英文標(biāo)題：The major-effect QTL CsARN6.1 encodes an AAA-ATPase domain-containing protein that is associated with waterlogging stress tolerance through promoting adventitious root formation

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中文標(biāo)題：CsARN6.1編碼的AAA-ATPase基因通過(guò)促進(jìn)不定根形成增強(qiáng)黃瓜耐水淹性
發(fā)表期刊：the Plant Journal， 2018
影響因子：5.90

實(shí)驗(yàn)過(guò)程

1.不定根數(shù)目是數(shù)量性狀且與水淹脅迫耐受力顯著相關(guān)

表型觀察發(fā)現(xiàn)，水淹處理7天后，Zaoer-N幼苗下胚軸生長(zhǎng)出許多不定根，而Pepino幾乎沒(méi)有；通過(guò)對(duì)F2群體表型統(tǒng)計(jì)，所有子代的不定根數(shù)目表現(xiàn)出正態(tài)分布，這也說(shuō)明了該性狀為數(shù)量性狀。另外，對(duì)F2群體的949個(gè)個(gè)體進(jìn)行水淹耐受力評(píng)估打分，發(fā)現(xiàn)不定根數(shù)目與水淹耐受力之間呈顯著正相關(guān)，皮爾森相關(guān)系數(shù)為0.72（P = 0.05），這表明不定根數(shù)目可以作為衡量水淹耐受力的可靠指標(biāo)。

2、ARN6.1的初定位

利用SLAF-seq的方法對(duì)親本及兩個(gè)極端混池進(jìn)行測(cè)序，親本測(cè)序深度分別為29.18×和22.85×，兩個(gè)混池的深度分別為50.6×和53.72×，以9930為參考基因組，利用△SNP-index和ED的方法計(jì)算顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)，將關(guān)聯(lián)區(qū)域定位在6號(hào)染色體標(biāo)記SLAF_marker_192310和SLAF_marker_192096之間，區(qū)間大小301kb（圖1）。

3、ARN6.1的精細(xì)定位

利用定位區(qū)間側(cè)翼SLAF標(biāo)記（SLAF_marker_192310和SLAF_marker_192096）上的SNP，分別各開(kāi)發(fā)KASP標(biāo)記（KASP1和KASP13），并對(duì)2274個(gè)F2子代進(jìn)行分析，結(jié)合基因分型和表型數(shù)據(jù)，將ARN6.1定位到61.5kb的區(qū)間（KASP10和KASP11）。為進(jìn)一步縮小區(qū)間，利用KASP10和KASP11對(duì)4417個(gè)F2個(gè)體進(jìn)行分型，得到6個(gè)重組個(gè)體，這6個(gè)重組個(gè)體分別自交得到6個(gè)F2:3家系，然后利用新開(kāi)發(fā)的5個(gè)dCAPS對(duì)F2:3家系進(jìn)行分型，結(jié)合所有表型數(shù)據(jù)，最終將ARN6.1定位在36.1kb的范圍內(nèi)。對(duì)該區(qū)進(jìn)行注釋，共有7個(gè)基因，有趣的是，其中5個(gè)基因都被預(yù)測(cè)為編碼AAA 型的ATP酶家族蛋白。

2個(gè)親本重測(cè)序分析，在36.1kb的區(qū)間內(nèi)開(kāi)發(fā)到25個(gè)SNP，研究者對(duì)100個(gè)黃瓜自交系的23個(gè)SNP（2個(gè)SNP只存在于Zaoer-N中而被過(guò)濾掉）進(jìn)行分型，結(jié)合每個(gè)自交系不定根數(shù)目的表型數(shù)據(jù)進(jìn)行局部關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果顯示SNP02與表型有較強(qiáng)的關(guān)聯(lián)性。對(duì)SNP02分析發(fā)現(xiàn)，其位于Csa6G504460的第二外顯子，可能就是引起變異的SNP位點(diǎn)。

4、表達(dá)分析驗(yàn)證Csa6G504460

前期研究中，研究者對(duì)親本Zaoer-N和Pepino幼苗下胚軸在水淹處理后進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，以上定位區(qū)間內(nèi)的7個(gè)基因只有Csa6G504460在處理組和對(duì)照組間存在差異表達(dá)，并且差異表達(dá)只發(fā)生在Zaoer-N中。而后，研究者對(duì)這7個(gè)基因又進(jìn)行qRT-PCR分析，同樣發(fā)現(xiàn)只有Csa6G504460在Zaoer-N的處理組和對(duì)照組間存在差異表達(dá)，并且在處理后36h表達(dá)量差異出現(xiàn)峰值。另外，組織特異表達(dá)分析表明Csa6G504460在多個(gè)組織中均有表達(dá)，但是在根中的表達(dá)量顯著高于其他組織。因此，從基因表達(dá)角度驗(yàn)證了Csa6G504460（以下命名為CsARN6.1）的真實(shí)性。

5、CsARN6.1突變體降低ATP酶活性

基因組和cDNA序列分析顯示，CsARN6.1擁有2個(gè)外顯子，被預(yù)測(cè)為編碼含有511個(gè)氨基酸殘基的AAA-ATPase結(jié)構(gòu)域蛋白，該蛋白中含有一個(gè)coiled-coil結(jié)構(gòu)域（圖2），前期關(guān)聯(lián)到的SNP02即位于該結(jié)構(gòu)域，由于該SNP的突變導(dǎo)致Asp被替換成Gly，Zaoer-N為CsARN6.1^Asp型，表現(xiàn)出較強(qiáng)的ATP酶活性，而Pepino為CsARN6.1^Gly型，幾乎沒(méi)有ATP活性。

6、轉(zhuǎn)基因驗(yàn)證

為驗(yàn)證CsARN6.1的功能，將CsARN6.1^Asp通過(guò)PCR實(shí)驗(yàn)克隆后，轉(zhuǎn)入擬南芥中，發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)基因植株的根長(zhǎng)顯著長(zhǎng)于對(duì)照，同時(shí)，轉(zhuǎn)基因植株上可以明顯觀察到側(cè)根發(fā)育，而對(duì)照組則沒(méi)有側(cè)根發(fā)育。為進(jìn)一步驗(yàn)證，研究者將CsARN6.1^Asp轉(zhuǎn)入黃瓜品種Xintaimici（CsARN6.1^Gly型），并經(jīng)多代自交和篩選，獲得單拷貝的純合轉(zhuǎn)基因植株。發(fā)芽后3天，轉(zhuǎn)基因植株的初生根長(zhǎng)度顯著長(zhǎng)于野生型。水淹處理后，轉(zhuǎn)基因黃瓜下胚軸中CsARN6.1的表達(dá)量顯著高于野生型。處理后7天，轉(zhuǎn)基因黃瓜下胚軸的不定根數(shù)目明顯高于野生型。另外，野生型黃瓜葉片和子葉的萎黃病較轉(zhuǎn)基因黃瓜嚴(yán)重。以上轉(zhuǎn)基因結(jié)果證實(shí)CsARN6.1能夠促進(jìn)不定根形成和黃瓜水淹耐受力。

7、ATP酶活性影響黃瓜不定根形成

前期研究發(fā)現(xiàn)，EDTA能夠抑制AAA-ATPase蛋白的ATP酶活性。研究者通過(guò)體外實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，經(jīng)EDTA處理的CsARN6.1^Asp蛋白的ATP酶活性相對(duì)于對(duì)照降低24%（圖3 a）。隨后，研究者用加入EDTA的水處Zaoer-N幼苗，以檢測(cè)ATP酶活性損耗對(duì)下胚軸不定根的影響。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，經(jīng)EDTA處理后，Zaoer-N沒(méi)有了不定根生成能力（圖3 b.c）。

進(jìn)化樹(shù)分析顯示，CsARN6.1與擬南芥At2G18190和At3G50930存在較高的同源性（圖3d），而在之前研究中發(fā)現(xiàn)，H2O2處理擬南芥后，At2G18190.1和At3G50930.1被顯著誘導(dǎo)表達(dá)。水淹后植物體內(nèi)H2O2積累是普遍的生理響應(yīng)。因而研究者嘗試在水中加入H2O2后處理Zaoer-N幼苗，與無(wú)水處理的對(duì)照相比，48h后處理組植株CsARN6.1的表達(dá)量是對(duì)照組的4.3倍，與不加H2O2的水處理的對(duì)照相比，48h后CsARN6.1的表達(dá)量是對(duì)照組的2.1倍（圖3e）。5天后統(tǒng)計(jì)不同處理的材料下胚軸不定根數(shù)目，發(fā)現(xiàn)與不加H2O2的水處理的對(duì)照相比，水中加入H2O2的處理組的不定根數(shù)目增加60%（圖3 f.g）。

總結(jié)

在該研究中，基因挖掘和功能分析使用了SLAF-seq、BSA分析、重測(cè)序、KASP、RNA-seq、qRT-PCR、PCR克隆等測(cè)序和分子實(shí)驗(yàn)方法 成功分離適應(yīng)水淹的主效基因CsARN6.1，并驗(yàn)證基因功能，解析了黃瓜耐水淹分子機(jī)制。

百邁客云BSA分析工具是一款結(jié)合多年BSA分析項(xiàng)目分析經(jīng)驗(yàn)開(kāi)發(fā)的包含一鍵式標(biāo)準(zhǔn)化分析和個(gè)性化多樣性分析集成式分析平臺(tái)．可以進(jìn)行基本分析和個(gè)性化分析，基本分析內(nèi)容包括：1) 原始數(shù)據(jù)導(dǎo)入；2) 與參考基因組比對(duì)；3) BSA分析；4) 一鍵式生成網(wǎng)頁(yè)版結(jié)題報(bào)告。

工具地址：

https://international.biocloud.net/zh/software/agriculture/detail/6388C5BF964943B7B4B1DDF4811A1BD2?international.biocloud.net

BSA分析，即集群分離分析，它是通過(guò)具有相對(duì)性狀的一對(duì)親本雜交，在其任一分離后代群體中，根據(jù)個(gè)體表型（或基因型）的極端差異，選取一定量個(gè)體，將其DNA，RNA,SLAF-seq(百邁客自主研發(fā)的技術(shù))混合，構(gòu)建兩個(gè)基因池（pool）.然后將混池測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組的序列比對(duì)，基于檢測(cè)到SNP,InDel等變異類型，尋找兩混池間存在顯著差異標(biāo)記，利用歐氏距離，SNP-index等算法評(píng)估與性狀關(guān)聯(lián)的區(qū)域．并對(duì)區(qū)域內(nèi)的基因進(jìn)行功能注釋和富集分析等等．在基礎(chǔ)上還可以進(jìn)行深入挖掘，如：引物設(shè)計(jì)，區(qū)域內(nèi)基因挖掘及標(biāo)記篩選等等！

本文系“百邁客生物”發(fā)布，轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系作者。

好了，怎么學(xué)？特別是快速學(xué)習(xí)，方法主要有2種，一種是利用網(wǎng)絡(luò)，各種搜索；還有一種是尋求專業(yè)人士，在這里就是手上有基金的人士支援。 受益于圖譜君平日積下的德，沒(méi)多久就獲得了一大波資源，在此整理一下，分享給大家。

從今天開(kāi)始到18年國(guó)家自然基金上報(bào)截止日期為止，圖譜君會(huì)把壓箱底的干貨資料都毫無(wú)保留的發(fā)放給大家，敬請(qǐng)期待?。≒S：如果反響強(qiáng)烈，圖譜君還會(huì)把最新出版的springer基因定位相關(guān)的書(shū)籍共享給大家滴~~）

什么是國(guó)家自然科學(xué)基金

上世紀(jì)80年代初，為推動(dòng)我國(guó)科技體制改革，變革科研經(jīng)費(fèi)撥款方式，在小平同志的親切關(guān)懷下，國(guó)務(wù)院于1986年2月14日批準(zhǔn)成立了國(guó)家自然科學(xué)基金委員會(huì)，管理國(guó)家自然科學(xué)基金。30年來(lái)，科學(xué)基金不斷完善同行評(píng)價(jià)體系，提升資助管理水平，逐步形成了包括探索、人才、工具、融合四大系列的資助格局。

然科學(xué)基金申請(qǐng)資格

那么誰(shuí)可以申請(qǐng)國(guó)家自然科學(xué)基金呢，說(shuō)到這，首先得提一下依托單位，科學(xué)基金接受自然人申請(qǐng)，但項(xiàng)目的實(shí)施得是在可以承擔(dān)自然科學(xué)基金項(xiàng)目的法人單位。國(guó)家自然科學(xué)基金條例的第八條規(guī)定：中華人民共和國(guó)境內(nèi)的高等學(xué)校、科學(xué)研究機(jī)構(gòu)和其他具有獨(dú)立法人資格、開(kāi)展基礎(chǔ)研究的公益性機(jī)構(gòu)，可以在基金管理機(jī)構(gòu)注冊(cè)為依托單位。當(dāng)然，可以注冊(cè)不一定意味著注冊(cè)成功哦，基金委會(huì)審，2017年，基金委批準(zhǔn)了160個(gè)單位為自然基金依托單位。那么依托單位里什么樣的研究人員可以申請(qǐng)基金呢，條例第十條規(guī)定如果你滿足以下2個(gè)條件任意一個(gè)，就可以申請(qǐng)，第一個(gè)具有承擔(dān)基礎(chǔ)研究課題或者從事基礎(chǔ)研究的經(jīng)歷，第二個(gè)是具有高級(jí)專業(yè)技術(shù)職稱或者有博士學(xué)位，如果你既沒(méi)有博士學(xué)位又沒(méi)有高級(jí)職稱但是你有火熱的科研熱情，基金委也不會(huì)對(duì)你熟視無(wú)睹，只要有2名具有高級(jí)專業(yè)技術(shù)職稱且與你申請(qǐng)課題研究領(lǐng)域相同的科技人員對(duì)你進(jìn)行推薦，你也可以申請(qǐng)，但如果你很不幸在一個(gè)不是依托單位的單位，那你是不是就不能申請(qǐng)了呢，當(dāng)然不是了，別說(shuō)你的單位不是依托單位，就算你沒(méi)有單位，只要你找到一家依托單位，和他協(xié)商好，你也可以掛在該單位申請(qǐng)基金，當(dāng)然，這個(gè)實(shí)際操作起來(lái)會(huì)麻煩些，不過(guò)想想科學(xué)研究中的困難，這就不算困難了，對(duì)吧。當(dāng)然，自然基金項(xiàng)目類型那么多，很多項(xiàng)目在上面所說(shuō)條件的基礎(chǔ)上，還會(huì)有很多特殊要求。具體可以參考項(xiàng)目指南:http://www.nsfc.gov.cn/nsfc/cen/xmzn/2018xmzn/01/index.html。

年自然基金資助情況

2017年基金委共接收了各類項(xiàng)目申請(qǐng)202248項(xiàng)，前三甲的項(xiàng)目類型分別為面上項(xiàng)目：18136項(xiàng)，青年科學(xué)基金：17523項(xiàng)，地區(qū)科學(xué)基金：3017項(xiàng)。財(cái)政支出總計(jì)花了267.28億元，和2011年相比整整增加了90%，怪不得這幾年科技服務(wù)的公司越開(kāi)越多了呢。

這么多的錢都去了什么地方呢，你如果以為是大家一起分分，那你就圖樣圖森破了，我們來(lái)看看下圖，2017年受資助經(jīng)費(fèi)超過(guò)10億元的省份共有7個(gè)，資助前5位的省份占總資助的54.97%！分別是北京，上海，江蘇，廣東和湖北，妥妥的都是科教大省市。

再談?wù)劔@得項(xiàng)目支持最多的三類項(xiàng)目，相對(duì)來(lái)說(shuō)也是最容易申請(qǐng)的，如下表所示，資助率平均在20%。

面上項(xiàng)目是國(guó)家自然基金資助數(shù)目最多，學(xué)科覆蓋最廣的一類資助類型，項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)占各類項(xiàng)目資助總經(jīng)費(fèi)的45%以上，在職攻讀研究生學(xué)位的人員經(jīng)導(dǎo)師同意后也能申請(qǐng)，面上一般資助期限為4年；青年科學(xué)基金這是一類對(duì)于剛獲得博士學(xué)位的研究人員來(lái)說(shuō)相對(duì)比較容易申請(qǐng)的資助項(xiàng)目，且對(duì)于符合條例第十條規(guī)定的在職攻讀博士學(xué)位的人員，經(jīng)導(dǎo)師同意后也能通過(guò)受聘單位申請(qǐng)，不過(guò)這個(gè)只是基金委對(duì)年輕人的關(guān)愛(ài)，在你科研的道路上扶你上馬走一程，項(xiàng)目期限為2年， （國(guó)內(nèi)的大環(huán)境，一般沒(méi)有基金的話，是不可以上副研的）所以，我們也應(yīng)該理解這個(gè)項(xiàng)目類型只能獲得一次資助的規(guī)定；地區(qū)科學(xué)基金是重點(diǎn)支持偏遠(yuǎn)地區(qū)的，偏遠(yuǎn)地區(qū)條件差，基礎(chǔ)薄弱，基金申請(qǐng)寫(xiě)研究條件的時(shí)候難免被發(fā)達(dá)地區(qū)比下去，所以基金委直接出臺(tái)了這么一項(xiàng)，簡(jiǎn)直是太貼心了。

2018年度自然基金申請(qǐng)

一般來(lái)說(shuō)每年的12月份會(huì)發(fā)布下一年的項(xiàng)目申請(qǐng)指南，很多新人、老手也是這以后才開(kāi)始準(zhǔn)備本子的，2018年國(guó)自然本子的集中接受期 從2018年3月1日開(kāi)始，3月20日16時(shí)截止（3月17-18日辦公，其他法定假日不辦公）。當(dāng)然基金申請(qǐng)是需要依托單位的，所以，每個(gè)單位都有自己的截止日期，一般都是早于20號(hào)的，晚了，就不給你整啦。對(duì)于各種規(guī)定，可以通過(guò)官網(wǎng)查詢，特別詳細(xì)，基金委官網(wǎng)：http://www.nsfc.gov.cn/，登錄https://isisn.nsfc.gov.cn/egrantweb/，可以查詢往年資助詳細(xì)，2018年申請(qǐng)受理注意事項(xiàng)：http://www.nsfc.gov.cn/nsfc/cen/2018sqsl/index.html。

金撰寫(xiě)

說(shuō)起撰寫(xiě)基金，那估計(jì)很多人都有一大把心酸淚，那些掉了的發(fā)，敖紅了的眼，斃掉的本子，想想都心痛。但是申請(qǐng)的多了，必然就有一大堆經(jīng)驗(yàn)了，自己的拿出來(lái)分享，別人的拿來(lái)用，推薦2個(gè)網(wǎng)站，科學(xué)網(wǎng)的http://bbs.sciencenet.cn/和http://blog.sciencenet.cn/上面一堆關(guān)于基金申請(qǐng)和評(píng)審的相關(guān)知識(shí)，小木蟲(chóng)http://muchong.com/bbs/上面有很多血淚教訓(xùn)。
自然基金注重的是研究的科學(xué)價(jià)值，創(chuàng)新性，可行性和社會(huì)價(jià)值，首要在于選題，選的題目得有創(chuàng)新點(diǎn)，創(chuàng)新不能脫離前期實(shí)驗(yàn)支撐，和可行性相輔相成。我們以青年基金為例，一般新畢業(yè)的博士申請(qǐng)的比較多，但是縱你有一千個(gè)想法，個(gè)個(gè)都說(shuō)出花來(lái)，如果沒(méi)有研究基礎(chǔ)，可行性就大打折扣了，所以，很多青年基金的申請(qǐng)一般都不會(huì)脫離博士課題的研究，但也不可能拷貝學(xué)位論文，在博士期間課題的基礎(chǔ)上尋找切入點(diǎn)，深入一下，來(lái)點(diǎn)新的，這樣可行性，創(chuàng)新點(diǎn)基本都有啦，科學(xué)價(jià)值和社會(huì)價(jià)值那是必須的了，當(dāng)然，要是你的博士課題很扯，那咱就想想別的辦法，或者就去拼人品吧。

既然是申請(qǐng)基金，那就得按照基金委給你化的條條框框來(lái)，不能只講idea，很多時(shí)候辛辛苦苦寫(xiě)出的本子，在初審的時(shí)候就被刷了，那基本都是格式審查沒(méi)過(guò)，這幾年每年都有2%左右的本子都是因?yàn)楦袷奖凰⒘?，有些是純粹打醬油，不怕浪費(fèi)單位資源，不怕挨批，那被斃了也不可惜，就當(dāng)是湊熱鬧了，但有些基礎(chǔ)扎實(shí)、立題新穎的本子如果因?yàn)楦袷經(jīng)]過(guò)，那就太可惜啦，一些比如人員超項(xiàng)、申請(qǐng)代碼選擇錯(cuò)誤、依托單位不一致、申請(qǐng)人和參與人的資格問(wèn)題等，在這些問(wèn)題上翻了，可對(duì)得起你完美的課題設(shè)計(jì)呀？2017年不予受理的最多原因竟然是依托單位或者合作單位沒(méi)有加蓋公章，或者名稱和公章不一致，達(dá)到了568項(xiàng)，這是什么鬼？？圖譜君表示理解不了，難道你們單位沒(méi)章？還是單位水太深？ 當(dāng)然基金委還是很開(kāi)明的，接受申述，2017年 有708個(gè)本子表示不服，為什么初審都不給過(guò)，太丟人了，基金委接受了509項(xiàng)，維持原判466項(xiàng)，重新考慮了43項(xiàng)，最后有9項(xiàng)成功得到資助，厲害了??！

接下來(lái)說(shuō)說(shuō)基金正文，主要包括三個(gè)部分，第一部分是立項(xiàng)依據(jù)和研究?jī)?nèi)容，包括5個(gè)小項(xiàng)：第一是立項(xiàng)依據(jù)，主要是研究意義和國(guó)內(nèi)外研究進(jìn)展，指出課題的空白點(diǎn)、難點(diǎn)，確立本子的研究著眼點(diǎn)，當(dāng)然什么國(guó)內(nèi)領(lǐng)先、填補(bǔ)空白這種詞就少用用吧，留著等你做出大成果被報(bào)道的時(shí)候用吧；第二是研究?jī)?nèi)容，研究目標(biāo)和擬解決的科學(xué)問(wèn)題，這一部分的文字可能不是最多的，但卻是最重要的，評(píng)審專家看得最細(xì)致，征服專家就在這一段了，雖說(shuō)是同行評(píng)議，但評(píng)審專家不可能什么研究方向都是特別精通的，通過(guò)這一部分，讓專家明白你的方向，理解你本子的科學(xué)價(jià)值，做到大同行能看懂，小同行能看出水平； 第三是研究方案和可行性分析，研究方案包括研究方法、技術(shù)路線、實(shí)驗(yàn)手段和一些關(guān)鍵技術(shù)的說(shuō)明，可行性分析就是本子的研究基礎(chǔ)呀，國(guó)自然資助的研究一般不太可能是前期什么都沒(méi)做的，只給專家畫(huà)一個(gè)餅，技術(shù)路線里最好已經(jīng)是完成了一部分，后續(xù)的實(shí)驗(yàn)材料已經(jīng)準(zhǔn)備完善了，舉例證實(shí)你用的技術(shù)方案是可行的，你的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)是可以支撐你的實(shí)驗(yàn)方案的，這個(gè)時(shí)候很多大單位，大牛的實(shí)驗(yàn)室就占優(yōu)勢(shì)了；第四是本子特色和創(chuàng)新點(diǎn)，這個(gè)是必須寫(xiě)的，符合我國(guó)新時(shí)代的科學(xué)發(fā)展之路，當(dāng)然不用篇幅太多，半頁(yè)都算多了；第五是研究計(jì)劃和預(yù)期結(jié)果，以年為單位，這個(gè)時(shí)候就要畫(huà)餅啦，當(dāng)然別胡扯，按照研究?jī)?nèi)容和技術(shù)路線寫(xiě)踏實(shí)點(diǎn)，專家的眼睛雪亮，就你那點(diǎn)東西還能做到天上去。
第二部分是研究基礎(chǔ)和工作條件，其實(shí)這部分內(nèi)容有一些是上一部分可行性分析的補(bǔ)充，如果研究基礎(chǔ)的結(jié)果比較多，發(fā)表了相應(yīng)的文章，那么什么重點(diǎn)圖表啥的都給整上去，工作條件什么的把軟硬件都寫(xiě)上去，什么實(shí)驗(yàn)設(shè)備，PCR儀、高速離心機(jī)都可以寫(xiě)上，前提是這些東西對(duì)你的實(shí)驗(yàn)的確比較重要，軟件之類的可以寫(xiě)寫(xiě)你的門路，比如你的實(shí)驗(yàn)和什么大專家合作呀，不過(guò)要是你寫(xiě)的專家和評(píng)審你的專家不對(duì)付，那就不好說(shuō)啦。當(dāng)然大多數(shù)專家都是很理性的，所以該傍的大腿還得傍，因?yàn)樵u(píng)審你的專家不可能正好是你研究方向的專家，如果你的本子后續(xù)在大專家的指導(dǎo)下實(shí)施，那會(huì)顯得比較靠譜。還有就是目前承擔(dān)的相關(guān)項(xiàng)目呀和完成過(guò)的國(guó)自然情況，這個(gè)不一定和本項(xiàng)目相關(guān)，這些沒(méi)有就寫(xiě)無(wú)好了。
第三部分就是一些情況調(diào)查啦，主要是申請(qǐng)人本人和參加人員申請(qǐng)不同類型基金的情況，有啥說(shuō)啥就好了
后面就是申請(qǐng)人簡(jiǎn)歷和參與人的一些基本介紹了，這個(gè)時(shí)候把自己發(fā)過(guò)的文章都列上，這個(gè)都是實(shí)力的象征啊。記住，基金委讓寫(xiě)的東西都是有用的，哪天你要發(fā)現(xiàn)，你因?yàn)楹?jiǎn)歷不夠鮮亮，被競(jìng)爭(zhēng)掉了，也別覺(jué)得怨，踏踏實(shí)實(shí)來(lái)年再寫(xiě)，用實(shí)力來(lái)豐富你的簡(jiǎn)歷。
最后就是簽字蓋章頁(yè)了，合規(guī)合法從來(lái)都是最重要的。
當(dāng)然了，所有用到參考文獻(xiàn)的都得附上，盡量找最近三四年之內(nèi)的，格式啥的都整好了，在endnote下面自己編輯個(gè)filter，這樣格式不容易出錯(cuò)。說(shuō)到這，大家有沒(méi)有覺(jué)得大部分這些內(nèi)容都有畢業(yè)論文第一章的既視感，還沒(méi)有畢業(yè)的同學(xué)們，好好寫(xiě)畢業(yè)論文，對(duì)你申請(qǐng)基金有好處哦。

嘮叨了這么多，圖譜君好像沒(méi)說(shuō)圖譜呀，其實(shí)涉及基因定位的基金申請(qǐng)還是挺多的，但是具體方法還是和所研究的領(lǐng)域方向，具體目標(biāo)有關(guān)系，目前來(lái)說(shuō)，圖譜的構(gòu)建是大多數(shù)基因定位本子的研究基礎(chǔ)，后續(xù)再根據(jù)實(shí)際，去考慮具體創(chuàng)建什么樣的材料，運(yùn)用什么定位方法，開(kāi)發(fā)什么標(biāo)記，話說(shuō)百邁客在這些內(nèi)容的解決上是經(jīng)驗(yàn)多多啦。什么時(shí)候圖譜君拿到了一個(gè)真實(shí)本子的授權(quán)，再以其為例，說(shuō)說(shuō)大牛或小牛的實(shí)驗(yàn)構(gòu)思，技術(shù)方法吧。
話說(shuō)寫(xiě)基金其實(shí)就是養(yǎng)豬，養(yǎng)一只好豬、肥豬、健康豬，賣給基金委，拿錢。我們很多人沒(méi)養(yǎng)過(guò)豬，但誰(shuí)還沒(méi)花過(guò)賣豬錢啊。
最后，來(lái)2句名人名言，不做翻譯，大家自行體會(huì)。

遺傳群體事業(yè)部 聞偉鍔 | 文案
許語(yǔ)輝 | 審核
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雜種優(yōu)勢(shì)，是雜合體在一種或多種性狀上優(yōu)于兩個(gè)親本的現(xiàn)象。雜交種的優(yōu)良表現(xiàn)體現(xiàn)在多個(gè)重要農(nóng)藝性狀中，如抗逆、育性、生物量和產(chǎn)量等。同一個(gè)基因型，或不同基因型組合的多種性狀，雜種優(yōu)勢(shì)程度不同。雜種優(yōu)勢(shì)被廣泛利用于商業(yè)植物育種計(jì)劃中，但其遺傳機(jī)理并未得到徹底和統(tǒng)一的解釋，仍然存在爭(zhēng)議。一百多年來(lái)，遺傳和育種學(xué)家們不遺余力的研究雜種優(yōu)勢(shì)的形成機(jī)理，并嘗試構(gòu)建各種遺傳模型用于解釋雜種優(yōu)勢(shì)現(xiàn)象?；趩蝹€(gè)遺傳位點(diǎn)不考慮上位性理論，并結(jié)合隱性產(chǎn)生不利影響的假定，產(chǎn)生了兩個(gè)重要的雜種優(yōu)勢(shì)機(jī)理假說(shuō)，包括顯性假說(shuō)和超顯性假說(shuō)。顯性假說(shuō)認(rèn)為來(lái)自于一個(gè)親本的不利等位基因被來(lái)自另一個(gè)親本的有利等位基因掩蓋而產(chǎn)生雜種優(yōu)勢(shì)現(xiàn)象，超顯性假說(shuō)認(rèn)為雜合位點(diǎn)本身比純合位點(diǎn)表現(xiàn)優(yōu)良，因此，基因型的雜合程度與雜種優(yōu)勢(shì)表現(xiàn)成正比。另外，還有一個(gè)假說(shuō)，即上位性假說(shuō)，它認(rèn)為非等位基因間正向的互作效應(yīng)也會(huì)引起雜種優(yōu)勢(shì)現(xiàn)象。

分子標(biāo)記的發(fā)展和飽和連鎖圖譜的構(gòu)建為解析雜種優(yōu)勢(shì)遺傳基礎(chǔ)提供了新的工具。兩個(gè)主要的新方法應(yīng)運(yùn)而生：1.利用分子標(biāo)記的信息，探索雜種優(yōu)勢(shì)與親本遺傳多樣性的關(guān)系；2.對(duì)雜種優(yōu)勢(shì)QTL進(jìn)行定位，以此挖掘出控制雜種優(yōu)勢(shì)的基因。利用分子標(biāo)記信息進(jìn)行QTL作圖，挖掘控制雜種優(yōu)勢(shì)的數(shù)量性狀位點(diǎn)，是研究雜種優(yōu)勢(shì)機(jī)理的常用方法。但是，以往的低密度分子標(biāo)記并不足以檢測(cè)控制復(fù)雜性狀的多個(gè)連鎖基因。因此，需要將標(biāo)記的密度提高到覆蓋全基因組，且涉及到群體內(nèi)所有可能出現(xiàn)的重組事件，比如利用高通量測(cè)序的策略，這樣，才有可能在一個(gè)雜交種中將其表現(xiàn)的雜種優(yōu)勢(shì)現(xiàn)象解釋清楚。

永久F2群體可以提供可用于重復(fù)試驗(yàn)的基因型相同的種子，構(gòu)建過(guò)程中也含有豐富的重組信息，適合對(duì)雜種優(yōu)勢(shì)的遺傳機(jī)理進(jìn)行剖析。

2.研究方法和預(yù)期結(jié)果：

2.1表型數(shù)據(jù)的處理

利用方差分析計(jì)算各性狀的環(huán)境方差、重復(fù)方差（有試驗(yàn)重復(fù)）、遺傳方法、基因型與環(huán)境互作方差、誤差方差和遺傳力，并估計(jì)哥哥變量的遺傳效應(yīng)。方差分析的線性模型為：

μ，e，r，g，ge，ε?分別為群體均值，環(huán)境效應(yīng)，重復(fù)效應(yīng)，基因型效應(yīng)，基因型與環(huán)境互作效應(yīng)，誤差效應(yīng)。環(huán)境和重復(fù)設(shè)為固定效應(yīng)，基因型以及基因型與環(huán)境互作設(shè)為隨機(jī)效應(yīng)。上述模型得到的基因型估計(jì)值作為矯正表型值，在以后的分析中代替表型值，以期望得到更加準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)結(jié)果。

2.2遺傳圖譜的構(gòu)建

2.2.1 高密度圖譜的構(gòu)建

依據(jù)測(cè)序（最好是重測(cè)序）開(kāi)發(fā)的SNP及InDel標(biāo)記，由于重測(cè)序上圖的SNP個(gè)數(shù)大于重組事件數(shù)，因此將沒(méi)有發(fā)生重組的SNP位點(diǎn)聚成一個(gè)單元，每個(gè)單元稱為一個(gè)Bin。以Bin為標(biāo)記進(jìn)行遺傳圖譜構(gòu)建。如下圖所示：

2.2.2永久F2群體圖譜構(gòu)建：

永久F2群體的標(biāo)記基因型由RIL群體的標(biāo)記基因型根據(jù)組配方式推知，構(gòu)建永久F2群體的高密度遺傳圖譜。

2.3 RIL群體和永久F2群體自身表型QTL定位

在RIL群體和永久F2群體中進(jìn)行性狀的QTL定位以及效應(yīng)估計(jì)。利用IciMapping V4.0檢測(cè)加性（顯性）QTL，同時(shí)檢測(cè)二維互作位點(diǎn)的上位性。QTL加性效應(yīng)有基因型顯性純合位點(diǎn)和隱性純合位點(diǎn)間的平均表型值間的差異決定，顯性效應(yīng)是由基因型純合位點(diǎn)和雜合位點(diǎn)間平均表型值間的差異決定的。QTL作圖所用方法是表型對(duì)標(biāo)記變量的逐步回歸法，表型數(shù)據(jù)為上述線性模型計(jì)算得到的矯正表型值。

2.3.1 RIL群體的QTL定位

利用完備區(qū)間作圖法，以RIL群體的性狀為表型數(shù)據(jù)進(jìn)行QTL定位和效應(yīng)估計(jì)，得到的結(jié)果如下表：

2.3.2 永久F2群體的QTL定位

永久F2群體可以檢測(cè)到顯性QTL，同時(shí)也能對(duì)QTL的加性效應(yīng)和顯性效應(yīng)進(jìn)行估計(jì)。同樣利用完備區(qū)間作圖法，進(jìn)行永久F2群體的QTL定位，結(jié)果如下表所示：

2.3.3 永久F2群體的上位性QTL定位

由于上位性對(duì)性狀的雜種優(yōu)勢(shì)具有重要的作用。同樣利用遺傳圖譜和完備區(qū)間作圖中的上位性作圖法，對(duì)相關(guān)性狀進(jìn)行上位性QTL定位。定位到加性與加性互作（AA），加性與顯性互作（AD），顯性與加性互作（DA）以及顯性與顯性互作效應(yīng)（DD）的QTL如下表所示：

2.4雜種優(yōu)勢(shì)QTL定位

2.4.1 中親值以及QTL定位方法

永久F2群體中，F(xiàn)1個(gè)體的中親值是根據(jù)F1個(gè)體本身的表現(xiàn)與雙親性狀值計(jì)算出來(lái)的。中親值=F1表型值-親本中親值。計(jì)算每個(gè)F1對(duì)應(yīng)的中親值，以中親值為表型進(jìn)行QTL定位，其QTL的效應(yīng)是雜合子與雙親表現(xiàn)均值的差異。由于雜種優(yōu)勢(shì)QTL的特殊性，分別利用F2群體類型和RIL群體類型分別定位顯性QTL。所用軟件同上，在檢測(cè)顯性效應(yīng)時(shí)同樣也檢測(cè)顯性和顯性互作QTL。

2.4.2 雜種優(yōu)勢(shì)QTL定位結(jié)果

雜種優(yōu)勢(shì)QTL是利用超中親優(yōu)勢(shì)值作為表型值進(jìn)行性狀遺傳位點(diǎn)檢測(cè)得到的，其遺傳效應(yīng)不包括加性效應(yīng)，全部由顯性效應(yīng)決定。雜種優(yōu)勢(shì)QTL定位結(jié)果如下表所示：

2.5性狀QTL和雜種優(yōu)勢(shì)QTL定位結(jié)果比較

將RIL，永久F2群體和中親值數(shù)據(jù)QTL定位結(jié)果進(jìn)行比較，解析特定性狀的遺傳基礎(chǔ)與雜種優(yōu)勢(shì)遺傳基礎(chǔ)，并揭示二者的關(guān)系。理論上，RIL群體中定位到的QTL完全是有加性效應(yīng)決定的，而中親值數(shù)據(jù)組定位到的QTL完全是有顯性效應(yīng)決定的，而永久F2群體既有加性效應(yīng)，又有顯性效應(yīng)，因此，永久F2群體，RIL群體和中親值存在共定位的QTL。具體性狀的結(jié)果如下圖所示：

注：黑色折線表示檢測(cè)位點(diǎn)的LOD值，紅色和藍(lán)色折線代表檢測(cè)位點(diǎn)加性和顯性效應(yīng)值。

最后利用上述的比較結(jié)果綜合評(píng)價(jià)不同性狀的雜種優(yōu)勢(shì)機(jī)理和遺傳基礎(chǔ)。