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06月14

發(fā)布于 11:18 最新文章, 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

解決方案概述   針對(duì)動(dòng)物基因組學(xué)研究，百邁客云可通過BMKCloud_數(shù)據(jù)庫模塊向用戶提供海量的動(dòng)物高通量測(cè)序公共數(shù)據(jù)，借助公共數(shù)據(jù)，可大幅降低研究成本，提升研究層次。數(shù)據(jù)檢索、下載、保存均在圖形化界面下完成，避免了傳統(tǒng)模式中，須在命令行界面下進(jìn)行數(shù)據(jù)下載、格式轉(zhuǎn)換等一系列繁瑣操作的限制，完全適用于國內(nèi)生信0基礎(chǔ)的用戶。 對(duì)于公共數(shù)據(jù)的下游分析，百邁客云目前已實(shí)現(xiàn)公共數(shù)據(jù)模塊與分析模塊的無縫對(duì)接，用戶可直接將已保存至用戶目錄的數(shù)據(jù)直接導(dǎo)入BMKCloud_APP分析模塊進(jìn)行下游分析，該模塊同樣采用圖形化操作界面，無需用戶掌握任何編程基礎(chǔ)，高度集成化專業(yè)化的分析流程可保證用戶快速完成對(duì)數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)分析以及必要的數(shù)據(jù)深度挖掘。   整合mRNA公共測(cè)序數(shù)據(jù)，構(gòu)建豬肉品質(zhì)相關(guān)miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)   方案實(shí)現(xiàn)過程 1）進(jìn)入BMKCloud_數(shù)據(jù)庫模塊進(jìn)行數(shù)據(jù)檢索與保存。 2）進(jìn)入BMKCloud_APP模塊，簡單5步完成公共數(shù)據(jù)or自測(cè)數(shù)據(jù)導(dǎo)入及任務(wù)投遞。 3）分析結(jié)果自動(dòng)生成，繼續(xù)使用個(gè)性化分析模快速完成數(shù)據(jù)深度挖掘。     BMKCloud_數(shù)據(jù)庫收錄的豬屬數(shù)據(jù)所涉及研究方向：   疾病類研究：豬多系統(tǒng)衰竭綜合征、豬生殖呼吸道綜合征、支氣管哮喘、豬偽狂犬病、豬弓形蟲病、全反式維甲酸&抗病、豬圓環(huán)病毒感染、鼠傷寒沙門菌感染、口蹄疫病毒感染、豬巨細(xì)胞病毒感染、脊髓損傷...

06月14

發(fā)布于 11:13 最新文章, 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

解決方案概述   針對(duì)動(dòng)物基因組學(xué)研究，百邁客云可通過BMKCloud_數(shù)據(jù)庫模塊向用戶提供海量的動(dòng)物高通量測(cè)序公共數(shù)據(jù)，借助公共數(shù)據(jù)，可大幅降低研究成本，提升研究層次。數(shù)據(jù)檢索、下載、保存均在圖形化界面下完成，避免了傳統(tǒng)模式中，須在命令行界面下進(jìn)行數(shù)據(jù)下載、格式轉(zhuǎn)換等一系列繁瑣操作的限制，完全適用于國內(nèi)生信0基礎(chǔ)的用戶。 對(duì)于公共數(shù)據(jù)的下游分析，百邁客云目前已實(shí)現(xiàn)公共數(shù)據(jù)模塊與分析模塊的無縫對(duì)接，用戶可直接將已保存至用戶目錄的數(shù)據(jù)直接導(dǎo)入BMKCloud_APP分析模塊進(jìn)行下游分析，該模塊同樣采用圖形化操作界面，無需用戶掌握任何編程基礎(chǔ)，高度集成化專業(yè)化的分析流程可保證用戶快速完成對(duì)數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)分析以及必要的數(shù)據(jù)深度挖掘。   整合mRNA公共測(cè)序數(shù)據(jù)，構(gòu)建豬肉品質(zhì)相關(guān)miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)   方案實(shí)現(xiàn)過程 1）進(jìn)入BMKCloud_數(shù)據(jù)庫模塊進(jìn)行數(shù)據(jù)檢索與保存。 2）進(jìn)入BMKCloud_APP模塊，簡單5步完成公共數(shù)據(jù)or自測(cè)數(shù)據(jù)導(dǎo)入及任務(wù)投遞。 3）分析結(jié)果自動(dòng)生成，繼續(xù)使用個(gè)性化分析?？焖偻瓿蓴?shù)據(jù)深度挖掘。     BMKCloud_數(shù)據(jù)庫收錄的牛屬數(shù)據(jù)所涉及研究方向：   疾病類研究：膀胱癌 、牛副結(jié)核病、牛病毒性腹瀉、牛圓環(huán)病毒感染、牛支原體感染、牛皰疹病毒感染、裂谷熱病毒感染、大腸桿菌感染、結(jié)核分枝桿菌感染、多形腺瘤基因（PLAG）功能研究、繁殖力低下...

06月07

發(fā)布于 17:07 最新文章, 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

解決方案概述   針對(duì)植物基因組學(xué)研究，百邁客云可通過BMKCloud_數(shù)據(jù)庫模塊向用戶提供海量的植物高通量測(cè)序公共數(shù)據(jù)，借助公共數(shù)據(jù)，可大幅降低研究成本，提升研究層次。數(shù)據(jù)檢索、下載、保存均在圖形化界面下完成，避免了傳統(tǒng)模式中，須在命令行界面下進(jìn)行數(shù)據(jù)下載、格式轉(zhuǎn)換等一系列繁瑣操作的限制，完全適用于國內(nèi)生信0基礎(chǔ)的用戶。 對(duì)于公共數(shù)據(jù)的下游分析，百邁客云目前已實(shí)現(xiàn)公共數(shù)據(jù)模塊與分析模塊的無縫對(duì)接，用戶可直接將已保存至用戶目錄的數(shù)據(jù)直接導(dǎo)入BMKCloud_APP分析模塊進(jìn)行下游分析，該模塊同樣采用圖形化操作界面，無需用戶掌握任何編程基礎(chǔ)，高度集成化專業(yè)化的分析流程可保證用戶快速完成對(duì)數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)分析以及必要的數(shù)據(jù)深度挖掘。   BMKCloud_數(shù)據(jù)庫目前收錄數(shù)據(jù)9PB，覆蓋約1100個(gè)屬，常見作物數(shù)據(jù)收錄情況見下圖：   整個(gè)多個(gè)大豆RNA-seq公共數(shù)據(jù)，分析SWEET基因家族在大豆生殖組織與營養(yǎng)組織間表達(dá)變化規(guī)律   BMKCloud_數(shù)據(jù)庫收錄的大豆數(shù)據(jù)所涉及研究方向：   發(fā)育調(diào)控類：產(chǎn)量 蛋白含量 油含量 葉發(fā)育 花發(fā)育 根發(fā)育 種子發(fā)育...

06月07

發(fā)布于 16:37 最新文章, 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

解決方案概述   針對(duì)植物基因組學(xué)研究，百邁客云可通過BMKCloud_數(shù)據(jù)庫模塊向用戶提供海量的植物高通量測(cè)序公共數(shù)據(jù)，借助公共數(shù)據(jù)，可大幅降低研究成本，提升研究層次。數(shù)據(jù)檢索、下載、保存均在圖形化界面下完成，避免了傳統(tǒng)模式中，須在命令行界面下進(jìn)行數(shù)據(jù)下載、格式轉(zhuǎn)換等一系列繁瑣操作的限制，完全適用于國內(nèi)生信0基礎(chǔ)的用戶。 對(duì)于公共數(shù)據(jù)的下游分析，百邁客云目前已實(shí)現(xiàn)公共數(shù)據(jù)模塊與分析模塊的無縫對(duì)接，用戶可直接將已保存至用戶目錄的數(shù)據(jù)直接導(dǎo)入BMKCloud_APP分析模塊進(jìn)行下游分析，該模塊同樣采用圖形化操作界面，無需用戶掌握任何編程基礎(chǔ)，高度集成化專業(yè)化的分析流程可保證用戶快速完成對(duì)數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)分析以及必要的數(shù)據(jù)深度挖掘。   BMKCloud_數(shù)據(jù)庫目前收錄數(shù)據(jù)9PB，覆蓋約1100個(gè)屬，常見作物數(shù)據(jù)收錄情況見下圖：   整合公共數(shù)據(jù)庫中棉屬RNA-seq數(shù)據(jù)，進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本重構(gòu)（有參）并鑒定其中l(wèi)ncRNA，用于后續(xù)的棉纖維發(fā)育相關(guān)lncRNA分析   BMKCloud_數(shù)據(jù)庫收錄的棉花數(shù)據(jù)所涉及研究方向：   發(fā)育調(diào)控類：玉米產(chǎn)量 葉發(fā)育 根發(fā)育 胚乳發(fā)育 胚芽發(fā)育 花藥發(fā)育 子房發(fā)育 組織發(fā)育 光合作用 雜種優(yōu)勢(shì)...

06月06

發(fā)布于 16:40 最新文章, 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

解決方案概述   針對(duì)植物基因組學(xué)研究，百邁客云可通過BMKCloud_數(shù)據(jù)庫模塊向用戶提供海量的植物高通量測(cè)序公共數(shù)據(jù)，借助公共數(shù)據(jù)，可大幅降低研究成本，提升研究層次。數(shù)據(jù)檢索、下載、保存均在圖形化界面下完成，避免了傳統(tǒng)模式中，須在命令行界面下進(jìn)行數(shù)據(jù)下載、格式轉(zhuǎn)換等一系列繁瑣操作的限制，完全適用于國內(nèi)生信0基礎(chǔ)的用戶。 對(duì)于公共數(shù)據(jù)的下游分析，百邁客云目前已實(shí)現(xiàn)公共數(shù)據(jù)模塊與分析模塊的無縫對(duì)接，用戶可直接將已保存至用戶目錄的數(shù)據(jù)直接導(dǎo)入BMKCloud_APP分析模塊進(jìn)行下游分析，該模塊同樣采用圖形化操作界面，無需用戶掌握任何編程基礎(chǔ)，高度集成化專業(yè)化的分析流程可保證用戶快速完成對(duì)數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)分析以及必要的數(shù)據(jù)深度挖掘。   BMKCloud_數(shù)據(jù)庫目前收錄數(shù)據(jù)9PB，覆蓋約1100個(gè)屬，常見作物數(shù)據(jù)收錄情況見下圖：   BMKCloud_數(shù)據(jù)庫收錄的玉米數(shù)據(jù)所涉及研究方向：   發(fā)育調(diào)控類：產(chǎn)量 粒形 花發(fā)育 種子發(fā)育 葉發(fā)育 水稻鐵含量 雄性不育 基因組印記 雜種優(yōu)勢(shì)...

05月03

發(fā)布于 14:40 最新文章, 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

閱讀原文 中文摘要： 在非洲爪蟾的卵母細(xì)胞時(shí)期，卵母細(xì)胞積累了早期胚胎發(fā)育的母體材料。由于卵母細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄活性在完全生長階段沉默，全基因組轉(zhuǎn)錄只在中胚層胚胎期才被重新激活，卵母細(xì)胞生長期積累的母體mRNA的翻譯應(yīng)該被準(zhǔn)確調(diào)節(jié)。以前的研究結(jié)果表明poly（A）尾長度和RNA結(jié)合元件介導(dǎo)卵母細(xì)胞中的RNA翻譯調(diào)節(jié)，最近發(fā)現(xiàn)RNA甲基化存在于各個(gè)翻譯調(diào)節(jié)系統(tǒng)中。本研究對(duì)完全生長的生殖囊泡（GV）階段和中期II（MII）期卵母細(xì)胞中的N6-甲基腺苷（m6A）修飾的mRNA進(jìn)行測(cè)序。結(jié)果，在GV期或MII期卵母細(xì)胞中鑒定了具有m6A峰的4,207個(gè)mRNA。接著將mRNA甲基化數(shù)據(jù)與轉(zhuǎn)錄組和蛋白組數(shù)據(jù)結(jié)合分析，結(jié)果表明，盡管在RNA表達(dá)水平?jīng)]有顯著性差異，但是高甲基化的mRNA對(duì)應(yīng)的蛋白質(zhì)表達(dá)水平顯著低于低甲基化mRNA的蛋白表達(dá)水平，同時(shí)還發(fā)現(xiàn)低甲基化的mRNA主要富集在細(xì)胞周期和翻譯途徑，而高甲基化的mRNA主要與蛋白磷酸化有關(guān)。本文的研究結(jié)果表明卵母細(xì)胞中的mRNA甲基化可以調(diào)節(jié)卵母細(xì)胞減數(shù)分裂成熟和早期胚胎發(fā)育過程中的細(xì)胞分化和細(xì)胞分裂。 本文用了百邁客云平臺(tái)BLAST比對(duì)小工具。 英文摘要： During the oogenesis of Xenopus laevis, oocytes accumulate maternal materials for early embryo development. As the transcription activity of oocyte is silenced at the fully-grown stage and the global genome is reactivated only by the mid- blastula embryo stage, the translation of maternal mRNAs accumulated...

05月03

發(fā)布于 14:37 最新文章, 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

閱讀原文 摘要： 合浦珠母貝是在中國普遍養(yǎng)殖的海洋珍珠貝，為了培養(yǎng)珍珠，需要將供體珍珠牡蠣的地幔片用細(xì)胞核移植到受體中，而這個(gè)移植的幔片可能會(huì)被受體貝珍珠貝的免疫系統(tǒng)所攔截，從而降低移植成功率，然而，現(xiàn)在關(guān)于珍珠貝對(duì)同種異體移植的免疫防御報(bào)道很少。在本研究中，對(duì)同種異體移植后0小時(shí)和48小時(shí)的珍珠貝的血細(xì)胞免疫反應(yīng)進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析。測(cè)序得到92.5M的clean reads，與合浦珠母貝的參考基因組進(jìn)行了比對(duì)，為了鑒定所有與免疫相關(guān)的差異表達(dá)基因，本研究進(jìn)行了GO注釋和KEGG通路分析。與0小時(shí)相比，在移植后48個(gè)小時(shí)的樣本中總共有798個(gè)差異表達(dá)基因（410個(gè)上調(diào)基因，388個(gè)下調(diào)基因），其中血細(xì)胞中白細(xì)胞介素受體和toll-like受體的表達(dá)水平顯著升高，表明移植誘導(dǎo)了珍珠貝的免疫應(yīng)答反應(yīng)。最后，本研究對(duì)其中的18個(gè)隨機(jī)選取的免疫相關(guān)的差異表達(dá)基因進(jìn)行了qRT-PCR驗(yàn)證。本文的研究結(jié)果為進(jìn)一步分析同種異體移植的免疫排斥提供了依據(jù)。 本文主要用了百邁客云平臺(tái)主流程。 英文摘要： The pearl oyster Pinctada fucata is commonly cultured for marine pearls in China. To culture pearls, a mantle piece from a donor pearl oyster is grafted with a nucleus into a receptor. This transplanted mantle piece may be rejected by the immune system of...

05月03

發(fā)布于 14:28 最新文章, 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

閱讀原文 摘要： 一個(gè)完整和硬化的內(nèi)果皮是核果的典型特征。 然而，“Liehe”（LE）杏品種具有薄，軟，可切割的內(nèi)皮，其厚度和木質(zhì)素含量分別占“金西紅”（JG）杏（具有正常硬化內(nèi)果皮）的60.39％和63.76％。為了了解LE杏表型背后的分子機(jī)制，本研究使用Illumina HiSeq TM?2500對(duì)Prunus armeniaca?L.進(jìn)行比較轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。 本研究中鑒定出了63,170條unigenes（15,469條unigene的長度大于1,000 bp），25,356條unigenes得到了功能注釋。利用通路富集及表達(dá)模式分析來分析差異表達(dá)基因，在LE杏中編碼苯丙素生物合成參與的關(guān)鍵酶的差異表達(dá)基因顯著下調(diào)，例如，在盛花期后15，21，30，49天中，編碼肉桂醇脫氫酶的CAD基因表達(dá)水平在LE杏中僅為JG品種的1.3％，0.7％，0.2％和2.7％。此外，確定了調(diào)節(jié)次級(jí)壁和木質(zhì)素生物合成的轉(zhuǎn)錄因子，特別是對(duì)于二級(jí)壁增厚因子1（NST 1），其在盛花期后15天和21天，LE杏中的表達(dá)水平分別僅為JG品種的2.8％和9.3％。 本研究中的比較轉(zhuǎn)錄組可以用于了解LE杏中內(nèi)切皮表型的分子機(jī)制，這種新的杏基因組資源和候選基因?yàn)檫M(jìn)一步研究杏內(nèi)果皮發(fā)育期間的木質(zhì)素提供了有用的參考。轉(zhuǎn)錄因子（如NST1）可調(diào)節(jié)參與苯丙素途徑的基因，影響內(nèi)皮的發(fā)育和木質(zhì)化。 本文主流程和k-means均值聚類都用了百邁客云平臺(tái)。 英文摘要： Background: A complete and hardened endocarp is a typical trait of drupe fruits. However, the ‘Liehe’ (LE) apricot cultivar has a thin, soft, cleavable endocarp that represents 60.39% and 63.76% of the thickness and lignin content, respectively, of the...

05月03

發(fā)布于 14:28 最新文章, 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

閱讀原文 摘要： 長非編碼RNA（lncRNA）調(diào)節(jié)脂肪形成和其他與代謝組織發(fā)育和功能相關(guān)的過程。然而，關(guān)于雞中前脂肪細(xì)胞分化期間lncRNAs的功能和特征卻知道的很少，本文使用RNA測(cè)序分析不同分化階段的前脂肪細(xì)胞中的lncRNA和mRNA表達(dá)。從12個(gè)樣本總共獲得了1,300,074,528 clean reads和27,023個(gè)新的LncRNA，在各個(gè)階段差異表達(dá)的基因（1,336個(gè)lncRNA和1,759個(gè)mRNA；總共3,095個(gè)）的數(shù)量隨著細(xì)胞分化而下降。這些差異基因參與前脂肪細(xì)胞分化的幾個(gè)廣泛研究的途徑，包括甘油脂代謝，哺乳動(dòng)物中雷帕霉素的靶標(biāo)，過氧化物酶體增殖物激活受體和絲裂原活化蛋白激酶信號(hào)通路，而在本研究中，首次報(bào)道了一些與前脂肪細(xì)胞分化相關(guān)的通路，包括丙酸代謝，脂肪酸代謝和氧化磷酸化途徑。此外，通過k-means均值聚類，3,095個(gè)差異基因被聚成8個(gè)表達(dá)模式。其中，K2這一簇基因中在前脂肪細(xì)胞分化中起著重要作用，使用加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA），鑒定了與A0（第0天），A2（第2天）和A6（第6天）階段相關(guān)的6個(gè)階段特異性模塊，隨后從階段特異性模塊鑒定了9個(gè)中心，高度相關(guān)的基因，包括：XLOC_068731, XLOC_022661, XLOC_045161, LOC_070302, CHD6, LLGL1, NEURL1B, KLHL38,?和ACTR6。本研究為進(jìn)一步研究雞的lncRNA提供了寶貴的資源，有利于更好的了解雞的前脂肪細(xì)胞分化。 本文主要用了云平臺(tái)中的WGCNA和k-means均值聚類。 英文摘要： Long noncoding RNAs (lncRNAs) regulate adipogenesis and other processes associated with metabolic tissue development and function. However, little is known about the function and profile of lncRNAs during preadipocyte differentiation in the chicken (Gallus gallus). Herein,...

05月03

發(fā)布于 14:27 最新文章, 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

閱讀原文 摘要： MicroRNA是內(nèi)源性非編碼小RNA，在植物中起著關(guān)鍵的調(diào)節(jié)作用。茶是一種風(fēng)靡全球的非酒精飲料，具有豐富的促進(jìn)健康的兒茶素。在本研究中，通過高通量測(cè)序鑒定出了調(diào)節(jié)644個(gè)靶基因的69個(gè)保守的和47個(gè)新的小RNA。小RNA預(yù)測(cè)的靶基因主要與植物的生長、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、形態(tài)發(fā)生和防御有關(guān)。為了進(jìn)一步鑒定小RNA的靶基因，本研究同時(shí)開展了降解組測(cè)序與RLM-RACE。使用降解組測(cè)序，26個(gè)基因主要涉及轉(zhuǎn)錄因子，抗性蛋白和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)蛋白質(zhì)合成被鑒定為潛在的miRNA靶標(biāo)基因，隨后驗(yàn)證了其中5個(gè)基因。qRT-PCR結(jié)果顯示：novel-miR1, novel-miR2,csn-miR160a, csn-miR162a, csn-miR394 和 csn-miR396a與兒茶素含量負(fù)相關(guān)。6個(gè)miRNA（csn-miRNA167a，csn-miR2593e，csn-miR4380a，csn-miR3444b，csn-miR5251和csn-miR7777-5p.1）及其與兒茶素生物合成相關(guān)的靶基因的表達(dá)也通過qRT-PCR進(jìn)行了分析；這些miRNA和兒茶素含量之間呈正相關(guān)和負(fù)相關(guān)，而在其目標(biāo)基因和兒茶素含量之間呈正相關(guān)。這個(gè)結(jié)果表明這些miRNA可能通過下調(diào)它們來負(fù)調(diào)節(jié)兒茶素生物合成生物合成相關(guān)靶基因。綜上：本文的研究結(jié)果表明，miRNA是茶葉中關(guān)鍵的調(diào)節(jié)因子，5'-RLM-RACE和表達(dá)分析的結(jié)果揭示了miRNAs在兒茶素合成代謝中的重要作用。 英文摘要： MicroRNAs are endogenous non-coding small RNAs playing crucial regulatory roles in plants. Tea, a globally popular non-alcoholic drink, is rich in health-enhancing catechins. In this study, 69 conserved and 47 novel miRNAs targeting 644 genes were identified by high- throughout...

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