因表達(dá)量熱圖時(shí)，常按基因歸一化。 d 聚類方案：可選擇是否按行、列聚類。若按特定樣本順序繪制熱圖，可取消按列聚類。 e 行列顯示：可選擇是否顯示行、列 ID。 f 樣品、基因字號(hào)：可調(diào)節(jié)行、列 ID 的字體大小。 （5）查看數(shù)據(jù) a聚類數(shù)據(jù)：顯示聚類后數(shù)據(jù)矩陣的前100行，樣品和基因順序均與左側(cè)圖中一致。 b 搜索基因：可在搜索欄中輸入關(guān)鍵詞，搜索相應(yīng)基因或基因集。 5.案例展示 2017年，中國水產(chǎn)科學(xué)院喻達(dá)輝老師在百邁客云平臺(tái)上對合浦珠母貝免疫相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，2篇文章先后分別發(fā)表于同一個(gè)雜志《Fish &...
GO、KEGG分類富集圖繪制工具對給定的基因集結(jié)合注釋信息繪制GO分類富集圖、KEGG分類富集及通路富集圖。GO分類富集圖是通過對基因進(jìn)行GO?terms?富集度統(tǒng)計(jì)學(xué)的分析，計(jì)算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相關(guān)的GO?term。KEGG分類富集圖是可以把顯著的pathway進(jìn)行富集，有助于找到實(shí)驗(yàn)條件下顯著性變化的生物學(xué)調(diào)控通路。 適用數(shù)據(jù)類型：轉(zhuǎn)錄組研究數(shù)據(jù)和基因組研究數(shù)據(jù) 軟件：R包（ggplot2） 操作步驟 登錄百邁客云首頁（www.dustyhill.net）——分析——工具——繪制GO和KEGG富集圖。 操作方法 1.輸入文件 Anno: 是所有基因功能注釋的結(jié)果總表，一般百邁客的有參、無參項(xiàng)目中會(huì)有這個(gè)數(shù)據(jù)，通常的命名為All_Database_annotation.xls。 Genes_id: 指需要進(jìn)行分析的基因集文件，txt文本格式，每一行是一個(gè)基因的名字。 GO_top_lines：指定前多少行用于GO富集繪圖，在進(jìn)行GO富集分析的時(shí)候，會(huì)將結(jié)果按P值進(jìn)行排序，然后挑選前n行進(jìn)行繪圖，默認(rèn)為20。 2.注意事項(xiàng) （1）注釋總表（All_Database_annotation.xls），該文件包含Integrated_Function.anno、Function_anno.stat、GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko等6個(gè)工作表，其中GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko這四個(gè)必須包含，且命名完全一致。 （2）Genes_id和注釋總表的基因ID相對應(yīng)； （3）文件名稱：包含字母數(shù)字以及下劃線，不能以數(shù)字開頭，不能有空格，不能有特殊字符等。 （4）如果是在百邁客云上分析的結(jié)果，只需要在項(xiàng)目結(jié)果中找到All_Database_annotation.xls文件輸入即可。如果不是在百邁客做的項(xiàng)目，沒有這個(gè)文件，您需要先將FASTA格式的文件在云平臺(tái)的“基因功能注釋”小工具中得到All_Database_annotation.xls，如下示意圖。 3.結(jié)果說明 該結(jié)果包含兩個(gè)文件GO和KEGG GO包含以下文件: 其中g(shù)o_enrichment.png是GO富集結(jié)果圖，選擇置信度Pvalue最高的20個(gè)繪制通路富集圖；GO.Classification.png是GO分類圖。 KEGG包含以下文件： KEGG.Classification.png是KEGG分類圖。 案例展示 百邁客云平臺(tái)的GO、KEGG分類富集圖繪制小工具得到了許多老師的認(rèn)可，目前已經(jīng)有一些老師運(yùn)用這款小工具發(fā)表了文章，比如鄭州大學(xué)安秀麗老師課題組對四倍體與二倍體蕪菁轉(zhuǎn)錄組比較分析的研究中運(yùn)用了GO、KEGG分類富集圖繪制工具，文章發(fā)表在《Frontiers in Plant Science》雜志上。 此外，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院油料作物研究所的胡瓊老師課題組對參與油菜分蘗調(diào)控相關(guān)信號(hào)通路的研究中也運(yùn)用了GO、KEGG分類富集圖繪制工具，文章發(fā)表在《Int J Mol Sci》雜志上。 百邁客云平臺(tái)是由北京百邁客生物科技有限公司開發(fā)，集生物信息分析軟件、數(shù)據(jù)庫以及云計(jì)算為一體的生物大數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。GO、KEGG分類富集圖繪制小工具就介紹到這里了，請關(guān)注百邁客云微信公眾號(hào)，后期會(huì)有更多小工具的介紹和操作指引，如果您在操作過程中遇到任何問題都可以聯(lián)系咱們的云客服，歡迎點(diǎn)擊屏幕右下方客服圖像進(jìn)入咨詢環(huán)節(jié)。 參考文獻(xiàn)： 1. Zhao R, Feng J, Yin X, et al. Antibiotic resistome in landfill leachate from different cities of China deciphered by metagenomic analysis.[J]. Water Research, 2018, 134:126–139. 2. Cheng H, Hao M, Wang W, et al. Integrative RNA-...
全新升級(jí)3.jpg)
微生物多樣性分析平臺(tái)全新升級(jí)? 2h極速分析 ? 百邁客微生物云是一種高效、全面、快速、深度解讀微生物多樣性數(shù)據(jù)的在線分析平臺(tái)，2h即可完成微生物多樣性數(shù)據(jù)分析，3min即可完成單個(gè)個(gè)性化分析！ 為感謝支持百邁客的老師，微生物多樣性云平臺(tái)免費(fèi)試用啦！ 掃描下方二維碼即可獲贈(zèng)多樣性分析平臺(tái)15天體驗(yàn)名額 此外，為更深入了解多樣性云，高效利用云平臺(tái)進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘，可加入QQ交流群參加免費(fèi)培訓(xùn)班！還可與1000+位老師共同交流討論，快快加入吧！ 掃描下方二維碼即可加入百邁客微云交流平臺(tái)參加培訓(xùn) ...
英文名：Rice ?Information ?GateWay ?(RIGW): ?a ?comprehensive bioinformatics platform for indica rice genomes 中文名：水稻信息網(wǎng)（RIGW）：一個(gè)全面的秈稻基因組生物信息學(xué)平臺(tái) 發(fā)表雜志：MOLECULAR PLANT 影響因子：8.827 Oryza sativa subsp.秈稻和O. sativa subsp. 粳稻是亞洲栽培稻的兩個(gè)亞種，其中秈稻的種植面積更廣，遺傳多樣性也更高。在過去的幾年，水稻注釋項(xiàng)目數(shù)據(jù)庫（RAP-DB）（Ohyanagi等，2006）和密歇根州立大學(xué)水稻基因組注釋項(xiàng)目（MSU-RGAP）（Ouyang等，2007）是兩個(gè)受歡迎的數(shù)據(jù)庫， 基于粳稻品種Nipponbare（國際水稻基因組測序項(xiàng)目，2005）的統(tǒng)一參考基因組的基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。北京基因組研究所的水稻信息系統(tǒng)（BGI-RIS）（Zhao等，2004）是秈稻栽培品種93-11的可用資源，但由于缺乏高質(zhì)量的秈稻參考基因組，其應(yīng)用受到限制。 為了彌補(bǔ)這一缺點(diǎn)，研究人員構(gòu)建了一個(gè)綜合全面的平臺(tái)：Rice Information GateWay（RIGW，http://rice.hzau.edu.cn/），提供基因組學(xué)，轉(zhuǎn)錄組學(xué)，蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用（PPIs），代謝網(wǎng)絡(luò)，代謝物和計(jì)算工具，以最新的秈稻珍山97（ZS97）和明恢63（MH63）（Zhang et al.，2016）為參考基因組。RIGW通過直觀的Web的界面，為水稻研究提供豐富的基因組學(xué)和其他組學(xué)數(shù)據(jù)。 RIGW在Linux操作系統(tǒng)和Apache Tomcat Web服務(wù)器（http://tomcat.apache.org/）中實(shí)現(xiàn)。 所有的基因組數(shù)據(jù)，注釋，同系物，基因表達(dá)，PPIs，代謝物和文獻(xiàn)存儲(chǔ)在MySQL數(shù)據(jù)庫（http://www.mysql.com/）中。 圖1A顯示了RIGW中的體系結(jié)構(gòu)，一些有代表性的資源和計(jì)算工具。 圖A RIGW體系結(jié)構(gòu) RIGW上部署GBrowse（https://github.com/GMOD/GBrowse）用于ZS97和MH63基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的可視化（圖1B），分別選擇了包括基因注釋和標(biāo)記葉子、圓錐花序以及芽中的RNA-sequencing。 圖B GBrowse 另外，為ZS97，MH63和Nipponbare基因組之間的比較分析提供了Gbrowse_synteny工具（圖1C），所有位于同一染色體區(qū)域的相應(yīng)注釋可以很容易的并行顯示出來（每個(gè)基因組都可以設(shè)置為參考）。 圖C Gbrowse_synteny工具 研究人員開發(fā)了一個(gè)靈活的查詢界面來高效地檢索和圖形化顯示各種數(shù)據(jù)。 例如，提供關(guān)鍵詞的搜索引擎，用戶輸入關(guān)鍵詞（例如基因位點(diǎn)，基因功能）就可以鏈接到詳細(xì)頁面（例如基因位置，基因結(jié)構(gòu)，可變剪接，其他品種水稻中的同源物， 核苷酸和氨基酸序列，基因表達(dá)水平等）。 此外， Gene Ontology（Harris等，2004），InterPro域信息，預(yù)測亞細(xì)胞定位和蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用以及外部數(shù)據(jù)庫鏈接在可以獲得的情況下都列在搜索結(jié)果中（圖1D）。 提供局部序列比對搜索工具（BLAST）作為堿基序列的搜索引擎，可以查找在秈稻ZS97，MH63，93-11和粳稻日本晴中的同源序列，比對結(jié)果通過圖形和文本的格式呈現(xiàn)。 圖D 搜索結(jié)果展示 在補(bǔ)充表1和RIGW主頁中列出了ZS97和MH63基因組特征。研究人員根據(jù)相關(guān)文獻(xiàn)，在不同品種水稻中手動(dòng)收集了2000多個(gè)克隆的基因，和2500多個(gè)具有詳細(xì)注釋信息的水稻代謝物。利用CREP（http://crep.ncpgr.cn/）的數(shù)據(jù)，研究人員建立了一個(gè)友好的網(wǎng)絡(luò)界面，用于查詢和顯示ZS97，MH63及其雜種汕優(yōu)63（SY63）生命周期中39個(gè)組織的基因表達(dá)水平。對于給定的基因，可獲得的所有組織表達(dá)量信息，這極大地促進(jìn)了其表達(dá)模式的研究。由于全基因組PPI網(wǎng)絡(luò)對研究整體細(xì)胞反應(yīng)非常有用，研究人員從公共數(shù)據(jù)庫收集了1,871,563個(gè)非冗余水稻PPIs（其中929個(gè)為實(shí)驗(yàn)確定的PPIs），包括PRIN（Gu et al.，2011）， RiceNet（Lee等，2015）以及RIGW中的相關(guān)文獻(xiàn)。用戶可以在PPI搜索頁面上提交一個(gè)或多個(gè)ZS97...
新年伊始，萬象更新。 百邁客微生物多樣性云分析全面升級(jí)！ 第一步：登錄百邁客云平臺(tái)后點(diǎn)擊分析==>微生物多樣性分析平臺(tái)==>運(yùn)行軟件，之后創(chuàng)建項(xiàng)目名稱并選擇數(shù)據(jù)類型； 第二步：導(dǎo)入數(shù)據(jù)、確認(rèn)引物、修改樣品名稱； 第三步：選擇是否進(jìn)行樣品合并（這里是指將樣品數(shù)據(jù)合并）并選擇后續(xù)分析的樣品; 第四步：選擇分子標(biāo)記類型和可變區(qū)并上傳環(huán)境因子數(shù)據(jù)（若沒有環(huán)境因子可不選）； 第五步：根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)設(shè)置樣品分組信息，最后確認(rèn)參數(shù)無誤后點(diǎn)擊提交即可進(jìn)行微生物多樣性分析； 怎么樣，是不是很簡單呢？ 微生物事業(yè)部 李漢洲 | 文案 圖片來自網(wǎng)絡(luò)，侵刪...
想起我上學(xué)那會(huì)兒，老師熬了好些個(gè)夜，掉了好幾撮頭發(fā)，寫出了個(gè)基金本子，最后還被大老板批成是shit的悲慘故事!! 我這大半天就要寫出個(gè)基金，我了個(gè)乖乖，我這是要逆天了嗎？靜下來又細(xì)看一下任務(wù)，還好，只是介紹介紹，不是真的基金，憑著圖譜君在百邁客長時(shí)間的修煉，現(xiàn)學(xué)現(xiàn)賣的本事早已爐火純青，水平已不是當(dāng)日吳下阿蒙，逆?zhèn)€小半拉子天還是可以的了。 好了，怎么學(xué)？特別是快速學(xué)習(xí)，方法主要有2種，一種是利用網(wǎng)絡(luò)，各種搜索；還有一種是尋求專業(yè)人士，在這里就是手上有基金的人士支援。 受益于圖譜君平日積下的德，沒多久就獲得了一大波資源，在此整理一下，分享給大家。 從今天開始到18年國家自然基金上報(bào)截止日期為止，圖譜君會(huì)把壓箱底的干貨資料都毫無保留的發(fā)放給大家，敬請期待?。≒S：如果反響強(qiáng)烈，圖譜君還會(huì)把最新出版的springer基因定位相關(guān)的書籍共享給大家滴~~） 什么是國家自然科學(xué)基金 上世紀(jì)80年代初，為推動(dòng)我國科技體制改革，變革科研經(jīng)費(fèi)撥款方式，在小平同志的親切關(guān)懷下，國務(wù)院于1986年2月14日批準(zhǔn)成立了國家自然科學(xué)基金委員會(huì)，管理國家自然科學(xué)基金。30年來，科學(xué)基金不斷完善同行評價(jià)體系，提升資助管理水平，逐步形成了包括探索、人才、工具、融合四大系列的資助格局。 然科學(xué)基金申請資格 那么誰可以申請國家自然科學(xué)基金呢，說到這，首先得提一下依托單位，科學(xué)基金接受自然人申請，但項(xiàng)目的實(shí)施得是在可以承擔(dān)自然科學(xué)基金項(xiàng)目的法人單位。國家自然科學(xué)基金條例的第八條規(guī)定：中華人民共和國境內(nèi)的高等學(xué)校、科學(xué)研究機(jī)構(gòu)和其他具有獨(dú)立法人資格、開展基礎(chǔ)研究的公益性機(jī)構(gòu)，可以在基金管理機(jī)構(gòu)注冊為依托單位。當(dāng)然，可以注冊不一定意味著注冊成功哦，基金委會(huì)審，2017年，基金委批準(zhǔn)了160個(gè)單位為自然基金依托單位。那么依托單位里什么樣的研究人員可以申請基金呢，條例第十條規(guī)定如果你滿足以下2個(gè)條件任意一個(gè)，就可以申請，第一個(gè)具有承擔(dān)基礎(chǔ)研究課題或者從事基礎(chǔ)研究的經(jīng)歷，第二個(gè)是具有高級(jí)專業(yè)技術(shù)職稱或者有博士學(xué)位，如果你既沒有博士學(xué)位又沒有高級(jí)職稱但是你有火熱的科研熱情，基金委也不會(huì)對你熟視無睹，只要有2名具有高級(jí)專業(yè)技術(shù)職稱且與你申請課題研究領(lǐng)域相同的科技人員對你進(jìn)行推薦，你也可以申請，但如果你很不幸在一個(gè)不是依托單位的單位，那你是不是就不能申請了呢，當(dāng)然不是了，別說你的單位不是依托單位，就算你沒有單位，只要你找到一家依托單位，和他協(xié)商好，你也可以掛在該單位申請基金，當(dāng)然，這個(gè)實(shí)際操作起來會(huì)麻煩些，不過想想科學(xué)研究中的困難，這就不算困難了，對吧。當(dāng)然，自然基金項(xiàng)目類型那么多，很多項(xiàng)目在上面所說條件的基礎(chǔ)上，還會(huì)有很多特殊要求。具體可以參考項(xiàng)目指南:http://www.nsfc.gov.cn/nsfc/cen/xmzn/2018xmzn/01/index.html。 年自然基金資助情況 2017年基金委共接收了各類項(xiàng)目申請202248項(xiàng)，前三甲的項(xiàng)目類型分別為面上項(xiàng)目：18136項(xiàng)，青年科學(xué)基金：17523項(xiàng)，地區(qū)科學(xué)基金：3017項(xiàng)。財(cái)政支出總計(jì)花了267.28億元，和2011年相比整整增加了90%，怪不得這幾年科技服務(wù)的公司越開越多了呢。 這么多的錢都去了什么地方呢，你如果以為是大家一起分分，那你就圖樣圖森破了，我們來看看下圖，2017年受資助經(jīng)費(fèi)超過10億元的省份共有7個(gè)，資助前5位的省份占總資助的54.97%！分別是北京，上海，江蘇，廣東和湖北，妥妥的都是科教大省市。 再談?wù)劔@得項(xiàng)目支持最多的三類項(xiàng)目，相對來說也是最容易申請的，如下表所示，資助率平均在20%。 面上項(xiàng)目是國家自然基金資助數(shù)目最多，學(xué)科覆蓋最廣的一類資助類型，項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)占各類項(xiàng)目資助總經(jīng)費(fèi)的45%以上，在職攻讀研究生學(xué)位的人員經(jīng)導(dǎo)師同意后也能申請，面上一般資助期限為4年；青年科學(xué)基金這是一類對于剛獲得博士學(xué)位的研究人員來說相對比較容易申請的資助項(xiàng)目，且對于符合條例第十條規(guī)定的在職攻讀博士學(xué)位的人員，經(jīng)導(dǎo)師同意后也能通過受聘單位申請，不過這個(gè)只是基金委對年輕人的關(guān)愛，在你科研的道路上扶你上馬走一程，項(xiàng)目期限為2年， （國內(nèi)的大環(huán)境，一般沒有基金的話，是不可以上副研的）所以，我們也應(yīng)該理解這個(gè)項(xiàng)目類型只能獲得一次資助的規(guī)定；地區(qū)科學(xué)基金是重點(diǎn)支持偏遠(yuǎn)地區(qū)的，偏遠(yuǎn)地區(qū)條件差，基礎(chǔ)薄弱，基金申請寫研究條件的時(shí)候難免被發(fā)達(dá)地區(qū)比下去，所以基金委直接出臺(tái)了這么一項(xiàng)，簡直是太貼心了。 2018年度自然基金申請 一般來說每年的12月份會(huì)發(fā)布下一年的項(xiàng)目申請指南，很多新人、老手也是這以后才開始準(zhǔn)備本子的，2018年國自然本子的集中接受期 從2018年3月1日開始，3月20日16時(shí)截止（3月17-18日辦公，其他法定假日不辦公）。當(dāng)然基金申請是需要依托單位的，所以，每個(gè)單位都有自己的截止日期，一般都是早于20號(hào)的，晚了，就不給你整啦。對于各種規(guī)定，可以通過官網(wǎng)查詢，特別詳細(xì)，基金委官網(wǎng)：http://www.nsfc.gov.cn/，登錄https://isisn.nsfc.gov.cn/egrantweb/，可以查詢往年資助詳細(xì)，2018年申請受理注意事項(xiàng)：http://www.nsfc.gov.cn/nsfc/cen/2018sqsl/index.html。 金撰寫 說起撰寫基金，那估計(jì)很多人都有一大把心酸淚，那些掉了的發(fā)，敖紅了的眼，斃掉的本子，想想都心痛。但是申請的多了，必然就有一大堆經(jīng)驗(yàn)了，自己的拿出來分享，別人的拿來用，推薦2個(gè)網(wǎng)站，科學(xué)網(wǎng)的http://bbs.sciencenet.cn/和http://blog.sciencenet.cn/上面一堆關(guān)于基金申請和評審的相關(guān)知識(shí)，小木蟲http://muchong.com/bbs/上面有很多血淚教訓(xùn)。 自然基金注重的是研究的科學(xué)價(jià)值，創(chuàng)新性，可行性和社會(huì)價(jià)值，首要在于選題，選的題目得有創(chuàng)新點(diǎn)，創(chuàng)新不能脫離前期實(shí)驗(yàn)支撐，和可行性相輔相成。我們以青年基金為例，一般新畢業(yè)的博士申請的比較多，但是縱你有一千個(gè)想法，個(gè)個(gè)都說出花來，如果沒有研究基礎(chǔ)，可行性就大打折扣了，所以，很多青年基金的申請一般都不會(huì)脫離博士課題的研究，但也不可能拷貝學(xué)位論文，在博士期間課題的基礎(chǔ)上尋找切入點(diǎn)，深入一下，來點(diǎn)新的，這樣可行性，創(chuàng)新點(diǎn)基本都有啦，科學(xué)價(jià)值和社會(huì)價(jià)值那是必須的了，當(dāng)然，要是你的博士課題很扯，那咱就想想別的辦法，或者就去拼人品吧。 既然是申請基金，那就得按照基金委給你化的條條框框來，不能只講idea，很多時(shí)候辛辛苦苦寫出的本子，在初審的時(shí)候就被刷了，那基本都是格式審查沒過，這幾年每年都有2%左右的本子都是因?yàn)楦袷奖凰⒘耍行┦羌兇獯蜥u油，不怕浪費(fèi)單位資源，不怕挨批，那被斃了也不可惜，就當(dāng)是湊熱鬧了，但有些基礎(chǔ)扎實(shí)、立題新穎的本子如果因?yàn)楦袷經(jīng)]過，那就太可惜啦，一些比如人員超項(xiàng)、申請代碼選擇錯(cuò)誤、依托單位不一致、申請人和參與人的資格問題等，在這些問題上翻了，可對得起你完美的課題設(shè)計(jì)呀？2017年不予受理的最多原因竟然是依托單位或者合作單位沒有加蓋公章，或者名稱和公章不一致，達(dá)到了568項(xiàng)，這是什么鬼？？圖譜君表示理解不了，難道你們單位沒章？還是單位水太深？ 當(dāng)然基金委還是很開明的，接受申述，2017年 有708個(gè)本子表示不服，為什么初審都不給過，太丟人了，基金委接受了509項(xiàng)，維持原判466項(xiàng)，重新考慮了43項(xiàng)，最后有9項(xiàng)成功得到資助，厲害了??！ 接下來說說基金正文，主要包括三個(gè)部分，第一部分是立項(xiàng)依據(jù)和研究內(nèi)容，包括5個(gè)小項(xiàng)：第一是立項(xiàng)依據(jù)，主要是研究意義和國內(nèi)外研究進(jìn)展，指出課題的空白點(diǎn)、難點(diǎn)，確立本子的研究著眼點(diǎn)，當(dāng)然什么國內(nèi)領(lǐng)先、填補(bǔ)空白這種詞就少用用吧，留著等你做出大成果被報(bào)道的時(shí)候用吧；第二是研究內(nèi)容，研究目標(biāo)和擬解決的科學(xué)問題，這一部分的文字可能不是最多的，但卻是最重要的，評審專家看得最細(xì)致，征服專家就在這一段了，雖說是同行評議，但評審專家不可能什么研究方向都是特別精通的，通過這一部分，讓專家明白你的方向，理解你本子的科學(xué)價(jià)值，做到大同行能看懂，小同行能看出水平； 第三是研究方案和可行性分析，研究方案包括研究方法、技術(shù)路線、實(shí)驗(yàn)手段和一些關(guān)鍵技術(shù)的說明，可行性分析就是本子的研究基礎(chǔ)呀，國自然資助的研究一般不太可能是前期什么都沒做的，只給專家畫一個(gè)餅，技術(shù)路線里最好已經(jīng)是完成了一部分，后續(xù)的實(shí)驗(yàn)材料已經(jīng)準(zhǔn)備完善了，舉例證實(shí)你用的技術(shù)方案是可行的，你的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)是可以支撐你的實(shí)驗(yàn)方案的，這個(gè)時(shí)候很多大單位，大牛的實(shí)驗(yàn)室就占優(yōu)勢了；第四是本子特色和創(chuàng)新點(diǎn)，這個(gè)是必須寫的，符合我國新時(shí)代的科學(xué)發(fā)展之路，當(dāng)然不用篇幅太多，半頁都算多了；第五是研究計(jì)劃和預(yù)期結(jié)果，以年為單位，這個(gè)時(shí)候就要畫餅啦，當(dāng)然別胡扯，按照研究內(nèi)容和技術(shù)路線寫踏實(shí)點(diǎn)，專家的眼睛雪亮，就你那點(diǎn)東西還能做到天上去。 第二部分是研究基礎(chǔ)和工作條件，其實(shí)這部分內(nèi)容有一些是上一部分可行性分析的補(bǔ)充，如果研究基礎(chǔ)的結(jié)果比較多，發(fā)表了相應(yīng)的文章，那么什么重點(diǎn)圖表啥的都給整上去，工作條件什么的把軟硬件都寫上去，什么實(shí)驗(yàn)設(shè)備，PCR儀、高速離心機(jī)都可以寫上，前提是這些東西對你的實(shí)驗(yàn)的確比較重要，軟件之類的可以寫寫你的門路，比如你的實(shí)驗(yàn)和什么大專家合作呀，不過要是你寫的專家和評審你的專家不對付，那就不好說啦。當(dāng)然大多數(shù)專家都是很理性的，所以該傍的大腿還得傍，因?yàn)樵u審你的專家不可能正好是你研究方向的專家，如果你的本子后續(xù)在大專家的指導(dǎo)下實(shí)施，那會(huì)顯得比較靠譜。還有就是目前承擔(dān)的相關(guān)項(xiàng)目呀和完成過的國自然情況，這個(gè)不一定和本項(xiàng)目相關(guān)，這些沒有就寫無好了。 第三部分就是一些情況調(diào)查啦，主要是申請人本人和參加人員申請不同類型基金的情況，有啥說啥就好了 后面就是申請人簡歷和參與人的一些基本介紹了，這個(gè)時(shí)候把自己發(fā)過的文章都列上，這個(gè)都是實(shí)力的象征啊。記住，基金委讓寫的東西都是有用的，哪天你要發(fā)現(xiàn)，你因?yàn)楹啔v不夠鮮亮，被競爭掉了，也別覺得怨，踏踏實(shí)實(shí)來年再寫，用實(shí)力來豐富你的簡歷。 最后就是簽字蓋章頁了，合規(guī)合法從來都是最重要的。 當(dāng)然了，所有用到參考文獻(xiàn)的都得附上，盡量找最近三四年之內(nèi)的，格式啥的都整好了，在endnote下面自己編輯個(gè)filter，這樣格式不容易出錯(cuò)。說到這，大家有沒有覺得大部分這些內(nèi)容都有畢業(yè)論文第一章的既視感，還沒有畢業(yè)的同學(xué)們，好好寫畢業(yè)論文，對你申請基金有好處哦。 嘮叨了這么多，圖譜君好像沒說圖譜呀，其實(shí)涉及基因定位的基金申請還是挺多的，但是具體方法還是和所研究的領(lǐng)域方向，具體目標(biāo)有關(guān)系，目前來說，圖譜的構(gòu)建是大多數(shù)基因定位本子的研究基礎(chǔ)，后續(xù)再根據(jù)實(shí)際，去考慮具體創(chuàng)建什么樣的材料，運(yùn)用什么定位方法，開發(fā)什么標(biāo)記，話說百邁客在這些內(nèi)容的解決上是經(jīng)驗(yàn)多多啦。什么時(shí)候圖譜君拿到了一個(gè)真實(shí)本子的授權(quán)，再以其為例，說說大?；蛐∨５膶?shí)驗(yàn)構(gòu)思，技術(shù)方法吧。 話說寫基金其實(shí)就是養(yǎng)豬，養(yǎng)一只好豬、肥豬、健康豬，賣給基金委，拿錢。我們很多人沒養(yǎng)過豬，但誰還沒花過賣豬錢啊。 最后，來2句名人名言，不做翻譯，大家自行體會(huì)。 遺傳群體事業(yè)部 聞偉鍔 | 文案 許語輝 | 審核 圖片來自網(wǎng)絡(luò)，侵刪 ...
俗話說的好，正月十五鬧元宵 一年更比一年好！！ 為了回饋廣大科研工作者對百邁客公司的支持與信任，我公司特意推出“鬧元宵·贏雙禮·100個(gè)轉(zhuǎn)錄調(diào)控云次賬號(hào)免費(fèi)送暨100個(gè)全長轉(zhuǎn)錄組超值特惠”活動(dòng)，名額僅限100名！先到先得，速來參加吧??！ 大禮一：100個(gè)轉(zhuǎn)錄調(diào)控云次賬號(hào)免費(fèi)送 科技服務(wù)云時(shí)代，極速分析周期 百邁客云次賬號(hào)，客戶以次(G)為單位付費(fèi)，在一定計(jì)算資源和固定APP 內(nèi)自主完成1 次主流程分析及使用該項(xiàng)目APP長達(dá) 1 年的個(gè)性化分析，實(shí)現(xiàn)單次項(xiàng)目從建庫測序到文章發(fā)表的一站式服務(wù)！ 大禮二：100個(gè)全長轉(zhuǎn)錄組超值特惠 全長轉(zhuǎn)錄組首選百邁客，率先引進(jìn)三代測序系統(tǒng)PacBio RSⅡ和PacBio Sequel，在樣本處理與數(shù)據(jù)分析準(zhǔn)確和全面性上遠(yuǎn)高于市場平均水平，目前已有兔子、甘薯、跳甲等多個(gè)成功案例，是國內(nèi)三代綜合實(shí)力最強(qiáng)的科技服務(wù)公司之一?！鞠嚓P(guān)鏈接見文末】 本次活動(dòng)規(guī)則： 1、中獎(jiǎng)客戶只需支付建庫測序費(fèi)用，即可尊享百邁客提供的建庫測序+次賬號(hào)信息分析（不限樣本數(shù)，樣本越多，免費(fèi)越多）！中獎(jiǎng)客戶還可同時(shí)享受全長轉(zhuǎn)錄組超值特惠！ 2、活動(dòng)日期（贏雙禮）：2018年2月22日-2018年3月10日，逾期失效！！ 3、兩大禮有效日期：需在2018年3月31日前簽單開票！！ 4、參與方式：識(shí)別或掃下方二維碼進(jìn)行抽獎(jiǎng)活動(dòng)（百分百中獎(jiǎng)）！！ 活動(dòng)詳情可與當(dāng)?shù)劁N售聯(lián)系 部分成功案例 【項(xiàng)目文章】三代測序構(gòu)建兔子轉(zhuǎn)錄本圖譜 【項(xiàng)目文章】三代全長比較轉(zhuǎn)錄組研究甘薯和野生甘薯的進(jìn)化關(guān)系（文末有驚喜~） 【項(xiàng)目文章】一樣的數(shù)據(jù)，不一樣的文章~ 圖片來自網(wǎng)絡(luò)，侵刪 百邁客云不僅是面向生物大數(shù)據(jù)分析的開放云平臺(tái)，為用戶提供包括生物信息分析APP、計(jì)算資源、公共數(shù)據(jù)、信息分析培訓(xùn)的整合服務(wù)，也是科研工作者的終生制項(xiàng)目管理一站式平臺(tái)，相比傳統(tǒng)線下科技服務(wù)，能隨時(shí)隨地在線檢視項(xiàng)目全程進(jìn)展（送樣-提取檢測-建庫-測序-數(shù)據(jù)質(zhì)控-分析-交付），國內(nèi)首家實(shí)現(xiàn)云端全結(jié)果交付（結(jié)題報(bào)告和結(jié)果文件，個(gè)性化結(jié)果，提取檢測報(bào)告）！選擇百邁客云服務(wù)，讓您省心無憂，實(shí)現(xiàn)科研論文的快速轉(zhuǎn)化！...
2017年12月，吉林大學(xué)袁寶老師在Scientific Reports發(fā)表了一篇關(guān)于大鼠垂體的研究，鑒定了不同發(fā)育階段的垂體中的lncRNAs，并構(gòu)建了促卵泡生長激素FSH的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。 Identification of long non-coding RNAs in the immature and mature rat anterior pituitary 成熟與未成熟的大鼠垂體前葉中的lncRNA鑒定 期刊： Scientific Reports ? ?影響因子：4.259 1.研究背景 垂體是哺乳動(dòng)物最重要的內(nèi)分泌腺，分前葉和后葉兩部分。它分泌多種激素，如生長激素、促甲狀腺激素、促腎上腺皮質(zhì)激素、促卵泡生長激素(FSH)等。這些激素對代謝、生長、發(fā)育和生殖等有重要作用。在未成熟的垂體中，激素的含量應(yīng)該在適當(dāng)?shù)姆秶鷥?nèi)，以適應(yīng)身體的發(fā)育和生長。在成熟的腦垂體中，激素主要影響生殖能力。在大鼠的垂體研究中，更多的是關(guān)注基因和miRNA，對lncRNAs的研究比較少。最近的研究報(bào)道lncRNAs參與了垂體的腫瘤發(fā)生，說明lncRNA很可能通過調(diào)控垂體相關(guān)生物學(xué)過程來調(diào)節(jié)生長發(fā)育與生殖。 2.材料方法 樣品：15日齡和120日齡大鼠（Rattus norvegicus）各取3只，同日齡的3只大鼠的垂體前葉混合成1個(gè)樣品，2個(gè)樣品測序數(shù)據(jù)量分別是14G和15G。 平臺(tái)：百邁客Illumina HiSeq X ten平臺(tái) 分析平臺(tái)：百邁客云平臺(tái)（BMKCloud），利用云平臺(tái)做了個(gè)性化分析 分析內(nèi)容： 圖1? 分析內(nèi)容 3.研究結(jié)果 1.鑒定未成熟和成熟垂體前葉形態(tài)學(xué)差異 我們檢測了兩個(gè)發(fā)育階段垂體前葉形態(tài)學(xué)上的差異，成熟的垂體前葉有更清晰的邊界和更多的毛細(xì)血管，因此我們推測有某些因子導(dǎo)致了大鼠垂體的形態(tài)和功能差異，根據(jù)近幾年的研究，這種因子可能是lncRNA。 圖2 未成熟和成熟的垂體組織的形態(tài)學(xué)鑒定 （A.15日齡垂體前葉放大100倍；B. 15日齡垂體前葉放大500倍；C. 120日齡垂體前葉放大100倍；D. 120日齡垂體前葉放大500倍） 2.lncRNA的鑒定和差異分析 對兩個(gè)日齡的垂體前葉分別測序，比對效率分別為95.06% 和95.15% ，本研究中我們鑒定共到7039個(gè)lncRNA，lncRNA的平均長度為2052bp，比mRNA略長。而76.5%的lncRNA含有2個(gè)外顯子，mRNA平均含有4.1個(gè)外顯子。 圖3? lncRNA和mRNA的長度（A）、外顯子個(gè)數(shù)（B）的比較 使用fold change≥2且FDR< 0.05，篩選到1181個(gè)差異表達(dá)的lncRNA，其中有607個(gè)是上調(diào)的?；谖恢藐P(guān)系進(jìn)行靶基因預(yù)測，發(fā)現(xiàn)靶基因主要參與了抗原處理和呈遞途徑，自身免疫甲狀腺疾病途徑和I型糖尿病途徑。 圖4? lncRNAs 和mRNA的表達(dá)量分布情況 促卵泡生長激素(FSH) 是垂體前葉分泌的一種糖蛋白激素，其主要功能是卵巢的卵泡發(fā)育和成熟。我們在反式靶基因中找到了調(diào)控FSHb基因的lncRNA，并用其中3個(gè)新鑒定到的lncRNA構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖。 圖5 qPCR驗(yàn)證10個(gè)高表達(dá)的lncRNAs和3種與FSHb基因相互作用的新lncRNA （A. 10個(gè)高表達(dá)的lncRNA的定量結(jié)果；B. lncRNAs和FSHb基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)；C-E.三種新lncRNA的定量結(jié)果） 3.qPCR驗(yàn)證 我們挑選調(diào)控FSHb的3個(gè)新lncRNA 和十倍差異的lncRNA 做qPCR驗(yàn)證，定量結(jié)果和測序結(jié)果吻合。前人的研究表明FSHb基因的表達(dá)量在性成熟階段明顯增加，這三個(gè)新lncRNA的表達(dá)趨勢和FSHb mRNA一致。 結(jié)論 本項(xiàng)目系統(tǒng)地研究了lncRNA在15日齡未成熟小鼠和120日齡成熟大鼠垂體前葉的情況，共鑒定到7039個(gè)lncRNA，1181個(gè)差異表達(dá)的lncRNA，并預(yù)測靶基因。順式靶基因主要富集到抗原處理和呈遞途徑，自身免疫甲狀腺疾病途徑和I型糖尿病途徑；根據(jù)反式靶基因構(gòu)建了調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)有3個(gè)新lncRNA能夠靶向調(diào)控促卵泡生長激素FSHb基因，為后續(xù)的深入研究奠定了基礎(chǔ)。 研究亮點(diǎn) 垂體分泌的幾種激素，在發(fā)育階段起著關(guān)鍵作用，尤其是促卵泡生長激素FSH，能夠促進(jìn)卵泡的發(fā)育和成熟。lncRNA在生物學(xué)過程中有重要作用，如表觀修飾，細(xì)胞分化，轉(zhuǎn)錄調(diào)控，生長發(fā)育，抗病等。最近的研究表明，lncRNAs參與垂體腫瘤的發(fā)生，這項(xiàng)研究鑒定了在大鼠垂體前葉各發(fā)育階段的lncRNA的情況，并找到了調(diào)控FSHb的lncRNAs。 參考文獻(xiàn) BaoY, Zhang J B et...