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本活動解釋權(quán)歸百邁客生物科技有限公司所有

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會員卡2：任選6個生信課程，7000元/年/人

會員卡3：任選10個生信課程，10000元/年/人

會員卡4：任選13個生信課程，12000元/年/人

會員權(quán)益

1、免費視頻包：百邁客云課堂現(xiàn)有價值近6千的收費課程免費看（除以上生信課程外）

2、免費直播課程：所選課程對應(yīng)1年的直播觀看權(quán)限，觀看直播不限次。

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7、所有會員卡需在購買后1月內(nèi)選擇課程。

會員卡1、2所選的課程需在3個月內(nèi)兌換開通；

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注：1、所有課程有效期從開通之時開始計算。2、所選課程有未上線的，可在上線后2個月內(nèi)選擇開通。若上線課程在兌換開通時間內(nèi)，則此條無效。

8、課程視頻有效期一年

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套餐選課推薦

1、生信入門基礎(chǔ)課:零基礎(chǔ)R語言繪圖+生信入門課程（可組合：轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘+代謝蛋白生信課程）
2、基因組類課程：比較基因組學(xué)+基因家族分析課程（可組合：零基礎(chǔ)R語言繪圖+生信入門+GWAS+遺傳進化+重測序分析課程）
3、群體類課程：GWAS+遺傳進化課程+重測序分析課程（可組合：零基礎(chǔ)R語言繪圖+生信入門+比較基因組+基因家族分析課程）
4、轉(zhuǎn)錄調(diào)控類課程：轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘+代謝蛋白組學(xué)+ATAC分析課程（可組合：零基礎(chǔ)R語言繪圖+生信入門）
5、微生物多樣性課程：微生物多樣性生信分析課程+微生物數(shù)據(jù)挖掘課程（可組合：零基礎(chǔ)R語言繪圖+生信入門）

具體課程介紹

一、零基礎(chǔ)R語言繪圖課程

本課程主要是用R代碼來介紹方法的實現(xiàn)，實操性強。同時，本次課程會系統(tǒng)性對R語言基礎(chǔ)進行講解，讓大家對R語言形成一個整體的思路?，F(xiàn)在開源的R代碼很多，了解了基礎(chǔ)構(gòu)建，后面拿到開源的代碼后就可以自己知道怎么修改，這些參數(shù)是什么了。對于后期R語言的自學(xué)是一個很好的敲門磚。

二、生信入門基礎(chǔ)課程

本課程主要針對沒有接觸過生信，而且沒有具體學(xué)習(xí)的生信方向，想了解入門生信的同學(xué)們。本課程涉及生信入門基礎(chǔ)的了解知識、常用的在線工具、以及涉及的幾種語言基礎(chǔ)介紹，讓你了解生信大概內(nèi)容，從而根據(jù)這些內(nèi)容了解自己想學(xué)習(xí)的方向，進而一步步細化去學(xué)習(xí)研究。

三、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘生信課程

本課程主要針對轉(zhuǎn)錄組結(jié)果數(shù)據(jù)的挖掘分析，將從常用的轉(zhuǎn)錄組生信分析基礎(chǔ)入手，帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)轉(zhuǎn)錄組分析中常用的分析方案、個性化分析軟件及其實現(xiàn)方法，其中包含熱點的WGCNA分析，熱圖繪制，差異基因分類分析等繪圖分析。滿足轉(zhuǎn)錄組文章常見分析展示需求。

四、代謝與蛋白組學(xué)生信課程

本課程主要針對代謝和蛋白組學(xué)結(jié)果數(shù)據(jù)進行挖掘分析，從代謝和蛋白組學(xué)結(jié)果文件入手，手把手教授個性化繪圖及分析技巧。

五、比較基因組生信分析課程

本課程主要從基礎(chǔ)生信操作開始，從已發(fā)表的NG、NC等高水平文章入手，帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)并實際操作高分文章中圖形及分析是如何實現(xiàn)的，學(xué)習(xí)比較基因組學(xué)常用的分析方法，從而滿足文章后期發(fā)表的需求。

六、基因家族生信分析課程

近年來基因家族的生物信息學(xué)分析已經(jīng)成為大家研究的熱點，目前已經(jīng)表明許多重要的基因，如一些轉(zhuǎn)錄因子，都是以基因家族的形式存在。本課程系統(tǒng)的對基因家族進行了生物信息分析，讓大家更加深入學(xué)習(xí)了解基因家族分析研究，從而進一步豐富我們研究的內(nèi)容，提升文章檔次，實現(xiàn)科研成果的快速產(chǎn)出。

七、GWAS生信分析課程

本課程主要從實踐入手，重點講解 GWAS 分析中用到的各種分析方法與常用分析軟件。包括群體結(jié)構(gòu)分析、主成分分析、親緣關(guān)系分析、連鎖不平衡分析、單體型分析等內(nèi)容。從原始數(shù)據(jù)開始，逐步完成分析內(nèi)容，并對分析內(nèi)容進行整理與挖掘，將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化成更直觀的圖形來展示最終的分析結(jié)果。若您想做、準備做或正在做GWAS相關(guān)的項目，那這個課程就很適合您，即可學(xué)會自己分析，同時了解分析過程中的參數(shù)設(shè)置，可以很好協(xié)助您的論文寫作。

八、微生物多樣性生信分析課程

本課程將微生物多樣性生信分析中的每一個步驟以及每一步驟所涉及的參數(shù)都很明確的列了出來，詳細為大家進行講解及實操演示，幫助大家更好的了解學(xué)習(xí)微生物多樣性分析的整個過程。

九、微生物多樣性數(shù)據(jù)挖掘分析課程

本次課程主要針對微生物多樣性數(shù)據(jù)的后期挖掘繪圖，主要利用R語言來進行微生物多樣性相關(guān)圖形的繪制，從而實現(xiàn)自己可以分析繪制圖形，更重要的是自己可以根據(jù)不同雜志的要求，很快得出對應(yīng)的圖形。

十、重測序生信分析課程

本課程主要針對基于二代及三代測序的重測序分析。以實際操作為主，從序列比對開始到突變位點的分析及應(yīng)用。包括常用的分析方法及工具軟件（BWA、GATK、Plink等）。讓大家能夠快速上手有關(guān)重測序的相關(guān)分析并為后續(xù)與突變相關(guān)的高級分析打下良好的基礎(chǔ)。

十一、遺傳進化生信分析課程

本次課程主要講解群體遺傳進化分析中常見分析內(nèi)容以及定制化繪制相關(guān)圖形，同時涵蓋高級分析，基因流、分化時間、群體歷史動態(tài)三塊高級分析內(nèi)容。本課程主要面向初中級，且對遺傳進化分析有需求的老師。

十二、ATAC生信分析課程

本課程主要從技術(shù)原理、實驗步驟、生物信息學(xué)分析、文獻分享四大內(nèi)容向大家介紹ATAC-Seq技術(shù)。同時，本課程還涉及專門的生物信息學(xué)實操課程，帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)ATAC-Seq基本分析流程，其中包括數(shù)據(jù)質(zhì)控、Peak Calling、Motif分析等。從而幫助大家將ATAC-Seq運用在自己的課題當中。

以下為文獻詳細解讀：

英文題目：Sequencing of 243 diploid cotton accessions based on an updated A genome identifies the genetic basis of key agronomic traits.
中文題目：以更新的亞洲棉A基因組為基礎(chǔ)的243份二倍體棉花的重要農(nóng)藝性狀的研究
1. 摘要：
亞洲棉（Gossypium arboreum）和草棉（Gossypium herbaceum）的祖先是現(xiàn)代栽培異源四倍體棉花A亞基因組的供體。本研究中通過整合了不同的技術(shù)，提升了亞洲棉的基因組組裝水平；同時對243株二倍體棉花（亞洲棉和草棉）進行全基因組重測序分析，繪制基因組變異圖譜，并發(fā)現(xiàn)亞洲棉和草棉（A）與雷蒙德氏棉（D）同時進行了分化；單獨的對亞洲棉分析表明亞洲棉起源于中國南部，隨后被引入長江和黃河地區(qū)，大多數(shù)具有馴化相關(guān)特性的種質(zhì)都經(jīng)歷了地理隔離；通過亞洲棉的全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS），鑒定了亞洲棉11個重要農(nóng)藝性狀的98個顯著關(guān)聯(lián)位點，GaKASIII的非同義替換（半胱氨酸/精氨酸替換）使得棉籽中的脂肪酸組成（C16:0和C16:1）發(fā)生了變化；棉花枯萎病抗性與GaGSTF9基因的表達激活相關(guān)。本研究對理解棉花A亞基因組的進化具有重要的意義。
2. 研究背景：
棉花是世界上最重要的商業(yè)作物之一，同時也是研究植物多倍化的有價值的資源。亞洲棉最可能在馬達加斯加或印度河流域文明（巴基斯坦摩亨佐達羅）開始馴化，隨后分散到非洲和亞洲一些地區(qū)。亞洲棉最初在1000多年前作為觀賞植物引入中國。當?shù)胤降霓r(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境的適應(yīng)和人類選擇影響的過程中，中國的Gossypium arboreum形成了獨特的地理種群，稱之為“sinense cotton”。
雖然棉花種植者已經(jīng)基于RFLP和SSR markers構(gòu)建了各種遺傳圖譜，但是G. arboreum和G. herbaceum優(yōu)良農(nóng)藝和經(jīng)濟性狀的基因尚未被鑒定。同樣通過種內(nèi)和種間特異性雜交將二倍體的重要特性引入四倍體并不是富有成效的，G. raimondii，G. arboreum，G. hirsutum和G. barbadense基因組序列的發(fā)布為研究群體遺傳，栽培和馴化提供了先決條件。通過GWAS和QTLs在水稻，玉米，大豆，谷子，黃瓜，番茄和陸地棉中鑒定了許多候選基因。本研究中，利用了三代PacBio和Hi-C技術(shù)，重新組裝了高質(zhì)量的亞洲棉基因組，分析了243份二倍體棉花種質(zhì)的群體結(jié)構(gòu)和基因組分化趨勢，同時確定了一些有助于棉花皮棉產(chǎn)量遺傳改良的候選基因位點。
3. 材料和方法：
測序材料：
基因組測序材料：二倍體G. arboreum栽培品種cultivar Shixiya1（SXY1）；
自然群體材料選擇：243份棉花，包含230份亞洲棉 G. arboretum 和13份草棉 G. herbaceum [243份棉花選自國家種質(zhì)基因庫（中國安陽），種植在中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所（ICR，CAAS）的溫室中]，插入片段長度500 bp；測序深度6X；
遺傳群體材料選擇：親本（GA0146和GA0149），測序深度20X；2個混池（F2群體，有絨型和無絨型各20個子代），測序深度30X；
群體材料表型調(diào)查：
在230份亞洲棉中選擇了215份表型穩(wěn)定的材料，分別在河南安陽，海南三亞和新疆阿克蘇進行種植，大部分性狀選自多年多點的表型數(shù)據(jù)進行調(diào)查，每個地點設(shè)置3次重復(fù)。
測序平臺：
PacBio RSII和Illumina HiSeq 2500
相關(guān)軟件：
基因組組裝（Canu和Falcon；Quiver；Pbjelly）；TEs轉(zhuǎn)座元件注釋（RepeatScout，LTR-FINDER，MITE和PILER；Repbase；REPET；RepeatMasker）；基因預(yù)測注釋（geMoMa；Augustus；PASA；EVidenceModeler；InterProScan）
群體研究：比對注釋（BWA，Picard，GATK，ANNOVAR）；群體結(jié)構(gòu)分析（FastTree，PHYLIP，STRUCTURE）；連鎖不平衡分析（Haploview）；遺傳多樣性分析（π，F(xiàn)st）；全基因組關(guān)聯(lián)分析（EMMAX）；
4. 研究結(jié)果：
1. 亞洲棉基因組組裝更新
三代+Hi-C：PacBio reads ?（77.6×）；有效Hi-C reads（＞20×）
三代組裝結(jié)果：共計獲得了142.54 Gb ?原始三代測序數(shù)據(jù)，組裝1.71 Gb亞洲棉基因組，Contig N50=1.1 Mb，最長的Contig為12.37 Mb
（1）Hi-C輔助基因組組裝：利用Hi-C技術(shù)將組裝的1573 Mb的數(shù)據(jù)定位到13條染色體上，與已經(jīng)發(fā)表的基因組相比，當Hi-C數(shù)據(jù)比對到更新的基因組后，對角線外的不一致性明顯減少（圖1 a-b）。

圖1 Hi-C數(shù)據(jù)在兩版亞洲棉基因組上的比對

a. Hi-C數(shù)據(jù)與亞洲棉原基因組比對；b. Hi-C數(shù)據(jù)與亞洲棉更新基因組比對
（2）基因組共線性分析：進行了亞洲棉A型與異源四倍體陸地棉的AADD型的共線性分析，發(fā)現(xiàn)更新后的基因組的共線性更高（圖2 a-b）。

圖2 亞洲棉（AA型）與陸地棉（AADD型）共線性分析

a. 亞洲棉原基因組與陸地棉基因組共線性分析；b. 亞洲棉更新基因組與陸地棉基因組共線性分析
（3）亞洲棉原基因組（二代）與更新后基因組（三代）比較（表1）：

表1 亞洲原基因組與更新后基因組的組裝指標比較

2. 二倍體棉花群體遺傳進化分析
（1）二倍體棉花群體材料選擇
共計選擇了243份二倍體棉花材料：230份亞洲棉G. arboreum (A2) ?和13份草棉G. herbaceum (A1)；材料來源：中國南部(SC)，長江(YZR)和黃河（這些區(qū)域代表了中國二倍體棉花大部分的表型和地理多樣性）。

圖3 亞洲棉的地理分布

（2）群體重測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計
通過重測序的研究策略，利用Illumina HiSeq 2500 ?測序平臺，PE125雙端測序，共計獲得了2.29 T數(shù)據(jù)，平均測序深度~6.0×，以本研究中更新后的亞洲棉基因組為參考基因組進行比對分析，統(tǒng)計獲得了17,883,108個高質(zhì)量SNPs和2,470,515個indels，242,449 個SNPs（1.36%）和16,816個indels（0.68%）位于亞洲棉36,205個基因的編碼區(qū)。在31,549個基因中，共計鑒定了128,512（0.72%）個非同義突變SNPs，在8,117個基因中共計鑒定了11,372 (0.46%)個indels。
（3）二倍體棉花群體分層分析
以雷蒙德氏棉（G. raimondii）為外群，利用72,419個SNPs構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，顯示：G. herbaceum（草棉）和G. arboretum（亞洲棉）聚類成2個獨立的群（圖4 a-b）。G. arboretum（亞洲棉）進一步又分為SC，YZR和YER三個群，顯示了地理分布模式的差異，進而利用PCA分析支持這一結(jié)果（圖4 c）。同時發(fā)現(xiàn)了亞洲棉和草棉是由不同的祖先種馴化而形成。

圖4 二倍體棉花的群體分層分析

a. 243份二倍體棉花系統(tǒng)發(fā)育樹 b. 243份二倍體棉花的群體結(jié)構(gòu)分析 c. PCA主成分分析（中國亞洲棉的PCA分析；亞洲棉和草棉的PCA分析）
（4）二倍體棉花LD和選擇性清除分析
通過表型計算統(tǒng)計發(fā)現(xiàn)，與長江和黃河區(qū)域的兩個不同地區(qū)的材料項目，中國南部的材料的表型相對匱乏。此外中國南部SC的亞洲棉（π=0.211×10-3）比長江流域YZR（π=0.197×10-3）和黃河流域YER（π=0.199×10-3）的亞洲棉的核苷酸多態(tài)性高，這表明了亞洲棉最早在中國南部地區(qū)種植，并進一步擴展到長江和黃河地區(qū)，而這與之前基于SSR分析的結(jié)果一致；連鎖不平衡分析結(jié)果顯示，亞洲棉的LD衰減距離約為105.5 kb（r2=0.40），草棉的衰減距離約為145.5 kb（r2=0.39）（圖5），其LD衰減距離與大豆（約83 kb）和水稻（秈稻約123 kb；粳稻約167 kb）接近，但遠遠高于栽培玉米（22-30 kb）。大約有23.9％的亞洲棉和22.9％的草棉的等位基因與雷蒙德氏棉的基因組相一致，暗示了亞洲棉與草棉同時開始分化（圖6）。

圖5 連鎖不平衡分析? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?圖6 棉屬的系統(tǒng)發(fā)育與等位基因分析

人工選擇在農(nóng)作物的馴化和遷徙的過程中具有重要的作用。群體結(jié)構(gòu)分析顯示當K=4時，YER與SC和YZR明顯不同（圖4 b，K=4）。通過兩兩群體間（SC vs. YZR, SC vs. YER, YZR vs. YER）的選擇性清除分析（FST）鑒定出了分別覆蓋到3,162，2,879和3,308個基因上的59，53和51個顯著遺傳分化的區(qū)域。SC和YZR之間的21個分化的區(qū)域（約43.5 Mb 含有915個基因）在群體SC和YER之間是保守的（圖7 a）。

圖7 a. 亞洲棉SC，YZR和YER的選擇性清除分析；b. 全基因組關(guān)聯(lián)分析

3. 亞洲棉的全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）
對來自不同環(huán)境下的11個重要性狀進行全基因組關(guān)聯(lián)分析，在98個顯著關(guān)聯(lián)的信號中，其中25信號個來自基因區(qū)（外顯子或內(nèi)含子區(qū)），包含與形態(tài)性狀相關(guān)的8個信號區(qū)，與產(chǎn)量性狀相關(guān)的6個信號區(qū)，與油籽性狀相關(guān)的3個信號區(qū)；剩余73個信號來自非編碼區(qū)。大部分農(nóng)藝性狀的GWAS關(guān)聯(lián)信號中顯示地理差異，如交配分支數(shù)，開花期，鈴重和抗病性這些性狀定位在保守的基因區(qū)（圖7 b，表2）。因此推斷成熟度，產(chǎn)量和抗病性這些性狀一直處于強烈的認為和/或地理選擇之下。

表2 部分與性狀關(guān)聯(lián)的SNPs及候選基因

（1）脂肪酸含量相關(guān)基因的定位與研究 棉花是世界上第六大植物油來源，通過GWAS關(guān)聯(lián)分析，在11號染色體上的GaKASIII基因組座位上(Ga11G3851)的第8個外顯子區(qū)獲得了1個顯著的SNP位點，該基因編碼3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein ACP] synthase III（3-氧?；?[酰載體蛋白]合酶III），如圖8 a-c，KASIII基因編碼的這一關(guān)鍵酶可以使得脂肪酸鏈從C2到C4延伸，并最終確定種子中棕櫚酸（C16：0）和棕櫚油酸（C16：1）的組成。GaKASIII基因的多態(tài)性導(dǎo)致了保守的ACP_synthase_III_（酰載體蛋白合酶III）結(jié)構(gòu)域中半胱氨酸/精氨酸間的置換（圖8 c），單倍型B（TGT，Cys）主要出現(xiàn)在低含油量種質(zhì)中，而在高含油量種質(zhì)中發(fā)現(xiàn)單倍型A（CGT，Arg）（圖8 d-e）。GaKASIII基因在開花后（DPA）的30天表達量最高（圖9），這是種子油量積累的關(guān)鍵階段，在單倍型種質(zhì)A中，C16：0和C16：1含量以顯著的速率累積（圖10）；蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模型預(yù)測顯示，半胱氨酸/精氨酸殘基位于α螺旋處，該位點靠近酶活性位點，同時是輔酶A（CoA）結(jié)合位點（圖11）。

圖8 脂肪酸含量GWAS關(guān)聯(lián)分析

a. 棕櫚酸含量的GWAS關(guān)聯(lián)分析；b. 棕櫚油酸的GWAS關(guān)聯(lián)分析；c. GaKASIII基因的變異（Arg/Cys）；d-e. Hap. A和Hap. B中棕櫚酸和棕櫚油酸含量比較

圖9 GaKASIII基因在棉花胚珠發(fā)育過程中的表達

圖10 在棉花生長發(fā)育過程中C16:0和C16:1脂肪酸含量分析（Hap. A和Hap. B）

圖11 GaKASIII蛋白結(jié)構(gòu)模型

（2）棉花枯萎病抗性相關(guān)基因的研究 棉花枯萎病是由尖孢鐮刀菌萎蔫?；虵usarium oxysporum f. sp. vasinfectum (FOV)引起的棉花維管束病害，是棉花產(chǎn)量的重要威脅之一。通過GWAS，進行棉花FOV抗性分析，發(fā)現(xiàn)在11號染色體上獲得了強的關(guān)聯(lián)信號，其-logP value=8.96（圖12 a）。進一步分析表明，關(guān)聯(lián)到的SNP簇位于Ga11G2353基因的上游（圖12 b），該基因與擬南芥GSTF9基因為直系同源基因，GSTF9基因編碼參與植物對生物和非生物脅迫響應(yīng)的谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶（glutathione-S-transferases），攜帶疾病易感等位基因‘T’（以紫色顯示）的種質(zhì)主要在SC群體中發(fā)現(xiàn)，所有YER群體材料攜帶耐病等位基因‘C’（以橙色顯示）（圖12 c）。研究發(fā)現(xiàn)GSTF9基因僅在FOV接種到亞洲棉幼苗的耐受系中上調(diào)（圖13），與空載體棉花系（TRV::00）相比，GSTF9基因沉默棉花品系（TRV::GSTF9, the virus-induced gene silencing，VIGS，vector carrying the GSTF9 gene）對于FOV的接種更加敏感（圖14-15）。此外，TRV::GSTF9植株系與TRV::00植株系相比，TRV :: GSTF9植株系中的真菌DNA的量顯著高于TRV::00植株系，且GST催化活性顯著低于TRV::00植株系（圖16 a-b），表明GaGSTF9基因可能是亞洲棉FOV抗性的靶標。

圖12 亞洲棉FWDI的全基因組關(guān)聯(lián)分析

a. FWDI的GWAS分析；b. GaGSTF9基因結(jié)構(gòu)及附近關(guān)聯(lián)到的SNPs；c. 關(guān)聯(lián)分析群體基因分型 敏感型（紫）；耐受型（橙）

圖13 GaGSTF9基因表達的qRT-PCR分析

注：根部接種鐮刀霉菌，（高耐受型GA0165，GA0078和GA0190；高敏感型GA0198，GA0035和GA0026）

圖14 不同植株處理后的病癥比較（GA00198，GA0165，TRV::00和TRV::GSTF9，
處理條件：接種水和FOV）

圖15 不同植株處理后的疾病感染指數(shù)比較（GA00198，GA0165，TRV::00和TRV::GSTF9，處理條件：接種FOV）

圖16 a GA00198, GA0165, TRV::00和TRV:GSTF9植株中FOV DNA的相對含量測定；b GA00198, GA0165, TRV::00和TRV:GSTF9植株中GST酶活性測定；

（3）與棉絨相關(guān)基因的研究 棉絨是覆蓋種子表面的短纖維。研究中選擇了亞洲棉種質(zhì)中的158份有絨毛和57份無絨毛材料進行GWAS關(guān)聯(lián)分析，最終在8號染色體上（?0.6 Mb至?1.3 Mb的區(qū)間內(nèi)）獲得了強烈的關(guān)聯(lián)信號（圖17 a-b）。QTL分析也同樣定位到8號染色體上（圖17 c）。通過有絨毛品系（GA0146）和無絨毛品系（GA0149）雜交獲得的F2代顯示了有絨毛和無絨毛的表型分離比為1：3（圖17 d），說明了棉絨的生長是由單基因座控制。研究中進而放大了QTL和GWAS的重疊區(qū)，發(fā)現(xiàn)了這個大約600 kb的區(qū)域包含推測的10個蛋白編碼基因（圖17 e）。在這一強烈的信號區(qū)域（-logP = 18.95）下或附近，發(fā)現(xiàn)了4個凱氏帶膜蛋白基因（casparian strip membrane protein genes）。在B-型細胞周期蛋白上游獲得了1個信號，而B-型細胞周期蛋白之前被報道過與毛狀體和纖維發(fā)育有關(guān)。

圖17 棉絨生長發(fā)育基因的聯(lián)合定位（GWAS+QTL）

a 亞洲棉種子有絨（左）和無絨（右）表型；b GWAS關(guān)聯(lián)分析；c F2群體QTL分析；d F2群體的構(gòu)建 e GWAS和QTL聯(lián)合分析
亞洲棉在中國棉花的栽培史上具有重要的作用。本研究揭示了中國的亞洲棉群體呈現(xiàn)出不同的地理格局，這一觀點與其從中國的南部到長江和黃河的引入相一致。幾種表型如產(chǎn)量和抗病性狀在棉花從中國南部遷徙到長江再到黃河，經(jīng)歷了顯著的變化，而這一變化受到了當?shù)丨h(huán)境和人為選擇的影響。研究中通過不同種質(zhì)群體的比較，獲得的地理受選擇的基因區(qū)域與QTL重疊區(qū)域是重要的，具高分辨率的遺傳資源，這將極大地促進棉花復(fù)雜性狀的改良。此外，研究中確定了GaKASIII基因可以促進棉花脂肪酸鏈的延伸和含油量，同時發(fā)現(xiàn)了2種典型的GaGSTF9基因單倍型啟動子與FOV抗性相關(guān)。最后結(jié)合GWAS與QTL共同定位的結(jié)果，鑒定了凱氏帶膜蛋白基因在棉絨細胞的發(fā)育過程中可能發(fā)揮功能性的作用。本研究表明地理隔離已經(jīng)影響了SC，YZR和YER群體的遺傳基礎(chǔ)，同時影響了中國亞洲棉的抗病性和產(chǎn)量性狀的形成與分布。

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9年來，我們碩果累累…先后在《Nature Genetics》、《Nature Communications》、《PNAS》、《Nature》、《Plant Cell》等國際頂級學(xué)術(shù)刊物發(fā)表論文上千篇，SCI物種論文達100多種，影響因子累計3000+，此外獲得國家授權(quán)發(fā)明專利23項和150余項軟件著作，多項經(jīng)營指標連續(xù)多年保持100%以上增長率。

一路走來，是各位新老朋友的信任與支持，堅定了我們陪伴您探索世界的信念！值此，百邁客9周年之際，感恩回饋新老朋友！即日起至6月30日，免費、優(yōu)惠、折上折送不停！

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2、活動日期（贏雙禮）：2018年2月22日-2018年3月10日，逾期失效??！
3、兩大禮有效日期：需在2018年3月31日前簽單開票??！
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部分成功案例
【項目文章】三代測序構(gòu)建兔子轉(zhuǎn)錄本圖譜
【項目文章】三代全長比較轉(zhuǎn)錄組研究甘薯和野生甘薯的進化關(guān)系（文末有驚喜~）
【項目文章】一樣的數(shù)據(jù)，不一樣的文章~

圖片來自網(wǎng)絡(luò)，侵刪

百邁客云不僅是面向生物大數(shù)據(jù)分析的開放云平臺，為用戶提供包括生物信息分析APP、計算資源、公共數(shù)據(jù)、信息分析培訓(xùn)的整合服務(wù)，也是科研工作者的終生制項目管理一站式平臺，相比傳統(tǒng)線下科技服務(wù)，能隨時隨地在線檢視項目全程進展（送樣-提取檢測-建庫-測序-數(shù)據(jù)質(zhì)控-分析-交付），國內(nèi)首家實現(xiàn)云端全結(jié)果交付（結(jié)題報告和結(jié)果文件，個性化結(jié)果，提取檢測報告）！選擇百邁客云服務(wù)，讓您省心無憂，實現(xiàn)科研論文的快速轉(zhuǎn)化！

2017全新上線篇

“讓基因分析更簡單”是百邁客云平臺前進的不竭動力，相信大家最關(guān)心的應(yīng)該是云平臺這一年有哪些新的分析流程上線。

2017

4/14??云平臺上線lncRNA v3.0主流程；

4/21??全基因組關(guān)聯(lián)（GWAS）分析平臺（Beta版，云服務(wù)個性化）正式上線；

6/9???BSA 分析平臺 v1.0（Beta版，云服務(wù)個性化）正式上線；

9/22??全基因組重測序分析平臺3.0正式上線。做lncRNA，GWAS，BSA，全基因組重測序分析的用戶有福啦！

另外，早在2017年3月3日，咱們云平臺的云組第一期已正式上線，實現(xiàn)了組內(nèi)成員計算、存儲、工具的資源共享等功能，一個課題組的成員們可以同時享用同一個分析平臺，再也不用為互傳數(shù)據(jù)和結(jié)果而煩憂；

2017年6月30日 ，移動端微信公眾號全新改版，在百邁客云微信公眾號中添加文獻檢索、文獻解讀、文獻收藏、云賬號綁定、項目進展查看和評價等功能，同期，在線支付功能上線，套餐用戶支持使用支付寶、微信在線購買分析平臺、小工具，收貨地址與個人信息關(guān)聯(lián)，用戶可以在線填寫發(fā)票信息。

APP主流程更新篇

這么多新的APP成功上線了，顯然是一件值得慶賀的事情，無獨有偶，咱們已經(jīng)在線上的APP也從來沒有停止前進的步伐。

2017

1/20??無參轉(zhuǎn)錄組分析APP進行了全面更新還實現(xiàn)了圖片和基因之間的交互，新增“WGCNA”個性化工具，新增基因結(jié)構(gòu)挖掘功能等功能；

3/3??微生物多樣性分析APP更新至2.0版，新增6項分析內(nèi)容；并且美化了流程中各步驟生成的圖片，確保所有圖形結(jié)果有png圖和矢量圖等功能；

3/17??微生物多樣性分析APP再次更新：增加5個個性化分析內(nèi)容；同期，小RNA測序分析APP也進行了20多項更新：增加小RNA所對應(yīng)的染色體、起始點、終止點信息和miRNA對應(yīng)的前體位置信息，支持更加精細化的檢索，添加一鍵繪圖等功能；

3/26??微生物多樣性分析APP更新了引導(dǎo)教程圖片；

6/16??微生物多樣性分析APP進行了功能更新：基本分析和個性化中RDA/CCA環(huán)境因子支持文件上傳，增加保存歷史參數(shù)功能等；

7/7??ChIP-Seq 分析APP的基本分析，增加了Input/IP設(shè)置，且支持有生物學(xué)重復(fù)的差異分析等功能；

7/21??真核生物有參/無參分析APP個性化分析進行了更新：基因挖掘中相應(yīng)添加eggNOG分類圖、KEGG分類圖、KEGG富集圖、GO富集圖、MA圖和火山圖等；

7/28??真核生物有參/無參分析APP個性化添加差異分組時增加Pvalue選項；

8/25??lncRNA分析APP進行了20多項的更新：新增圖片交互功能，增加火山圖、MA圖，增加矢量圖， Readme.pdf文件，WGCNA分析等；

9/1??微生物多樣性分析APP個性化更新，增加21個個性化且每個個性化都有多個參數(shù)可以調(diào)整分析；

12/1??微生物多樣性APP第四期更新：對OTU個數(shù)分布圖、物種分布柱狀圖、PCA分析等15項進行了優(yōu)化。

極速體驗更新篇

為了方便用戶能夠在短時間內(nèi)體驗到云平臺的標準分析和個性化分析內(nèi)容，研發(fā)人員特意準備了極速體驗項目，標準分析在兩分鐘內(nèi)得到結(jié)題報告，隨后即可進入個性化分析流程。

2017

3/31??有參、無參、表達譜，小RNA，四個分析平臺更新了極速體驗項目，增加示例數(shù)據(jù)；

6/30??群體三個分析平臺（BSA、全基因組關(guān)聯(lián)、基于第二代測序標記的遺傳圖譜）增加極速體驗功能。目前已有極速體驗的分析平臺包括：真核生物有參轉(zhuǎn)錄組分析平臺、真核生物無參轉(zhuǎn)錄組分析平臺、小RNA測序分析平臺、LncRNA測序分析平臺、微生物多樣性分析平臺、數(shù)字基因表達譜分析平臺、醫(yī)學(xué)有參轉(zhuǎn)錄組分析平臺、外顯子組測序分析平臺。

是不是要為咱們的研發(fā)人員打個call？

云課堂更新篇

百邁客云課堂，絕對是您科研路上的好幫手。2017年百邁客云課堂先后共進行了5次更新，現(xiàn)在的云課堂集185+線上培訓(xùn)課程于一體，囊括RNA系列、DNA系列、生物信息軟件使用和大家講壇等課程，針對分析平臺每款A(yù)PP都有詳細說明及步驟提示，無論有沒有生物信息學(xué)基礎(chǔ)，都能幫助用戶在短期內(nèi)玩轉(zhuǎn)各類分析。

數(shù)據(jù)庫更新篇

整合利用公共數(shù)據(jù)發(fā)表論文是近年來的研究熱點，2017年百邁客云平臺數(shù)據(jù)庫先后更新9次，包含8大數(shù)據(jù)庫、12PB公共數(shù)據(jù)、373萬樣本，共收錄826個參考基因組、2000+種醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)、306萬互作網(wǎng)絡(luò)關(guān)系、1700萬基因、8億變異數(shù)據(jù)。

小工具更新篇

2017年云平臺小工具先后更新了4次，包含PCA分析、WGCNA分析、轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測、遺傳共線性分析、GO富集分析、聚類熱圖、柱狀圖、點線圖、miRNA基因家族分類等104款小工具和3大工具集，覆蓋12大功能類別：基因分析、遺傳進化、ncRNA、質(zhì)控、組裝、比對、數(shù)據(jù)提取、突變、統(tǒng)計、表格處理、繪圖、序列分析等。

文獻功能更新篇

2017年云平臺對文獻模塊先后進行了3次更新，如今查找文獻和數(shù)據(jù)導(dǎo)入都非常方便，共整合了2700+萬篇文獻，同步NCBI數(shù)據(jù)，設(shè)置多項過濾欄，方便快速查找，還可輕松獲得全文解讀，文章數(shù)據(jù)可一鍵導(dǎo)入分析。

云平臺其他功能更新篇

2017

3/10?云平臺建立項目進展查詢機制，用戶通過云平臺可以及時了解項目進度，增加項目線上評價功能，用戶可以在線對項目各個維度的服務(wù)進行評價，我們可以通過評價提升項目服務(wù)質(zhì)量，以及對頁面內(nèi)容進行整理更新，使項目的管理更清晰；

4/10??云平臺結(jié)題報告進行全面優(yōu)化，包括加載速度和流暢度，右側(cè)導(dǎo)航可以智能展開和收起，圖片可調(diào)大，添加專有名詞解釋；

5/19??Venn圖支持多個區(qū)域選擇，WGCNA添加分類模塊功能富集結(jié)果圖的展示，轉(zhuǎn)錄因子支持動物物種的預(yù)測，有參支持按照指定基因名稱替換；

5/26??云科技官網(wǎng)上線文獻檢索、功能基因數(shù)據(jù)庫和學(xué)術(shù)課堂功能，不用登陸即可體驗超強功能；

7/14??真核有參、小RNA測序、微生物多樣性、ChIP-Seq分析平臺增加pdf格式結(jié)題報告下載功能；

7/21??云平臺登錄支持第三方微信便捷登錄；

9/22??為了用戶在體驗過程中的流暢度，在平臺登錄頁面添加了瀏覽器使用建議。貼心無處不在~

告別成績斐然的2017，迎來了充滿希望的2018，我們堅信新的一年百邁客云平臺(BMKCloud)一定會再創(chuàng)輝煌，為廣大用戶提供一個更加完美的數(shù)據(jù)分析平臺。作為一個生物大數(shù)據(jù)分析的開放云平臺，擁有龐大的專業(yè)用戶群和開發(fā)者用戶群（15000+），為用戶提供完整的生物信息分析以及整合利用公共數(shù)據(jù)的解決方案，我們一直在努力！

會議主要圍繞 “十九大報告中的生態(tài)文明建設(shè)——新疆植物學(xué)工作者的責(zé)任與挑戰(zhàn)”這一主題，會議主要包括以下議題：1、植物多樣性與生態(tài)系統(tǒng)服務(wù)功能 2、人類活動與氣候變化對植物多樣性的影響 3、植物種間相互作用與生態(tài)系統(tǒng)穩(wěn)定性 4、干旱區(qū)重要植物類群系統(tǒng)演化與格局 5、干旱區(qū)植物抗逆的分子機理 6、中亞區(qū)域植物資源的分布及合理利用。本次會議旨在為新疆植物資源的利用與保護及生態(tài)環(huán)境的可持續(xù)發(fā)展獻計獻策。會上重點交流了新疆生態(tài)文明建設(shè)中植物科學(xué)相關(guān)領(lǐng)域在 2017 年取得的最新研究成果，介紹了國內(nèi)外植物科學(xué)研究的最新動態(tài)，并對新疆植物科學(xué)未來的發(fā)展趨勢進行了展望。

針對“植物多樣性與生態(tài)系統(tǒng)服務(wù)功能”這一主要議題，百邁客公司周劍南博士在報告中指出，目前，很多新疆地區(qū)特有的植物還沒有參考基因組，嚴重限制了對這些植物的研究和保護。

百邁客擁有新一代高通量測序技術(shù)的豐富經(jīng)驗，能夠提供包含三代基因組，光學(xué)圖譜，Hi-C，全長轉(zhuǎn)錄組，全轉(zhuǎn)錄組等技術(shù)在內(nèi)的一攬子解決方案。這些新一代測序技術(shù)的應(yīng)用，能顯著提升新疆地區(qū)植物學(xué)研究的科研水平，保護新疆特有的種質(zhì)資源和生態(tài)環(huán)境，為建設(shè)祖國的西北邊疆做出貢獻。

標準版（33折）:?1萬（原價3萬），并贈送500元購物卡（或1200元項目抵扣券）；

專業(yè)版（5折）:?3萬（原價6萬），并贈送1500元購物卡（或2400元項目抵扣券）；

注：需在2017年12月31日前回全款方可享受以上優(yōu)惠。
項目抵扣券需在2018年6月30日前使用，過期即自動失效。
連買2年及2年以上，贈送購物卡（或項目抵扣券）可累積疊加，如買2年專業(yè)版，即送4800元項目抵扣券。

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預(yù)存款增值: 3W-10W增值10%；10W以上增值20%；

預(yù)存款返禮: 3W-10W返禮4%；10W以上返禮6.4%；20W以上再贈iphoneX；

預(yù)存款送產(chǎn)品: 3-5萬，送標準版3個月；5-10萬，送專業(yè)版3個月；5-10萬，送標準版一年；>15萬，專業(yè)版一年；

注：預(yù)存款，1-3只能選擇其一，不能同時享用。
2017年回款方可享受以上優(yōu)惠。
預(yù)存款轉(zhuǎn)執(zhí)行協(xié)議時，需按照當時市場正常價格執(zhí)行，無其他折扣權(quán)限。

活動一、微生物多樣性分析平臺個性化內(nèi)容升級至29項，深度解讀微生物多樣性數(shù)據(jù)，活動期間簽單客戶即贈多樣性云平臺一個月，另99元可再贈送一個月！

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